构建肺I/R损伤模型并检测炎症反应
观察肺I/R损伤是否触发炎症反应
对小型猪进行左肺缺血1小时和不同时间再灌注,收集肺组织和肺泡巨噬细胞,通过微阵列、qPCR、免疫组化和免疫荧光检测炎症因子表达及来源。
Autophagy induced by DAMPs facilitates the inflammation response in lungs undergoing ischemia-reperfusion injury through promoting TRAF6 ubiquitination.
包含小型猪体内模型、细胞实验、基因敲低和药理学抑制多种层级,并验证了分子机制。
巴马小型猪左肺缺血再灌注损伤模型 小型猪肺泡巨噬细胞
左肺缺血1小时,再灌注30分钟、1小时、3小时或6小时,n=3 肺泡巨噬细胞分离自支气管肺泡灌洗液 重组猪HMGB1或HSP60处理浓度1 μg/ml,处理时间0-3小时 ATG7或BECN1 siRNA敲低,转染60小时后处理 3-MA浓度5 mM,经肺保护液灌注
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
观察肺I/R损伤是否触发炎症反应
对小型猪进行左肺缺血1小时和不同时间再灌注,收集肺组织和肺泡巨噬细胞,通过微阵列、qPCR、免疫组化和免疫荧光检测炎症因子表达及来源。
评估肺I/R损伤是否激活自噬
通过微阵列检测自噬相关基因表达,免疫印迹检测LC3转换、BECN1、ATG5/7等,使用E64d和Pepstatin A验证自噬流。
测试HMGB1和HSP60是否能诱导巨噬细胞自噬
用重组猪HMGB1或HSP60处理肺泡巨噬细胞,检测LC3转换、BECN1、SQSTM1降解和LC3斑点。
确定自噬是否影响DAMP诱导的炎症因子产生
在体内用3-MA处理,体外进行ATG7或BECN1敲低,检测炎症因子mRNA和蛋白水平。
探究自噬是否影响下游信号通路
检测肺组织和巨噬细胞中ERK、JNK、p38和p65的磷酸化水平,使用抑制剂验证信号通路的作用。
探究自噬是否影响TRAF6的K63泛素化
通过免疫沉淀和免疫印迹检测K63连接泛素化水平。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物模型建立 | E64d | Sigma | E8640 |
| 胃蛋白酶抑制剂A | Sigma | P4265 | |
| 细胞处理 | 巴佛洛霉素A1 | Sigma | B1793 |
| 动物模型建立 | 3-甲基腺嘌呤 | Sigma | M9281 |
| 细胞处理 | 重组猪HMGB1 | Cusabio | CSB-EP010553PI |
| 重组猪HSP60 | -- | -- | |
| 信号通路抑制 | U0126 | Merck Millipore | 662005 |
| SP600125 | Merck Millipore | 420119 | |
| SB203580 | Merck Millipore | 559389 | |
| JSH-23 | Merck Millipore | 481408 | |
| TAK-242 | InvivoGen | tlrl-cli95 | |
| Western blot | IL-1β抗体 | Biosynthesis Biotechnology | bs-0812R |
| TNF抗体 | Biosynthesis Biotechnology | bs-0078R | |
| HSP60抗体 | Biosynthesis Biotechnology | bs-0191R | |
| BECN1抗体 | Cell Signaling Technology | 3495 | |
| ATG5抗体 | Cell Signaling Technology | 8540 | |
| ATG7抗体 | Cell Signaling Technology | 8558 | |
| ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9252 | |
| p38抗体 | Cell Signaling Technology | 9212 | |
| IKKα/β抗体 | Cell Signaling Technology | 8943 | |
| p65抗体 | Cell Signaling Technology | 6956 | |
| 磷酸化ERK抗体 | Cell Signaling Technology | 9106 | |
| 磷酸化JNK抗体 | Cell Signaling Technology | 9255 | |
| 磷酸化p38抗体 | Cell Signaling Technology | 9215 | |
| 磷酸化IKKα/β抗体 | Cell Signaling Technology | 2697 | |
| 磷酸化p65抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 4970 | |
| 免疫沉淀 | K63特异性泛素抗体 | Merck Millipore | 05-1313 |
| TRAF6抗体 | Santa Cruz | sc-7221 | |
| Western blot | SQSTM1抗体 | Santa Cruz | sc-25575 |
| 免疫组化 | HMGB1抗体 | Novus Biologicals | NB100-2322 |
| 免疫荧光 | LC3B抗体 | Novus Biologicals | NB600-1384 |
| RNA提取 | TRIzol试剂 | Invitrogen | 15596-026 |
| 微阵列分析 | Affymetrix猪基因组芯片 | Affymetrix | -- |
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Gibco | 11965-092 |
| 胎牛血清 | Gibco | 10100147 | |
| RT-qPCR | 第一链cDNA合成试剂盒 | Toyobo | FSK-101 |
| ELISA | HMGB1 ELISA试剂盒 | Cusabio | CSB-EL010553PI |
| HSP60 ELISA试剂盒 | Cusabio | CSB-EL010847PI | |
| IL-1β ELISA试剂盒 | R&D Systems | PLB00B | |
| TNF ELISA试剂盒 | R&D Systems | PTA00 | |
| 转染 | INTERFERin转染试剂 | Polyplus-transfection | 409-10 |
| 蛋白质提取 | 细胞裂解液 | Cell Signaling Technology | 9803 |
| 蛋白酶抑制剂混合物 | Merck Millipore | 539134 | |
| 蛋白质定量 | BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | 23225 |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 488标记驴抗兔IgG | Thermo Fisher Scientific | A21206 |
| 免疫荧光显微镜 | Leica TCS SP5II STED共聚焦显微镜 | Leica | -- |
| RT-qPCR | Applied Biosystems 7500实时荧光定量PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 肺I/R损伤模型 | 小型猪体重20kg,左肺缺血1小时,再灌注时间点,样本量n=3,肺保护液灌注体积30ml/kg 阅读提示:Materials and methods: The lung I/R injury model of minipigs |
| 自噬检测 | E64d和Pepstatin A浓度15 μg/ml,LC3转换,BECN1、ATG5/7表达 阅读提示:Results: Lung I/R injury induces autophagy in lung tissues, Figure 2 |
| DAMP处理 | 重组猪HMGB1或HSP60浓度1 μg/ml,处理时间0-6小时,E64d/Pepstatin A或Bafilomycin A1处理 阅读提示:Results: DAMPs are involved in autophagy induction, Figure 3 |
| 基因敲低 | ATG7 siRNA序列、BECN1 siRNA序列,转染时间60小时,干扰效率 阅读提示:Materials and methods: RNA interference |
| 体内自噬抑制 | 3-MA浓度5 mM,经肺保护液灌注,再灌注时间 阅读提示:Results: Autophagy is involved in inflammation responses, Figure 4a |
| 信号通路检测 | MAPK和NF-κB抑制剂浓度、预处理时间、刺激时间 阅读提示:Results: Autophagy is involved in activation of MAPK and NF-κB signaling, Figure 5c |
| TRAF6泛素化检测 | 免疫沉淀抗体、K63泛素抗体、3-MA处理再灌注30分钟 阅读提示:Results: Autophagy is involved in TRAF6 ubiquitination, Figure 6 |