神经活动刺激对侧半球神经元
验证远程神经元活动是否能促进胶质瘤进展和浸润
通过AAV2/9 Syn1-hM3Dq-mCherry注射至对侧皮层,并在P20开始给予CNO或生理盐水处理,观察肿瘤进展和浸润。
Remote neuronal activity drives glioma progression through SEMA4F
包含体外细胞模型、小鼠体内模型(RCAS、IUE)及患者样本分析,并使用scRNA-seq、空间转录组、体内筛选、电生理等功能和机制验证。
小鼠IUE-HGG模型 小鼠RCAS/Ntv-a低级别胶质瘤模型 患者来源胶质瘤细胞系(GSC 8-11) 三维球体浸润模型
CNO浓度:0.5 mg/kg,腹腔注射,每日两次 AAV注射时间:P5,注射至对侧皮层 CNO处理起始时间:P20 胼胝体切断手术时间:P7-10 Rasgrf2-dCre诱导时间:P15
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证远程神经元活动是否能促进胶质瘤进展和浸润
通过AAV2/9 Syn1-hM3Dq-mCherry注射至对侧皮层,并在P20开始给予CNO或生理盐水处理,观察肿瘤进展和浸润。
确定对侧半球中哪类神经元介导肿瘤促进作用
通过切断胼胝体或特异性激活Rasgrf2阳性神经元(层2/3 CPN)观察肿瘤浸润和增殖变化,并激活抑制性神经元作为对照。
识别受神经活动影响的肿瘤细胞亚群及其分子特征
对P50肿瘤进行scRNA-seq和空间转录组分析,比较CNO处理与对照组,鉴定浸润前沿的肿瘤亚群并分析其基因表达。
筛选驱动胶质瘤浸润的关键轴突导向基因
构建含有43个轴突导向基因的条形码文库,经体内筛选比较原发与继发部位的条形码富集,确定候选基因。
验证Sema4F对胶质瘤进展和浸润的影响及其机制
在IUE-HGG模型中过表达或敲除Sema4F,分析生存期、浸润、增殖等;并检测Sema4F对突触和脑网络活动的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 体内神经活性调节 | 氯氮平N-氧化物 | Tocris | Cat #4936 |
| 病毒注射 | 快绿 | -- | -- |
| 微量分配器 | Drummond Scientific | Cat no.13-681-460 | |
| 组织学样本制备 | OCT包埋剂 | Sakura Finetek | 4583 |
| 免疫组织化学 | 伊红 | Poly Scientific R&D | S176 |
| Permount封片剂 | Electron Microscope Sciences | 17986-01 | |
| ImmPRESS(过氧化物酶)聚合物抗兔IgG试剂 | Vector Labs | -- | |
| DAB过氧化物酶底物 | Vector Labs | SK4100 | |
| 免疫荧光 | Alexa Fluor 647二抗 | ThermoFisher | -- |
| 核染色 | Hoechst染料 | ThermoFisher | H3570 |
| 封片 | VECTASHIELD抗淬灭封片剂 | Vector Laboratories | H-1000 |
| 突触染色 | VGLUT1抗体 | Millipore | ab5905 |
| PSD95抗体 | Invitrogen | 51-6900 | |
| VGAT抗体 | SYSY | 131011 | |
| Gephryn抗体 | SYSY | 147011 | |
| 单细胞测序 | 木瓜蛋白酶 | Worthington | LK003178 |
| DNA酶I | Worthington | LK003172 | |
| EBSS平衡盐溶液 | ThermoFisher | 24010043 | |
| 红细胞去除试剂盒 | Miltenyi | 130-094-183 | |
| 碎片去除试剂盒 | Miltenyi | 130-109-398 | |
| 死细胞去除试剂盒 | Miltenyi | 130-090-101 | |
| 10X Genomics Chromium | 10X Genomics | -- | |
| 空间转录组 | Vimentin抗体 | Santa Cruz | sc-373717 |
| GFAP抗体 | Thermo | 53-9892-82 | |
| Iba1抗体 | Millipore | MABN92-AF647 | |
| GFP抗体 | GeneTex | GTX113617 | |
| Western blot | EPHA6抗体 | Abcam | ab80207 |
| EPHA7抗体 | Abcam | ab136095 | |
| SEMA4F抗体 | LSBio | LS-C497142 | |
| Actin抗体 | GeneTex | GTX629630 | |
| 细胞培养 | DMEM/F12培养基 | ThermoFisher | 11320082 |
| B27添加剂 | ThermoFisher | 17504001 | |
| 碱性成纤维细胞生长因子 | Peprotech | 100-18B | |
| 表皮生长因子 | Peprotech | 100-47 | |
| 细胞筛选 | 嘌呤霉素 | ThermoFisher | A1113803 |
| RNA提取 | RNeasy Plus微型试剂盒 | Qiagen | 74134 |
| RT-qPCR | iScript逆转录酶超混合液 | BioRad | 1708841 |
| PerfeCTa SYBR Green快速混合液 | Quantabio | 95072-012 | |
| RNA-seq | 高灵敏度RNA分析试剂盒 | AATI | DNF-472-0500 |
| TruSeq链式mRNA LT试剂盒 | Illumina | RS-122-2101 | |
| 标准灵敏度NGS片段分析试剂盒 | AATI | DNF-473-0500 | |
| Mid Output v2试剂盒 | Illumina | FC-404-2001 | |
| 体外侵袭实验 | CytoSelect细胞侵袭实验 | Cell Biolabs | -- |
| 3D迁移实验 | Matrigel基质胶 | Corning | -- |
| 细胞计数 | 自动细胞计数器 | Bio-Rad | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 体内神经元激活 | AAV类型与注射时间(P5)、CNO剂量(0.5 mg/kg)与给药频率(每日两次)、处理起始时间(P20) 阅读提示:Methods: AAV-DREADD injection and CNO treatment |
| 胶质瘤模型建立 | IUE模型:E15电穿孔,NF1、PTEN、TP53敲除质粒浓度(各1.5μg/μl);RCAS模型:DF-1细胞注射时间(P1) 阅读提示:Methods: In utero electroporation model of HGG, RCAS model of LGG |
| 胼胝体切断 | 手术时间(P7-10)、切断位置(胼胝体,前囟后1-2mm) 阅读提示:Methods: Corpus Callosum Cutting Surgery |
| Rasgrf2-dCre诱导 | 三甲氧苄啶剂量(100ng/g体重)、注射时间(P15) 阅读提示:Methods: Rasgrf2-dCre Induction |
| 单细胞测序 | 样本数量(每组一只雄性和一只雌性)、组织解离酶(木瓜蛋白酶、DNAseI)、测序平台(10X Genomics) 阅读提示:Methods: Single Cell Sequencing |
| 空间转录组 | 样本固定(FFPE)、切片厚度(5μm)、抗体(Vimentin、GFAP、Iba1) 阅读提示:Methods: Spatial Transcriptomics |
| 体内筛选 | 文库类型(PiggyBac条形码)、筛选时间点(P90)、样本来源(原发和继发肿瘤位点)、生物学重复数(4) 阅读提示:Methods: Barcode Screen |
| 体外侵袭实验 | 细胞数量(1.0x10^5)、检测时间(48小时) 阅读提示:Methods: In vitro spheroid proliferation and infiltration |
| EEG记录 | 电极植入时间(P40)、记录时间点(P50开始,每7天记录48小时) 阅读提示:Methods: EEG methods |