鉴定FAT4为GATA2靶基因
确定FAT4是否受转录因子GATA2调控。
对GATA2 siRNA处理的胚胎小鼠淋巴管内皮细胞进行基因表达谱分析,并通过RT-qPCR和Western blot验证,ChIP-Seq分析GATA2结合。
Atypical cadherin FAT4 orchestrates lymphatic endothelial cell polarity in response to flow
包含Fat4基因敲除小鼠模型、条件性敲除、原代细胞体外实验、流式剪切力实验、信号通路分析及生化相互作用验证等多层级证据。
小鼠胚胎淋巴管内皮细胞 原代人皮肤淋巴管内皮细胞 Fat4基因敲除小鼠模型 HEK293细胞
Fat4敲除小鼠模型(Fat4Δ/Δ和Fat4ΔLEC)的构建及基因型确认 原代人淋巴管内皮细胞(hLECs)的批次和供体来源 siRNA敲低效率及对照siRNA的使用 层流剪切力处理条件(4 dynes/cm²,48小时) VEGF-C刺激浓度(100 ng/mL或200 ng/mL)及时间点
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
确定FAT4是否受转录因子GATA2调控。
对GATA2 siRNA处理的胚胎小鼠淋巴管内皮细胞进行基因表达谱分析,并通过RT-qPCR和Western blot验证,ChIP-Seq分析GATA2结合。
确定Fat4缺失是否导致淋巴管发育缺陷。
利用Fat4fl/fl与CMV-Cre或Prox1-CreERT2杂交获得全身或淋巴管内皮特异性敲除小鼠,分析胚胎期皮肤和肠系膜淋巴管形态、瓣膜发育。
评估Fat4缺失是否导致LEC极性异常。
检测E14.5皮肤和E11.5胚胎LEC的高尔基体位置和核椭圆率,并分析E18.5瓣膜形成细胞的核椭圆率。
确定Hippo通路是否参与Fat4缺失导致的淋巴管缺陷。
检测E14.5皮肤中磷酸化组蛋白H3阳性LEC数量,并在原代hLECs中敲低FAT4后检测YAP靶基因表达及p-YAP/YAP比率。
确定FAT4是否参与LEC对血流的响应。
在原代hLECs中施加层流剪切力,观察FAT4定位变化,并分析FAT4敲低细胞的形态变化。
探究FAT4是否影响VEGF-C介导的信号传导。
检测FAT4敲低后LECs中AKT和ERK磷酸化水平,以及VEGFR3表面水平和磷酸化,并通过免疫共沉淀研究FAT4与VEGFR3的相互作用。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 动物实验 | Fat4fl/fl小鼠 | -- | -- |
| Prox1-CreERT2小鼠 | -- | -- | |
| CMV-Cre小鼠 | -- | -- | |
| 药物处理 | 他莫昔芬 | MilliporeSigma | -- |
| 细胞培养 | 内皮细胞基础培养基2 | Lonza | -- |
| 微血管内皮细胞生长培养基2 | Lonza | -- | |
| DMEM培养基 | -- | -- | |
| 胎牛血清 | -- | -- | |
| 转染 | Lipofectamine RNAiMAX转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| Lipofectamine 2000转染试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- | |
| siRNA处理 | FAT4 Silencer Select预设计siRNA | Thermo Fisher Scientific | s116449 |
| FAT4 Silencer Select预设计siRNA | Thermo Fisher Scientific | s35967 | |
| FAT4 MISSION esiRNA | MilliporeSigma | EHU069061 | |
| GATA2 Silencer Select预设计siRNA | Thermo Fisher Scientific | s5596 | |
| Silencer Select阴性对照siRNA No. 1 | Thermo Fisher Scientific | 4390844 | |
| EGFP MISSION esiRNA | MilliporeSigma | EHUEGFP | |
| RNA分析 | TRIzol试剂 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | -- |
| QuantiTect反转录试剂盒 | QIAGEN | -- | |
| RT2 SYBR Green ROX qPCR预混液 | QIAGEN | -- | |
| Rotor-Gene 6000实时荧光定量PCR仪 | Corbett Research, QIAGEN | -- | |
| 免疫印迹 | T-PER组织蛋白提取试剂 | Thermo Fisher Scientific | -- |
| Halt蛋白酶和磷酸酶抑制剂混合物 | Thermo Fisher Scientific | -- | |
| SDS-PAGE凝胶电泳 | -- | -- | |
| PVDF膜 | PerkinElmer | -- | |
| ECF底物 | GE Healthcare | -- | |
| Immun-Star AP底物 | Bio-Rad | -- | |
| Typhoon FLA 9000扫描仪 | GE Healthcare | -- | |
| ChemiDoc MP成像系统 | Bio-Rad | -- | |
| 免疫沉淀 | Dynabeads Protein G磁珠 | Life Technologies, Thermo Fisher Scientific | -- |
| 流式细胞术 | APC偶联小鼠抗人VEGFR3抗体 | R&D Systems | FAB3492A |
| LSRFortessa细胞分析仪 | BD Biosciences | -- | |
| FlowJo软件 | BD Biosciences | -- | |
| 细胞处理 | 重组VEGF-C | R&D Systems | 2179-VC-025 |
| 重组VEGF-C | ReliaTech | R20-015 | |
| 细胞迁移 | 纤连蛋白 | Roche | -- |
| 流动实验 | μ-Slide I0.8 Luer通道载玻片 | ibidi | -- |
| 黄绿色灌注套件 | ibidi | -- | |
| 四通道泵系统 | ibidi | -- | |
| 免疫染色 | DAPI Fluoromount G封片剂 | ProSciTech | -- |
| 显微成像 | Carl Zeiss LSM 700共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- |
| Carl Zeiss LSM 800共聚焦显微镜 | Carl Zeiss | -- | |
| 图像分析 | ImageJ图像分析软件 | NIH | -- |
| 数据分析 | GraphPad Prism统计软件 | GraphPad Software | -- |
| ImageQuant TL 1D图像分析软件 | GE Healthcare | -- | |
| Image Lab图像分析软件 | Bio-Rad | -- | |
| 克隆与蛋白表达 | NEBuilder HiFi DNA组装试剂盒 | New England BioLabs | E2621 |
| FuGENE6转染试剂 | Promega | E2691 | |
| 抗体 | 山羊抗人PROX1抗体 | R&D Systems | AF2727 |
| 兔抗GOLPH4抗体 | abcam | ab28049 | |
| 山羊抗人神经毡蛋白2抗体 | R&D Systems | AF2215 | |
| 兔抗神经毡蛋白2 XP抗体 | Cell Signaling Technology | 3366 | |
| 大鼠抗endomucin抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-65495 | |
| 大鼠抗小鼠CD31抗体 | BioLegend | 102502 | |
| 大鼠抗小鼠CD144抗体 | BD Biosciences | 550548 | |
| 山羊抗小鼠VE-钙粘蛋白抗体 | R&D Systems | AF1002 | |
| 抗α-平滑肌肌动蛋白-Cy3抗体 | MilliporeSigma | C6198 | |
| 兔抗FAT4抗体 | MilliporeSigma | HPA052819 | |
| 兔抗磷酸化组蛋白H3 (Ser10)抗体 | MilliporeSigma | 06-570 | |
| 兔抗AKT抗体 | Cell Signaling Technology | 9272 | |
| 兔抗磷酸化AKT (Thr308)抗体 | Cell Signaling Technology | 4056 | |
| 兔抗p44/42 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 4695 | |
| 兔抗磷酸化p44/42 MAPK抗体 | Cell Signaling Technology | 4370 | |
| 山羊抗FAT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-161577 | |
| 小鼠抗β-肌动蛋白抗体 | MilliporeSigma | A5441 | |
| 小鼠抗磷酸化酪氨酸抗体 | Cell Signaling Technology | 9411 | |
| 小鼠抗FLT4抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-365748 | |
| 山羊抗小鼠VEGFR3抗体 | R&D Systems | AF743 | |
| 小鼠抗YAP抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-271134 | |
| 兔抗磷酸化YAP (Ser127)抗体 | Cell Signaling Technology | 4911 | |
| 正常兔IgG | Santa Cruz Biotechnology | sc-2027 | |
| 兔抗GATA2抗体 | Santa Cruz Biotechnology | sc-9008 | |
| 小鼠抗V5-HRP抗体 | Invitrogen, Thermo Fisher Scientific | 46-0708 | |
| 小鼠抗FLAG M2-HRP抗体 | MilliporeSigma | A8592 | |
| 小鼠抗HA.11表位标签抗体 | BioLegend | MMS-101P | |
| 兔抗DYKDDDDK标签抗体 | Cell Signaling Technology | 2368 |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 基因敲除小鼠模型 | 小鼠品系(Fat4fl/fl、Prox1-CreERT2、CMV-Cre),他莫昔芬给药剂量(2.5 mg/25g体重)、时间点及给药方式(腹腔注射) 阅读提示:Methods: Mouse studies |
| 细胞培养与处理 | 细胞类型(原代成人皮肤微血管LECs,批次和供体);培养基(EBM-2、EGM-2MV);生长因子(VEGF-C浓度);siRNA敲低效率 阅读提示:Methods: Cell culture; Transfection |
| 体外流动实验 | 层流剪切力强度(4 dynes/cm²)、处理时间(48小时)、ibidi通道载玻片规格、细胞汇合度 阅读提示:Methods: In vitro flow assay |
| 免疫染色和形态分析 | 胚胎阶段(E14.5、E18.5)、固定条件(4% PFA)、抗体(PROX1、NRP2、laminin α5)、图像采集设备(激光共聚焦显微镜型号) 阅读提示:Methods: Immunostaining; Quantification of lymphatic vessel parameters |
| 信号通路分析 | VEGF-C刺激浓度(100或200 ng/mL)、刺激时间点(15、30、60分钟)、血清饥饿条件(0.05% AlbuMAX或0.5% FBS)、抗体(p-AKT、p-ERK) 阅读提示:Methods: Immunoblotting and immunoprecipitation |