生物信息学分析
识别RA中KIF11相关的差异表达基因和富集通路
分析五个GEO数据集(GSE55457等),鉴定KIF11相关DEGs,进行GO/KEGG及GSEA分析,并构建PPI网络识别hub基因。
KIF11 promotes rheumatoid arthritis pathogenesis by activating M1 macrophage polarization and promoting inflammatory cytokine secretion.
包含生物信息学分析、细胞功能实验(增殖、迁移)、机制验证(NF-κB通路)及巨噬细胞极化实验,但缺乏体内模型验证。
MH7A细胞(RA-FLS细胞系) THP-1细胞来源的M1巨噬细胞
KIF11在RA滑膜组织中的表达上调 TNF-α和IL-1β刺激MH7A细胞后KIF11蛋白表达增加 KIF11敲低对MH7A细胞增殖、迁移及炎性细胞因子分泌的影响 KIF11敲低对M1巨噬细胞极化和细胞因子分泌的影响 NF-κB p65磷酸化和核转位的变化
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
识别RA中KIF11相关的差异表达基因和富集通路
分析五个GEO数据集(GSE55457等),鉴定KIF11相关DEGs,进行GO/KEGG及GSEA分析,并构建PPI网络识别hub基因。
验证KIF11在RA滑膜细胞中的表达及炎症因子对其调控
培养MH7A细胞,用TNF-α和IL-1β处理,通过Western blot检测KIF11蛋白表达。
评估KIF11缺失对RA-FLS增殖、迁移和炎性因子分泌的影响
用KIF11 shRNA慢病毒感染MH7A细胞,通过MTT、EdU、Transwell和ELISA等检测细胞活力、增殖、迁移和细胞因子分泌。
探究KIF11调控MH7A细胞炎症的分子机制
Western blot检测p65磷酸化水平,通过亚细胞分离检测p65核转位。
评估KIF11在巨噬细胞M1极化及炎性因子分泌中的作用
THP-1细胞经PMA分化后,用IFN-γ和LPS诱导M1巨噬细胞,再感染KIF11 shRNA慢病毒,通过流式检测CD86/CD80,qPCR和ELISA检测炎性因子。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | -- | -- |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 细胞因子刺激 | 肿瘤坏死因子-α | Thermo Fisher Scientific | 14832962 |
| 白细胞介素-1β | Sigma-Aldrich | SRP3083 | |
| 基因敲低 | KIF11 shRNA慢病毒颗粒 | Origene | TL311921V |
| 对照慢病毒颗粒 | Origene | TR30021V | |
| 基因过表达 | KIF11 cDNA ORF克隆 | Sino Biological | HG17895-UT |
| pCMV3-untagged载体 | Sino Biological | CV011 | |
| 细胞增殖检测 | MTT溶液 | -- | -- |
| Click-iT EdU成像试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | C10354 | |
| 迁移实验 | Transwell膜滤器插件 | Corning Costar | 3422 |
| Western blot | KIF11抗体[EPR12280-76] | Abcam | ab181981 |
| NF-κB p65 (D14E12)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| 磷酸化NF-κB p65 (Ser536) (93H1)兔单克隆抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 抗α-微管蛋白抗体 | Abcam | ab4074 | |
| 抗Lamin B1抗体 | Abcam | ab16048 | |
| β-肌动蛋白抗体[SP124] | Abcam | ab115777 | |
| 免疫沉淀分析缓冲液 | Beyotime | P0013 | |
| ELISA | IL-1β ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC002b.96 |
| IL-6 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC007.96 | |
| TNF-α ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC103a.48 | |
| IL-8 ELISA试剂盒 | Neobioscience | EHC008(H).96 | |
| RNA提取 | RNApure试剂盒 | Bioteke | -- |
| RT-qPCR | MLV逆转录酶 | Invitrogen | -- |
| ABI Prism 7500 | Applied Biosystems | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | MH7A细胞培养条件(培养基、血清、温度、CO2浓度) 阅读提示:Materials and methods: Cell lines |
| 细胞因子刺激 | TNF-α和IL-1β的浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: Cell lines; Figure 1 legend |
| 基因敲低 | KIF11 shRNA慢病毒的感染滴度、感染时间及MOI 阅读提示:Materials and methods: KIF11 shRNA lentiviruses and KIF11 overexpressed plasmid |
| 细胞增殖检测 | MTT实验的细胞密度、处理时间、MTT浓度及孵育时间 阅读提示:Materials and methods: MTT assay |
| 迁移实验 | Transwell实验的细胞密度、孔径、培养时间及染色方法 阅读提示:Materials and methods: Migration assay |
| Western blot | 抗体稀释度、蛋白上样量、电泳及转膜条件 阅读提示:Materials and methods: Western blot analysis |
| M1巨噬细胞极化 | PMA浓度及处理时间,IFN-γ和LPS的浓度及处理时间 阅读提示:Materials and methods: RNA extraction and real-time PCR |
| 巨噬细胞感染 | 慢病毒感染M1巨噬细胞的MOI及感染时间 阅读提示:Results: Knockdown of KIF11 attenuates the M1 macrophage activation marker CD86 and CD80; Methods |