动物模型与组织取材
建立WT和5×FAD小鼠模型,获取不同月龄的角膜等组织以分析病理变化。
使用WT和5×FAD小鼠,于3、5、7、10月龄取材,分离角膜、视网膜、脑和 trigeminal 神经节等组织。
Corneal Immune Cell Alterations and Tau Pathology in a Mouse Model of Alzheimer's Disease
包含至少两个独立证据层级:体外(全角膜免疫染色)与体内(5×FAD小鼠模型),并结合转录组和蛋白质组学,同时有明确的功能验证(免疫细胞动力学)与机制关联(GSK3β活性)。
5×FAD小鼠模型 野生型(WT)小鼠 小鼠角膜组织
小鼠年龄(3、5、7、10月龄)和性别 角膜区域(外周vs中央) 免疫细胞标志物(CD45、CD11c、MHC II、CD3) tau磷酸化位点(Thr181、Thr205、Thr217、Thr231、Ser202/Thr205) 蛋白定量归一化至TUJ1
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
建立WT和5×FAD小鼠模型,获取不同月龄的角膜等组织以分析病理变化。
使用WT和5×FAD小鼠,于3、5、7、10月龄取材,分离角膜、视网膜、脑和 trigeminal 神经节等组织。
确认5×FAD小鼠角膜中是否表达hAPP。
通过免疫组化、免疫印迹检测角膜、视网膜和脑组织中hAPP和BACE1的表达。
检测角膜中tau蛋白的表达和磷酸化水平及其随年龄的变化。
通过免疫印迹检测角膜中总tau和多个pTau表位(Thr181、Thr205、Thr217、Thr231、AT8)的水平,并分析相关激酶(GSK3β、CDK5)的表达和磷酸化。
评估角膜神经纤维的形态和密度变化。
使用TUJ1染色和3D重建,量化中央和外周角膜的SBNP和SNT的面积和体积。
分析角膜中DC和T细胞的数量和形态变化。
通过全角膜免疫荧光染色,计数CD45+细胞、CD45+CD11c+MHC II+ DCs和CD45+CD3+ T细胞,并量化DC的形态参数。
鉴定7月龄5×FAD角膜的差异表达基因和相关通路。
提取RNA,进行RNA-seq,分析差异表达基因和KEGG通路富集。
鉴定7月龄5×FAD角膜的差异表达蛋白和相关通路。
提取蛋白,进行质谱分析,分析差异表达蛋白和KEGG通路富集。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 动物模型 | 小鼠品系(WT和5×FAD)、月龄(3、5、7、10月)、性别(雌雄均有)、动物伦理批准号(202310311734000448035) 阅读提示:Methods: Animals |
| 蛋白质印迹 | 组织裂解液(RIPA缓冲液含蛋白酶/磷酸酶抑制剂)、离心速度(12,000×g,30分钟)、蛋白上样量(10μg)、抗体信息(anti-Tau CST #46687等) 阅读提示:Methods: Western Blotting |
| 免疫荧光染色 | 固定方法(甲醇-20℃ 1小时或4% PFA 4℃ 12小时)、通透方法(20 mM EDTA 37℃ 40分钟)、封片剂(50%甘油)、共聚焦显微镜型号(LSM800)、Z轴间隔(1μm) 阅读提示:Methods: Frozen Section Immunofluorescence Staining, Whole Cornea Immunofluorescence Staining and 3D Reconstruction |
| 全角膜3D重建 | 图像采集区域(中央和外周)、重建软件(Imaris)、神经参数(SBNP和SNT面积和体积)、DC计数标准(CD45+细胞有≥2个初级树突) 阅读提示:Methods: Whole Cornea Immunofluorescence Staining and 3D Reconstruction; Figure legends |
| RNA测序 | 样本量(n=5/组)、测序平台(DNBSEQ-G400)、差异表达阈值(|log2FC|≥1,调整P≤0.05)、比对软件(HISAT2)、差异表达分析(DESeq2)、KEGG富集(FDR<0.05) 阅读提示:Methods: RNA Sequencing and Proteomics |
| 蛋白质组学 | 样本量(n=3-5/组)、质谱平台(timsTOF HT)、数据采集模式(DIA)、数据处理软件(DIA-NN)、差异蛋白阈值(FC>1.5, P<0.05) 阅读提示:Methods: RNA Sequencing and Proteomics |