体外抗肿瘤活性筛选
评估Gamitrinib对胶质瘤细胞系的治疗潜力
在17种原代和6种TMZ耐药胶质瘤细胞系中,通过细胞活力测定(CCK-8)、流式细胞术(PSVue 643/PI染色)、结晶紫染色和细胞增殖(Ki67免疫荧光)检测Gamitrinib的效果。
Antitumor Activity of a Mitochondrial-Targeted HSP90 Inhibitor in Gliomas
包含体外细胞系筛选、线粒体功能检测、类器官、CDX/PDX体内模型及转录组和蛋白质组机制分析等多层级验证。
17种原代人胶质瘤细胞系 6种TMZ耐药胶质瘤细胞系 4种神经球 3种患者来源类器官(PDO) 细胞系来源异种移植(CDX)和患者来源异种移植(PDX)模型
Gamitrinib处理浓度(1、2.5、5 μmol/L) 处理时间(72小时至14天) TMZ浓度(250 μmol/L)及联合给药方案 CDX/PDX模型中Gamitrinib给药剂量(10 mg/kg,隔日一次) mtDNA缺失(ρ0)细胞模型的建立及验证
提炼研究问题、关键发现与证据,快速把握文章的核心贡献。
按研究推进顺序梳理实验设计、验证步骤与关键观察。
评估Gamitrinib对胶质瘤细胞系的治疗潜力
在17种原代和6种TMZ耐药胶质瘤细胞系中,通过细胞活力测定(CCK-8)、流式细胞术(PSVue 643/PI染色)、结晶紫染色和细胞增殖(Ki67免疫荧光)检测Gamitrinib的效果。
验证Gamitrinib对线粒体呼吸的影响
使用Seahorse XF96分析仪测量胶质瘤细胞在Gamitrinib处理后的线粒体耗氧率(OCR),并检测线粒体DNA拷贝数和OXPHOS蛋白表达。
揭示Gamitrinib的抗肿瘤分子机制
对Gamitrinib处理的胶质瘤细胞进行RNAseq和RPPA分析,整合差异表达基因和蛋白质,识别受影响的信号通路,并通过Western blot验证关键蛋白变化。
在患者来源类器官中验证Gamitrinib的疗效
生成3种GBM PDO,用Gamitrinib(2.5、5 μmol/L)和/或放疗(10 Gy)处理6天,检测Ki67表达和OXPHOS蛋白/mRNA水平。
在异种移植模型中评估Gamitrinib的抗肿瘤效果
建立皮下和颅内CDX(U87MG)和PDX(#823)模型,腹腔注射Gamitrinib(10 mg/kg)或联合TMZ(30 mg/kg),监测肿瘤生长和生存期。
按研究目的归类文中使用的方法,便于定位所需技术。
| 实验环节 | 名称 | 品牌 | 货号 |
|---|---|---|---|
| 细胞培养 | DMEM培养基 | Thermo Fisher Scientific | 11995073 |
| 胎牛血清 | Hyclone | SH30071.03 | |
| 星形胶质细胞生长培养基 | Sigma | 821-500 | |
| 细胞活力检测 | 细胞计数试剂盒-8 | APEBIO | K1018 |
| 凋亡检测 | PSVue 643染料 | Molecular Targeting Technologies | P-1006 |
| 碘化丙啶 | Alfa Aesar | 25535-16-4 | |
| 细胞增殖检测 | CellTrace Violet染料 | Thermo Fisher Scientific | C34557 |
| 免疫荧光 | Ki67抗体 | Cell Signaling Technology | 11882 |
| DAPI | Cell Signaling Technology | 8961 | |
| Western blotting | RIPA裂解液 | Thermo Fisher Scientific | 89900 |
| 蛋白酶抑制剂 | Thermo Fisher Scientific | 78440 | |
| NuPage Bis-Tris凝胶 | Thermo Fisher Scientific | NP0336 | |
| PVDF膜 | Bio-Rad | 1620264 | |
| 牛血清白蛋白 | Sigma-Aldrich | A7906-100G | |
| ECL底物 | Thermo Fisher Scientific | 34080 | |
| PARP抗体 | Cell Signaling Technology | 9532 | |
| Rb抗体 | Cell Signaling Technology | 9309 | |
| pRb Ser807/811抗体 | Cell Signaling Technology | 8516 | |
| γH2AX抗体 | Cell Signaling Technology | 9718 | |
| TFAM抗体 | Cell Signaling Technology | 8076 | |
| AMPKα抗体 | Cell Signaling Technology | 5831 | |
| pAMPKα Thr172抗体 | Cell Signaling Technology | 2535 | |
| ERRα抗体 | Cell Signaling Technology | 13826 | |
| VDAC抗体 | Cell Signaling Technology | 4661 | |
| PHB1抗体 | Cell Signaling Technology | 2426 | |
| HSP60抗体 | Cell Signaling Technology | 12165 | |
| NRF2抗体 | Cell Signaling Technology | 12721 | |
| SDHA抗体 | Cell Signaling Technology | 11998 | |
| β-actin抗体 | Cell Signaling Technology | 12620 | |
| 抗兔IgG-HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7074 | |
| 抗小鼠IgG-HRP二抗 | Cell Signaling Technology | 7076 | |
| PGC1α抗体 | Proteintech | 66369 | |
| UQCRC1抗体 | Proteintech | 21705 | |
| ATP5A1抗体 | Proteintech | 14676 | |
| COXIV抗体 | Proteintech | 11242 | |
| NDUFB8抗体 | Proteintech | 14794 | |
| TUFM抗体 | Proteintech | 26730 | |
| RT-qPCR | miRNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 217004 |
| cDNA合成试剂盒 | Thermo Fisher Scientific | K1651 | |
| Fast SYBR Green 预混液 | Thermo Fisher Scientific | 4385610 | |
| DNA提取 | DNA小型试剂盒 | Qiagen | 51304 |
| 细胞凋亡检测 | 胰蛋白酶-EDTA | Gibco | 25200072 |
| 细胞培养 | 磷酸盐缓冲液 | Gibco | 10010-023 |
| 神经球培养 | StemCell Technologies 神经基础培养基 | Stemcell Technologies | 5751 |
| 人表皮生长因子 | Stemcell Technologies | 78006 | |
| 人碱性成纤维细胞生长因子 | Stemcell Technologies | 78003 | |
| 肝素 | Stemcell Technologies | 7980 | |
| 神经球形成实验 | Accutase 细胞分离液 | VWR | 490007-741 |
| 神经球活/死染色 | 活/死细胞活力检测试剂盒 | Sigma-Aldrich | CBA415 |
| 线粒体呼吸检测 | Seahorse XF96 检测板 | Agilent | -- |
| 线粒体质量检测 | MitoTracker Green FM 染料 | Cell Signaling Technology | 9074 |
| 类器官蛋白提取 | 蛋白酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 11836153001 |
| 磷酸酶抑制剂 | Sigma-Aldrich | 04906845001 | |
| 类器官RNA提取 | TRIzol试剂 | Thermo Fisher Scientific | 10296028 |
| RNeasy小型试剂盒 | Qiagen | 74104 | |
| 全外显子测序 | DNeasy血液和组织试剂盒 | Qiagen | 69504 |
| 药物处理 | Gamitrinib | MedChemExpress | HY-102007A |
| 替莫唑胺 | MilliporeSigma | 14163 | |
| 溴化乙锭 | MilliporeSigma | E1385 | |
| 苯乙双胍 | MilliporeSigma | P7045 | |
| IACS-010759 | MedKoo Biosciences | 407917 | |
| 尿苷 | Cayman Chemical | 20300 | |
| 17-AGG | Cayman Chemical | 11039 | |
| 体外实验 | Bio-Rad成像系统 | Bio-Rad | -- |
| 荧光显微镜 | ECHO Revolve显微镜 | ECHO | -- |
汇总复现实验时建议重点确认的条件及原文阅读提示。
| 环节 | 核对要点 |
|---|---|
| 细胞培养 | 细胞系来源、培养基和添加剂(如生长因子) 阅读提示:Materials and Methods - Cell lines |
| 药物处理 | 药物浓度和处理时间(如Gamitrinib 0-5 μmol/L,处理72小时或8-14天) 阅读提示:Results 和 Figure legends |
| 细胞活力检测 | 细胞密度、CCK-8试剂添加量和孵育时间 阅读提示:Materials and Methods - Cell viability assay |
| 凋亡和死亡检测 | 染料浓度(PSVue 643 5 μmol/L,PI 10 μg/mL)和染色时间 阅读提示:Materials and Methods - Apoptosis and cell death assay |
| 线粒体功能检测 | Seahorse检测所用细胞数、药物处理时间和检测程序 阅读提示:Materials and Methods - Seahorse assay |
| 体内实验 | 动物品系、性别、年龄、肿瘤细胞接种量和给药方案 阅读提示:Materials and Methods - CDX and PDX models |