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空间多组学出现在世界经济论坛发布的年度最有潜力、对世界产生积极影响的十大技术中，绝非偶然。当我们在广泛地对单细胞进行了系统分群后，更迫切需要知道细胞在组织、器官中的作用，这时空间水平的分析至关重要。这些研究会帮助人类发现新的药物开发和疾病诊疗相关的靶点，新一代的分子病理产品等等。那么深度空间蛋白组+ GeoMx DSP这对CP能带来哪些惊喜？

即使在基因相同的癌细胞中，对治疗的抵抗也经常出现在这些细胞的一小部分中。初始群体中稀有单个细胞的分子差异使某些细胞对治疗产生耐药性；然而，人们对耐药结果的变异性知之甚少。在此研究中，研究者开发并应用 FateMap，这是一个将 DNA 条形码与单细胞 RNA 测序相结合的框架，以揭示数十万接受抗癌治疗的克隆的命运。

本文将继续介绍一些能够对时间序列样本和多个细胞群进行聚类并且检测罕见细胞类型的新方法。最后，对部分开发用于单细胞转录组聚类分析的软件进行了实验和比较，以评估其性能和效率，为未来的数据分析提供一定的指导和方向。

本研究回顾性纳入18例接受双特异性抗体（bsAb）治疗的NSCLC晚期患者（aNSCLC），采用GeoMx® protein和CTA检测方案，结合特定细胞类型的圈选策略（Segmentation），分别获得了肿瘤区域和基质区域蛋白组和转录组表达谱，在空间水平解析了瘤内异质性。

Y染色体缺失（LOY）与膀胱癌有关（10-40%），但其临床和生物学意义尚不清楚。本研究对自然发生的LOY突变型膀胱癌细胞以及通过CRISPR-Cas9靶向缺失Y染色体的细胞进行了深入的研究。结果发现，Y阳性（Y+）和Y阴性（Y-）肿瘤在体外生长相似，而在体内Y-肿瘤比Y+肿瘤更具侵袭性。

空间多组学领域的“新晋顶流”——GeoMx® Digital Spatial Profiler（DSP）全面空间生物学解决方案一经问世便备受关注。已经有不少科研人率先尝试采用该技术开展课题研究并取得了令人激动的成果；也有不少人持观望态度，希望能够对该技术有更多的了解。

类细胞图谱计划（Human Cell Atlas，HCA）旨在描述人体中每个细胞（约37万亿个）的详细特征，呈现不同类型细胞在人体组织的三维结构，勾勒他们在人体系统内的联系，揭示图谱变化与健康和疾病的关系。

肿瘤免疫微环境（TIME）由肿瘤细胞、免疫细胞、基质细胞、成纤维细胞、细胞外基质和血管组成。在TIME中，各种类型的细胞之间通过分泌分子、蛋白质和囊泡等通讯信号发生动态和双向的相互作用。

类器官作为一种体外细胞模型，利用单细胞测序技术可以获得非常接近体内器官的基因组特征，通过结合空间转录组测序进一步得出各类细胞的空间分布特征，适用于多个领域的研究。

2023年7月13-14日，「SBC&生信技能树 携手主办」单细胞+空间转录组测序研究策略及生信分析（基础班）暑期班火热报名中！

近年来，我国药品的研制重心逐渐从仿制向创新转移，面对市场竞争的日益加剧，我国创新药品的征程任重而道远。新药研发的过程可谓“十年磨一剑”，探索之路有太多未知，但有些研发策略和前人经验却不可不知。

2023年6月14日，上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）将携手空间组学技术领跑企业NanoString Technologies，举办空间多维组学新视角 | 单细胞及空间多维度整合组学技术应用研讨会，会议特邀国内多位临床专家、空间多组学应用科学家和行业专家，共同探讨空间多组学前沿应用方案。

随着单细胞测序技术的迅猛发展和市场的不断下沉，越来越多的研究人员都青睐于使用该技术来阐明一些生物学或医学问题，使通过传统bulk-RNA测序无法解决的事情得以实现成为可能，如细胞图谱的绘制、稀有细胞的鉴定与识别、细胞发育/分化轨迹的构建、肿瘤的精细化研究等。与此同时，也产生了海量的单细胞数据

使用GeoMx DSP空间多组学技术比较因肿瘤复发而存活且无复发≥36个月的患者（长期存活者，n=10）和存活≤6个月（短期存活者，n=10）切除的PDAC肿瘤的免疫相关基因表达谱和蛋白表达谱分析。使用由12名长期幸存者和10名短期幸存者组成的独立样本队列进行额外验证，另外通过结合定性免疫组织化学和定量蛋白质表达谱进行独立验证。

分子伴侣介导的自噬(CMA)是维持稳态的一种机制，其基本功能是对选定的蛋白质亚群进行溶酶体降解。CMA活性直接依赖于LAMP2A水平，该蛋白是溶酶体膜上CMA底物蛋白的重要受体。在成人中最常见和最具侵略性的脑癌——胶质母细胞瘤（GBM）中，肿瘤和肿瘤相关的外周细胞中高水平的LAMP2A已被认为与替莫唑胺（TMZ）耐药和肿瘤进展相关。

深入理解结直肠癌（CRC）发生和进展的生物学机制，对于开发用于早期诊断的临床相关生物标志物，针对性治疗疾病是必不可少的。本研究通过结合空间DSP、成像质谱流式（IMC）以及前人单细胞数据，鉴定了与结直肠癌（CRC）与肿瘤发生相关的蛋白，可能作为早期检测和分期的候选生物标志物；同时阐明了在结直肠癌发病和进展基础上的生物学过程，CD47-SIRPα轴可能是结直肠癌的一个免疫治疗靶点。

说到神药，很多人会想到阿司匹林、二甲双胍，价格亲民，作用广泛。前面刚刚发现二甲双胍在肥胖人群的抗长新冠中的作用。这不上个月Cell Research杂志又报道了阿司匹林的新作用机制。

随着单细胞测序越来越火，您是否也对单细胞测序心动呢？然而在考虑做单细胞测序的时候，您是否会有一些困惑呢？SBC在此为您答疑解惑，希望可以解决您在考虑做单细胞测序方面遇到的困扰：

5月20日，2023年上海科技节正式启动，同期由上海科技创业投资（集团）有限公司指导、上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）主办、上海芯超生物科技有限公司和上海分子医学工程技术研究中心协办，由全国生物样本标准化技术委员会、中国医药生物技术协会组织生物样本库分会、上海市生物医药行业协会共同支持的2023上海“芯”医学高峰论坛在上海张江科学城成功举办。

单细胞转录组测序技术将传统的转录组学研究带入了一个新的时代，而空间转录组测序技术的横空出世补全了单细胞转录组测序的不足，补充了基因表达和细胞类型的空间分布。然而，新的技术也带来了海量的数据，使得数据处理和挖掘生物学信息变得更为复杂，需要从新的维度来拓宽课题的研究思路。为此，小编这里用一篇今年2月份发表的利用单细胞+空间转录组测序技术进行多组学研究的高分文献，带大家认识、了解和掌握单细胞+空间转录组测序文章的研究思路。