临床样本分析
评估CICs在PDAC组织中的存在及其与临床病理特征和预后的关系
对130例PDAC样本进行E-cadherin免疫组化染色和CICs定量,并分析CICs状态与生存的关系。
Cell-in-Cell-Mediated Entosis Reveals a Progressive Mechanism in Pancreatic Cancer
研究包含临床样本回顾性分析、细胞系体外实验、小鼠体内模型及单细胞转录组等多层级证据,并进行了功能验证(增殖、迁移、侵袭)和机制验证(NET1/RHOA/MLC2通路)。
人PDAC肿瘤组织样本 BxPC-3和HPAF-II细胞系 KPC小鼠模型 裸鼠皮下及原位移植瘤模型 C57BL/6J小鼠同种移植模型
悬浮培养诱导CIC形成:2-4×10^5细胞接种于6孔超低吸附板,6小时 单细胞测序:FACS分选DP细胞,使用10X Genomics平台,样本量及质控标准 裸鼠皮下移植:5×10^6 BxPC-3细胞,测量肿瘤体积和重量 原位移植:BxPC-3细胞注入胰腺,5-8周后处死,评估肝转移 NET1表达水平:通过Western blot和IHC验证,分组标准(低表达评分1-6,高表达8-12)
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估CICs在PDAC组织中的存在及其与临床病理特征和预后的关系
对130例PDAC样本进行E-cadherin免疫组化染色和CICs定量,并分析CICs状态与生存的关系。
确定PDAC细胞系中CIC形成的主要机制是否为吞噬死亡
通过悬浮培养诱导9种PDAC细胞系CIC形成,并使用免疫荧光、透射电镜、时间-lapse显微镜等验证吞噬死亡特征。
鉴定吞噬死亡形成细胞(DP细胞)的基因表达变化
利用FACS分选BxPC-3细胞中的DP(EGFP+/mCherry+)亚群,进行scRNA-seq,分析差异表达基因。
验证DP细胞的恶性表型是否增强
通过CCK-8、Transwell、失巢凋亡、成球实验评估DP细胞的增殖、迁移、侵袭、失巢凋亡抵抗及成球能力。
评估DP细胞在体内的致瘤性和转移能力
将DP细胞皮下或原位注射裸鼠及C57BL/6J小鼠,观察肿瘤生长、肝转移及生存。
探究NET1在吞噬死亡和PDAC进展中的作用
通过Western blot、定量PCR、细胞功能实验和小鼠模型,检测NET1敲低或过表达对RHOA/MLC2通路、细胞行为及体内肿瘤生长的影响。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | 青霉素-链霉素 | Life Technologies | 15140-122 |
| 营养物质饥饿处理 | 无葡萄糖DMEM培养基 | Gibco | 11966025 |
| 高糖DMEM培养基 | Corning | 10-013-CMR | |
| 细胞培养 | 胎牛血清 | HyClone | SH30073.03 |
| 药物处理 | 二甲亚砜 | Solarbio | D8371 |
| Y-27632 | MedChemExpress | HY-10071 | |
| blebbistatin | MedChemExpress | HY-13441 | |
| necrosulfonamide | MedChemExpress | HY-100573 | |
| ferrostatin-1 | MedChemExpress | HY-100579 | |
| Z-VAD-FMK | MedChemExpress | HY-16658B | |
| concanamycin A | MedChemExpress | HY-N1724 | |
| 时间-lapse显微镜 | LysoSensor | YEASEN | 40767ES50 |
| Hoechst 33342 | Beyotime | C1026 | |
| 蔡司Cell Discoverer 7 | Zeiss | -- | |
| 透射电子显微镜 | 环氧树脂812 | -- | -- |
| 超薄切片机 | Leica | EM | |
| JEM-1400 Plus透射电子显微镜 | Jeol | -- | |
| 细胞分选 | BD FACSAria III | BD Biosciences | -- |
| 成像流式 | Amnis ImageStream X Mk II | Luminex | -- |
| 慢病毒包装 | 慢病毒EGFP | GENECHEM | LVCON137 |
| 慢病毒mCherry | GENECHEM | LVCON207 | |
| 慢病毒萤火虫荧光素酶 | GENECHEM | LVCON341 | |
| 慢病毒NET1过表达 | GENECHEM | 81659-1 | |
| 靶向NET1的shRNA | GENECHEM | 112651-1 | |
| RNA提取和qPCR | RNA快速纯化试剂盒 | Shanghai Yishan Biotechnology | ES-RN001 |
| PrimeScript RT试剂盒 | Takara | RR047A | |
| SYBR Green预混液 | Applied Biosystems | A25742 | |
| 蛋白质印迹 | SDS裂解液 | Beyotime | P0013G |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Beyotime | P1046 | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Beyotime | P0010 | |
| SDS-PAGE凝胶 | New Cell & Molecular Biotech | P2012 | |
| 硝酸纤维素膜 | Pall | P-N66485 | |
| 预染蛋白marker | Beyotime | P0069 | |
| SuperSignal West Pico化学发光底物 | Thermo Fisher Scientific | 34580 | |
| 单细胞RNA测序 | 10X Chromium Next GEM单细胞5'试剂盒V2 | 10x Genomics | -- |
| 细胞增殖实验 | 细胞计数试剂盒-8 | Dojindo | CK04 |
| Biotek Synergy H1酶标仪 | Biotek | -- | |
| 迁移和侵袭实验 | Transwell小室 | Corning | 3422 |
| 基质胶 | Corning | 354234 | |
| 失巢凋亡实验 | Annexin V-FITC/PI凋亡试剂盒 | Elabscience | E-CK-A254 |
| Annexin V-PE/7-AAD凋亡试剂盒 | BD Biosciences | 556547 | |
| Attune NxT流式细胞仪 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| 成球实验 | DMEM/F12培养基 | Gibco | 11320033 |
| 表皮生长因子 | Peprotech | AF-100-15 | |
| 成纤维细胞生长因子 | Invitrogen | 13256-029 | |
| B27添加剂 | Invitrogen | 17504-044 | |
| 竞争实验 | CellTracker Red CMTPX | Shanghai Maokang Biotechnology | MX4109 |
| CellTracker Green CMFDA | Shanghai Maokang Biotechnology | MX4107 | |
| CIC形成实验 | 6孔超低吸附板 | Corning | 3471 |
| 细胞离心涂片机 | Thermo Shandon | Cytospin | |
| 尼康AX/AX R共聚焦显微镜 | Nikon | -- | |
| 免疫荧光 | 鬼笔环肽 | Abcam | ab176753 |
| 4',6-二脒基-2-苯基吲哚 | Abcam | ab104139 | |
| Western blot | NET1抗体 | Proteintech | 28180-1-AP |
| E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP | |
| P-cadherin抗体 | Proteintech | 13773-1-AP | |
| vinculin抗体 | Proteintech | 66305-1-lg | |
| RAC1抗体 | Proteintech | 24072-1-AP | |
| CDC42抗体 | Proteintech | 10155-1-AP | |
| 磷酸化RAC1/CDC42抗体 | Cell Signaling Technology | 2461 | |
| RHOA抗体 | Proteintech | 10749-1-AP | |
| 磷酸化RHOA抗体 | Abcam | ab41435 | |
| MLC2抗体 | Proteintech | 10906-1-AP | |
| 磷酸化MLC2抗体 | Cell Signaling Technology | 3671 | |
| β-actin抗体 | Proteintech | 66009-1-lg | |
| HRP标记山羊抗小鼠IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-1 | |
| HRP标记山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00001-2 | |
| 免疫组织化学 | E-cadherin抗体 | Proteintech | 20874-1-AP |
| NET1抗体 | Proteintech | 28180-1-AP | |
| 免疫荧光 | β-catenin抗体 | Proteintech | 66379-1-Ig |
| cleaved caspase-3抗体 | Cell Signaling Technology | 9661 | |
| LAMP1抗体 | Abcam | ab24170 | |
| 萤火虫荧光素酶抗体 | Abcam | ab21176 | |
| CoraLite488标记山羊抗小鼠IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-1 | |
| CoraLite488标记山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-2 | |
| CoraLite594标记山羊抗小鼠IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-3 | |
| CoraLite594标记山羊抗兔IgG(H+L) | Proteintech | SA00013-4 | |
| 动物实验 | 他莫昔芬 | -- | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 临床样本分析 | 样本数量、CICs定量标准(至少10个HPF)、CICs阳性定义(平均CICs数/10HPF) 阅读提示:Methods: Patients and Tissue Specimens; Histologic Definition and Quantification of CICs; Figure 1 |
| CIC形成实验 | 细胞接种密度(2-4×10^5)、超低吸附板规格(6孔)、诱导时间(6小时)、CIC计数标准(超过一半内化) 阅读提示:Methods: Entotic Cell-in-Cell Formation Assay; Figure 2 |
| 单细胞RNA测序 | FACS分选DP细胞比例(约3%)、细胞数量(NC 2369, SP 1261, DP 1902)、质控标准(基因数、线粒体比例)、聚类参数 阅读提示:Methods: Double-Positive Cell Isolation and ImageStream Analysis; Data Processing and Analysis of scRNA-seq; Figure 3 |
| 体内实验 | 小鼠品系(BALB/c nude, C57BL/6J)、细胞数量(皮下5×10^6,原位5×10^6或1×10^6)、观察时间(皮下3周,原位5-8周)、肿瘤测量方法 阅读提示:Methods: Animal Studies; Figures 4, 7 |
| NET1表达与功能 | NET1抗体信息(Proteintech #28180-1-AP)、shRNA序列、转染方法、剂量(如抑制剂浓度) 阅读提示:Supplementary Table 6; Methods: Lentiviral Production and Infection; Figure 6 |