细胞模型建立与TDP-43过表达
验证TDP-43在原代星形胶质细胞中的过表达及其对PTP1B和炎症基因的影响
用Gfp或TDP-43-Gfp质粒转染原代星形胶质细胞,FACS分选GFP阳性细胞,免疫印迹检测PTP1B和TDP-43表达,RT-PCR检测炎症基因表达。
The overexpression of TDP-43 in astrocytes causes neurodegeneration via a PTP1B-mediated inflammatory response
包含小鼠原代星形胶质细胞和神经元共培养、ACM处理、NSC-34细胞、果蝇泛胶质模型等多层级实验,并进行了PTP1B抑制和siRNA敲低的功能验证及NF-κB通路机制验证。
小鼠原代星形胶质细胞 小鼠原代皮层神经元 NSC-34运动神经元样细胞 泛胶质TDP-43果蝇模型
星形胶质细胞转染TDP-43-GFP质粒,浓度和转染效率需验证 PTP1B抑制剂浓度(5 μM)及处理时间(24 h) ACM制备和处理的培养时间(5天)及神经元类型 果蝇模型中Ptp61f RNAi的敲低效率 NF-κB p65磷酸化检测条件
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
验证TDP-43在原代星形胶质细胞中的过表达及其对PTP1B和炎症基因的影响
用Gfp或TDP-43-Gfp质粒转染原代星形胶质细胞,FACS分选GFP阳性细胞,免疫印迹检测PTP1B和TDP-43表达,RT-PCR检测炎症基因表达。
检测TDP-43诱导的炎症因子分泌及PTP1B抑制/敲低的影响
用ELISA检测ACM中IL-1β、IL-6、TNF-α水平;用PTP1B抑制剂或Ptp1b siRNA处理星形胶质细胞,观察炎症因子分泌变化。
验证PTP1B是否通过NF-κB通路调控TDP-43诱导的炎症
检测NF-κB p65磷酸化水平,核质分离检测p65核转位,并检测PTP1B抑制对NF-κB活化的影响。
评估星形胶质细胞中TDP-43过表达对神经元的毒性及PTP1B抑制的保护作用
建立transwell共培养系统,用ACM处理皮层神经元,CCK-8和CMFDA染色检测神经元活力。
检测TDP-43 ACM处理对神经元线粒体功能的影响及PTP1B抑制的改善
使用Seahorse XF分析仪测量OCR,评估基础呼吸、ATP产生、最大呼吸和备用呼吸能力。
在体内验证PTP1B下调对泛胶质TDP-43诱导的炎症和神经毒性的影响
在果蝇胶质细胞中表达人TDP-43,并通过RNAi敲低Ptp61f,检测炎症基因表达、NMJ形态、寿命和攀爬能力。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Life Technologies | -- |
| 胎牛血清 | Gibco | -- | |
| Neurobasal培养基 | Gibco | -- | |
| B27添加剂 | Gibco | -- | |
| N2添加剂 | Gibco | -- | |
| 谷氨酰胺 | Gibco | -- | |
| 青霉素-链霉素 | Gibco | -- | |
| 胰蛋白酶-EDTA | Life Technologies | -- | |
| 多聚-D-赖氨酸 | Sigma-Aldrich | -- | |
| 药物处理 | PTP1B抑制剂 | Calbiochem/Merck-Millipore | -- |
| 二甲基亚砜 | Sigma | -- | |
| 细胞分化 | 全反式维甲酸 | Sigma | -- |
| 细胞处理 | 重组小鼠IL-1β蛋白 | R&D Systems | -- |
| 重组小鼠IL-6蛋白 | R&D Systems | -- | |
| 重组小鼠TNF-α蛋白 | R&D Systems | -- | |
| 免疫印迹 | RIPA裂解液 | Cell Signaling Technology | -- |
| LDS样品缓冲液 | Invitrogen | -- | |
| 蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Roche | -- | |
| BCA蛋白定量试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| NuPAGE 4-12% Bis-Tris凝胶 | Novex | -- | |
| NuPAGE 3-8% Tris-acetate凝胶 | Novex | -- | |
| PVDF膜 | Novex | -- | |
| ECL Prime化学发光试剂盒 | Amersham Biosciences | -- | |
| 核质分离 | NE-PER核质提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| ELISA | 小鼠ELISA试剂盒 | R&D Systems | -- |
| RNA提取及PCR | TRIzol试剂 | Life Technologies | -- |
| RNeasy小型试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| High Capacity cDNA反转录试剂盒 | Applied Biosystems | -- | |
| One-Step SYBR® PrimeScript™ RT-PCR试剂盒 | Takara Bio Inc. | -- | |
| PCR检测 | Applied Biosystems 7500实时PCR系统 | Applied Biosystems | -- |
| 细胞转染 | Lipofectamine 3000转染试剂 | Invitrogen | -- |
| Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen | -- | |
| siRNA转染 | 对照siRNA | Dharmacon | D-001810-10 |
| Ptp1b siRNA | Dharmacon | L-040818-00 | |
| 细胞活力检测 | CCK-8试剂盒 | Enzo Life Science | -- |
| 酶标仪 | Tecan | -- | |
| CellTracker Green CMFDA染料 | Invitrogen | -- | |
| 线粒体功能检测 | XF细胞线粒体压力测试试剂盒 | Seahorse Bioscience | -- |
| XF24细胞外通量分析仪 | Seahorse Bioscience | -- | |
| XF24孔培养板 | Seahorse Bioscience | -- | |
| 寡霉素 | -- | -- | |
| 鱼藤酮 | -- | -- | |
| 免疫印迹 | 抗TurboGFP抗体 | Origene | TA150041 |
| 抗TDP-43抗体 | Proteintech | 10782-2-AP | |
| 抗Lamin A/C抗体 | EMD Millipore | 05-714 | |
| 抗β-肌动蛋白抗体 | Abcam | ab16039 | |
| 抗NF-κB p65 (Ser536)抗体 | Cell Signaling Technology | 3033 | |
| 抗NF-κB抗体 | Cell Signaling Technology | 8242 | |
| HRP标记抗α-微管蛋白抗体 | Cell Signaling Technology | 9099 | |
| 抗PTP1B抗体 | Santa Cruz | sc-14021 | |
| HRP标记抗兔IgG | Santa Cruz | sc-2004 | |
| HRP标记抗小鼠IgG | Santa Cruz | sc-2005 | |
| 免疫细胞化学 | 抗MAP2抗体 | Millipore | AB5622 |
| TRITC标记鬼笔环肽 | Millipore | 90228 | |
| 免疫组化 | FITC标记抗HRP抗体 | Jackson ImmunoResearch Laboratories | 123-095-021 |
| 中和抗体 | 抗IL-1β抗体 | Abcam | ab9722 |
| 抗TNF-α抗体 | Invitrogen | 14-7321-81 | |
| 对照兔IgG | Cell Signaling Technology | 2729 | |
| 对照小鼠IgG | Cell Signaling Technology | 5415 | |
| 抗IL-6抗体 | Santa Cruz | sc-57315 | |
| 大鼠抗IgG | Santa Cruz | sc-2026 | |
| 细胞培养 | Hank's平衡盐溶液 | Gibco | -- |
| 木瓜蛋白酶 | Worthington Biochemical Corporation | -- | |
| 脱氧核糖核酸酶I | -- | -- | |
| 70 μm细胞筛 | -- | -- | |
| 转染 | pCMV6-AC-Gfp载体 | Origene Technologies | PS100010 |
| pCMV6-AC-TDP-43-Gfp载体 | Origene Technologies | RG210639 | |
| 免疫荧光 | 荧光显微镜 | Nikon | -- |
| 共聚焦显微镜 | 共聚焦显微镜 | Nikon | -- |
| 图像分析 | Imaris软件 | Bitplane | -- |
| 统计分析 | Prism 8软件 | GraphPad Software | -- |
| 免疫组化 | SlowFade抗淬灭试剂盒 | Invitrogen | -- |
| 激光扫描共聚焦显微镜 | Leica | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 小鼠品系(C57/BL6)、原代细胞取材时间(胚胎16天或出生1-2天)、培养条件(培养基、添加剂、基质等) 阅读提示:Methods: Primary cell cultures |
| 转染 | 星形胶质细胞密度、质粒用量(4 μg)、转染试剂(Lipofectamine 3000)、转染后处理时间(2-3天) 阅读提示:Methods: Transfection |
| siRNA敲低 | siRNA序列、浓度(50或100 nM)、转染试剂(Lipofectamine 3000或RNAiMAX)、敲低效率验证 阅读提示:Methods: siRNA transfection |
| PTP1B抑制剂处理 | 抑制剂浓度(5 μM)、处理时间(24小时)、溶剂对照(DMSO) 阅读提示:Methods: Reagents; Results: PTP1B is an essential modulator |
| ACM制备与处理 | 星形胶质细胞培养时间、ACM收集时间、处理时间(皮层神经元5天、NSC-34 4天) 阅读提示:Methods: Astrocyte-conditioned media; ACM-treated neuron culture |
| 神经元-星形胶质细胞共培养 | transwell孔径(8 μm)、细胞密度、共培养时间(36或48小时) 阅读提示:Methods: Neuron-astrocyte coculture |
| 线粒体功能检测 | Seahorse分析仪型号、试剂盒、药物浓度(oligomycin 2 μM、FCCP 1 μM、antimycin A+rotenone 0.5 μM) 阅读提示:Methods: Mitochondrial activity assay |
| 果蝇模型 | 果蝇品系(Repo-Gal4、UAS-TDP-43)、Ptp61f RNAi品系、饲养温度、寿命和攀爬试验参数 阅读提示:Methods: Fly strains; Lifespan and adult climbing assays |