LncRNA-TBP的鉴定与特征分析
验证LncRNA-TBP的序列、表达特征和编码潜能。
通过RACE获取全长,qRT-PCR检测组织表达,细胞分级实验检测核质分布,western blot验证编码能力。
LncRNA-TBP mediates TATA-binding protein recruitment to regulate myogenesis and induce slow-twitch myofibers.
包含体外细胞实验、动物模型、RIP/pull-down、ChIP-qPCR、荧光素酶报告基因、代谢组学等多层级验证。
鸡原代成肌细胞 兴华鸡腓肠肌体内模型
LncRNA-TBP与TBP蛋白直接相互作用 LncRNA-TBP过表达或敲低对成肌细胞增殖和分化的影响 LncRNA-TBP对脂肪沉积和肌纤维类型转换的体内效应 TBP靶基因启动子活性及表达调控
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证LncRNA-TBP的序列、表达特征和编码潜能。
通过RACE获取全长,qRT-PCR检测组织表达,细胞分级实验检测核质分布,western blot验证编码能力。
评估LncRNA-TBP对成肌细胞增殖和分化的影响。
在CPMs中过表达或敲低LncRNA-TBP,检测细胞周期基因表达、EdU掺入、CCK-8细胞活力、细胞周期分布、MyHC免疫荧光和分化标志物表达。
验证LncRNA-TBP在体内对肌肉代谢、肌纤维类型和肌肉肥大的影响。
通过慢病毒介导过表达和胆固醇修饰ASO敲低LncRNA-TBP,检测腓肠肌中mtDNA含量、脂肪酸氧化、代谢物、酶活性、纤维类型标志物、肌肉重量及自噬相关基因表达。
验证LncRNA-TBP与TBP的相互作用及其对TBP靶基因转录活性的调节。
通过RIP和RNA pull-down验证结合,ChIP-qPCR检测TBP在靶基因启动子的富集,荧光素酶报告基因检测启动子活性,qRT-PCR和western blot检测靶基因表达。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | RPMI-1640培养基 | Gibco | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| 转染 | Lipofectamine 3000试剂 | Invitrogen | -- |
| 基因表达 | RNAiso Plus | TaKaRa | -- |
| cDNA合成 | PrimeScript RT试剂盒(含gDNA Eraser) | Takara | -- |
| PCR | ChamQ Universal SYBR qPCR预混液 | Vazyme | -- |
| QuantStudio 5实时荧光定量PCR系统 | Thermo Fisher | -- | |
| RACE | SMARTer RACE cDNA扩增试剂盒 | Clontech | -- |
| 质粒构建 | pcDNA3.1-3xFlag载体 | SiDanSai | -- |
| pcDNA3.1载体 | Promega | -- | |
| 病毒载体构建 | pLVX-mCMV-ZsGreen-IRES-Puro载体 | Addgene | -- |
| 敲低实验 | Cy3修饰的反义寡核苷酸 | Guangzhou RiboBio | -- |
| 细胞增殖检测 | 细胞周期分析试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| C10310 EdU Apollo体外成像试剂盒 | RiboBio | C10310 | |
| TransDetect细胞计数试剂盒 | TransGen | -- | |
| 免疫荧光 | 抗MyHC抗体(B103) | DHSB | B103 |
| 免疫组化 | SP-POD试剂盒 | Solarbio | SP0041 |
| 抗MYH1A抗体(F59) | DSHB | F59 | |
| 抗MYH7B抗体(S58) | DSHB | S58 | |
| DNA提取 | 组织DNA提取试剂盒 | Omega | D3396 |
| 线粒体分离 | 细胞/组织线粒体分离试剂盒 | Beyotime | C3601/C3606 |
| 脂肪酸氧化检测 | 比色法脂肪酸氧化速率检测试剂盒 | Haling | HL50679 |
| 代谢物检测 | 甘油三酯含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0625 |
| 游离脂肪酸含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0595 | |
| 糖原含量检测试剂盒 | Solarbio | BC0345 | |
| 酶活性检测 | 乳酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0685 |
| 琥珀酸脱氢酶活性检测试剂盒 | Solarbio | BC0955 | |
| 代谢组学 | Thermo Scientific Dionex ICS-6000 HPIC系统 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| AB SCIEX 6500 QTRAP+三重四极杆质谱仪 | AB Sciex | -- | |
| Western blot | 抗FLAG抗体 | Beyotime | AF519 |
| 抗MYOD抗体 | Abbkine | ABP53067 | |
| 抗MyHC抗体 | DHSB | B103 | |
| 抗FASN抗体 | Proteintech | 10624-2-AP | |
| 抗CPT1抗体 | Bioss | bs-23779R | |
| 抗ULK1抗体 | Bioss | bs-3602R | |
| 抗LC3B抗体 | Novus | NB100-2220 | |
| 抗P62抗体 | Proteintech | 18420-1-AP | |
| 抗TBP抗体 | Cell Signaling | 44059 | |
| 抗KLF4抗体 | Bioss | bs-1064R | |
| 抗GPI抗体 | GeneTex | GTX113203 | |
| 抗TNNI2抗体 | Bioss | bs-10617R | |
| 抗CDKN1A抗体 | GeneTex | GTX112898 | |
| 抗GAPDH抗体 | Proteintech | 60004-1-Ig | |
| ProteinFind山羊抗小鼠IgG(H+L),HRP标记 | TransGen | HS201-01 | |
| ProteinFind山羊抗兔IgG(H+L),HRP标记 | TransGen | HS101-01 | |
| RNA pull-down | Ribo RNAmax-T7生物素标记转录试剂盒 | RiboBio | -- |
| Pierce磁珠RNA-蛋白Pull-Down试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| RIP | 免疫沉淀试剂盒 | Millipore | -- |
| ChIP | 染色质免疫沉淀试剂盒 | Millipore | -- |
| 荧光素酶报告基因 | 双荧光素酶报告基因检测系统 | Promega | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养与转染 | CPMs分离自E11鸡腿肌,培养于含20% FBS的RPMI-1640培养基;转染使用Lipofectamine 3000。 阅读提示:见Materials and methods部分 |
| 体内实验(过表达) | 1日龄雏鸡随机分为Lv-LncRNA-TBP和Lv-NC组,每组n=30;肌肉注射慢病毒两次(106滴度),13天后收取腓肠肌。 阅读提示:见Materials and methods的Lentivirus assay |
| 体内实验(敲低) | 7日龄鸡随机分为Chol-ASO-LncRNA-TBP和Chol-ASO-NC组,每组n=15;在第14和18天肌肉注射ASO(40 nmol),21天处死取样。 阅读提示:见Materials and methods的Lentivirus assay |
| 分子机制验证 | RIP使用anti-TBP抗体;ChIP-qPCR检测TBP在KLF4、GPI、TNNI2、CDKN1A启动子上的富集;荧光素酶报告基因在CPMs中转染报告质粒,分化后48小时检测。 阅读提示:见Materials and methods和Figure 5 legend |