CAFs和NFs的分离与鉴定
获得高纯度CAFs和NFs,验证其身份,为后续实验提供细胞来源。
从HGSOC组织和正常卵巢上皮组织中分离原代成纤维细胞,通过梯度消化法纯化,利用Western blotting和RT-qPCR检测α-SMA、Vimentin、E-cadherin、CD31等标志物进行鉴定。
Cancer-associated fibroblast-secreted FGF7 as an ovarian cancer progression promoter.
包含多队列生物信息学分析、单细胞测序、体外细胞功能实验、机制研究(Co-IP、CUT&RUN)及体内动物模型验证,证据层级丰富。
卵巢癌细胞系HO8910和A2780 BALB/c裸鼠异种移植瘤模型 癌症相关成纤维细胞(CAFs) 正常成纤维细胞(NFs)
FGF7中和抗体浓度(1 μg/ml)及处理时间(4小时) hFGF7浓度(10 ng/ml和20 ng/ml)及处理时间(48小时) FGFR2拮抗剂AZD4547浓度(5 μM) MG132浓度(10 μM)及处理时间(3、6、9小时) 体内实验:HO8910与CAFs/NFs细胞比例4:1,中和抗体剂量50 mg/kg,观察至31天
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
获得高纯度CAFs和NFs,验证其身份,为后续实验提供细胞来源。
从HGSOC组织和正常卵巢上皮组织中分离原代成纤维细胞,通过梯度消化法纯化,利用Western blotting和RT-qPCR检测α-SMA、Vimentin、E-cadherin、CD31等标志物进行鉴定。
利用多组学数据和机器学习算法识别与CAFs相关且预后相关的关键基因。
对TCGA、ICGC及GEO多个队列进行WGCNA分析,结合CCLE细胞系数据,利用99种机器学习算法构建风险模型,筛选出FGF7等关键基因。
评估CAFs来源的FGF7对卵巢癌细胞增殖、迁移、侵袭和EMT的影响。
用CAFs-CM、NFs-CM、hFGF7处理HO8910和A2780细胞,或使用FGF7中和抗体、siRNA敲低FGF7,通过CCK8、Transwell、划痕实验和Western blot检测功能变化。
揭示CAFs与肿瘤细胞之间的信号通讯,特别是FGF7与FGFR2的相互作用。
对GSE184880单细胞数据进行细胞亚群注释,使用CellChat推断细胞通讯,分析FGF7和FGFR2的表达。
阐明FGF7调控HIF-1α表达的具体分子机制。
通过Western blot检测HIF-1α及其羟基化形式、PHDs的表达,Co-IP检测泛素化,MG132处理抑制蛋白酶体,以验证FGF7抑制HIF-1α降解。
证实HIF-1α直接结合ZEB1启动子,调控其转录。
使用CUT&RUN实验检测HIF-1α在ZEB1启动子区域的结合,同时敲低HIF-1α或ZEB1观察EMT标志物的变化。
在动物模型中验证CAFs来源的FGF7对肿瘤生长的影响,并评估中和抗体的治疗效果。
将HO8910细胞与CAFs或NFs混合皮下注射至裸鼠,腹腔注射FGF7中和抗体处理,监测肿瘤生长,并进行IHC分析。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞分离 | IV型胶原酶 | Invitrogen | -- |
| 70 μm细胞筛网 | BD Falcon | -- | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | keyGEN | KGM12500S-500 |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 青霉素/链霉素 | -- | -- | |
| 药物处理 | 重组人FGF7 | Sino Biological | 10210-H07E |
| FGFR2拮抗剂(AZD4547) | -- | -- | |
| FGF7中和抗体 | R&D Systems | MAB251-SP | |
| MG-132 | -- | -- | |
| Western blotting | 抗β-肌动蛋白抗体 | Proteintech | 20536-1-AP |
| 抗α-SMA抗体 | Proteintech | 14395-1-AP | |
| 抗CD31抗体 | Proteintech | 11265-1-AP | |
| 抗E-钙黏蛋白抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| 抗波形蛋白抗体 | Proteintech | 10366-1-AP | |
| 抗ZEB1抗体 | Proteintech | 21544-1-AP | |
| 抗HIF1α抗体 | Proteintech | 20960-1-AP | |
| 抗HIF1α-OH402抗体 | Abcam | ab72775 | |
| 抗HIF1α-OH564抗体 | CST | 3434 | |
| 抗PHD1抗体 | Proteintech | 12984-1-AP | |
| 抗PHD2抗体 | Proteintech | 19886-1-AP | |
| 抗PHD3抗体 | Proteintech | 18325-1-AP | |
| HRP标记二抗 | Proteintech | -- | |
| 增强化学发光试剂 | NCM | P10300 | |
| RT-qPCR | FastPure细胞/组织总RNA提取试剂盒V2 | Vazyme | RC112-01 |
| HiScript III All-in-one RT SuperMix Perfect for qPCR试剂盒 | Vazyme | R333-01 | |
| Taq Pro通用SYBR qPCR Master Mix试剂盒 | Vazyme | Q712-02 | |
| 实时荧光定量PCR仪 | Applied Biosystems | -- | |
| 细胞增殖检测 | CCK8试剂盒 | Dojindo | -- |
| 细胞侵袭检测 | BD基质胶 | BD Biosciences | -- |
| ELISA | 人FGF7 ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- |
| 细胞转染 | 脂质体转染试剂3000 | Invitrogen | -- |
| 嘌呤霉素 | -- | -- | |
| 短发夹RNA(sh-ZEB1、sh-HIF-1α、sh-NC) | GenePharma | -- | |
| 小干扰RNA | HIPPOBIO | -- | |
| 免疫荧光 | 波形蛋白抗体 | Servicebio | GB121308 |
| FOXP3抗体 | Servicebio | GB112325 | |
| α-SMA抗体 | Servicebio | GB13044 | |
| DAPI | -- | -- | |
| 组织切片扫描 | NanoZoomer S360数字切片扫描仪 | Hamamatsu Photonics | -- |
| CUT&RUN | CUT&RUN检测试剂盒 | Vazyme | HD101-01 |
| Co-IP | Protein G磁珠 | Cell Signaling Technology | 70024 |
| 抗泛素抗体 | CST | 3936 | |
| 抗pVHL抗体 | CST | 68547 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| CAFs和NFs分离与鉴定 | 组织来源(HGSOC vs 正常卵巢上皮)、胶原酶IV消化时间(2-3小时)、过滤孔径(70 μm)、传代次数(3-4代)及纯度标准(>95%) 阅读提示:Methods: Isolation of CAFs and NFs |
| 细胞培养与处理 | 细胞系(HO8910、A2780)、培养基(DMEM/F12)、FBS浓度(10%)、hFGF7浓度(10和20 ng/ml)、FGF7中和抗体浓度(1 μg/ml)、FGFR2拮抗剂浓度(5 μM)、MG132浓度(10 μM) 阅读提示:Methods: Cell lines and cell culture |
| 体外功能实验 | CCK8细胞密度(2.5×10^3/孔)、CCK8孵育时间(2小时)、Transwell细胞数(4×10^4)、Matrigel稀释比例(1:15)、Transwell孵育时间(48小时)、划痕实验孵育时间(24小时) 阅读提示:Methods: Cell viability, invasion and migration assays |
| 机制研究(Co-IP和CUT&RUN) | Co-IP中使用的抗体(Ub和pVHL)、CUT&RUN细胞数(1×10^5)、处理时间(48小时) 阅读提示:Methods: Co-immunoprecipitation (Co-IP) assay; Cleavage under targets and release using nuclease assay (CUT&RUN) |
| 体内动物实验 | 小鼠品系(BALB/c裸鼠)、周龄(6周)、每组数量(5只)、细胞比例(HO8910:CAFs/NFs=4:1)、抗体剂量(50 mg/kg)、给药方式(腹腔注射)、观察时间(31天) 阅读提示:Methods: Animal experiments; Figure 8 |