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精准的细胞分割能大幅提升时空组学研究的质量，而传统的空间转录组技术往往存在单个细胞的边界不明确的问题。

想要在时下最热的空间组学领域中取得丰硕的研究成果，自然少不了前沿技术平台的运用。而GeoMx® DSP空间组学技术平台就是这样一个表现突出的空间组学研究利器，参与的研究可谓“高分频出，成果瞩目”。

空间多组学技术，是近年来逐渐兴起的分子组学研究技术，与传统的组学技术相比，在检测基因、蛋白质、代谢物表达水平的同时，获得其空间位置信息。此外，将这些数据结果与病理图像信息相结合，便可探究疾病发展过程中重要区域内的分子表达、细胞分布及信号通路的变化特征。2022年，Nature Methods将空间多组学技术评为年度技术，足见其在生物学研究中发挥的重要作用。因此，为了让大家能掌握空间多组学的研究思路，小编带来了一篇Matthias Mann教授团队的文章，以空间蛋白质组+空间转录组为例，看空间多组学技术如何应用于肿瘤新疗法的开发工作。

炎症性肠病（IBD）是由免疫介导的慢性胃肠道疾病，分为克罗恩病（CD）和溃疡性结肠炎（UC），但这两种疾病在疾病进展和治疗反应等方面具有显著异质性。目前尚未建立有效的临床或生物学特征来解释和预测该现象，因此了解疾病异质性背后复杂的分子机制，成为亟需解决的问题。本项研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞空间原位分子成像（CosMx SMI）技术对IBD进行深入分析。scRNA-seq数据发现IBD患者之间最大的差异存在于髓系细胞，主要包括巨噬细胞和中性粒细胞。研究人员进一步利用了CosMx SMI单细胞空间原位分子成像技术对每个巨噬细胞和中性粒细胞亚群进行精细的空间定位和单细胞转录组表达检测，在组织空间维度全面揭示了巨噬细胞的多样性和可塑性，结果发现巨噬细胞和炎性成纤维细胞参与构建了强大的通讯网络，阐释了人类炎性肠病的细胞复杂性和导致IBD异质性的潜在机制。

胞的转录状态来自于一个潜在的基因调控网络(GRN)，在这个网络中，有限数量的转录因子和辅助因子相互调控，并调控它们的下游靶基因。组织内细胞异质性的基础是细胞转录状态的差异，转录状态的特异性又是由转录因子主导的基因调控网络所决定并维持稳定的。因此分析单细胞的GRNS有助于深入挖掘细胞异质性背后的生物学意义。

英国 Sanger 研究所的 Teichmann 实验室和 Vento-Tormo 实验室联合开发了 CellPhoneDB，CellphoneDB是一套从单细胞转录组学数据研究细胞间通讯的工具，所包含的内容如下。

 细胞间的信息交流（cell-cell communication）是通过配体与其受体相结合，引起特定细胞信号通路信号激活以及产生各种复杂的反应为基础。受体（Receptor）：指一类能传导细胞外信号，并在细胞内产生特定效应的分子。

在获得定量数据后，我们经常会通过PCA图来查看样本重复性。样本重复性不好怎么办？SBC ToolBox在线绘图工具可通过多种方法对数据进行降维处理，并生成可视化图片，您可以对比不同方法得到的结果，选择最满意的一种。

在之前的文章中，我们介绍了几个SBC ToolBox绘图平台的分布图绘制工具（链接：您的图片您做主--数据分布图合集），这次我们来继续了解更多种类的数据分布图。

2023年12月8日，由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）主办的“多组学与系统生物学技术论坛”，汇集沪上一众生命科技研发与技术服务领航企业，围绕多组学前沿技术，从系统生物学角度去解决生物医学、合成生物学等生命科学热点前沿领域的关键技术问题和关键科学问题，探讨多组学技术的应用现状及在生物医学、合成生物学等领域的应用前景。

2023年12月5日，上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）（以下简称SBC）联合Bio-Techne旗下品牌ProteinSimple共同举办“芯云讲坛 | 微量蛋白检测技术在外泌体研究中的前沿应用”，特邀首都医科大学附属北京朝阳医院，中国科学院过程工程研究所，田颖老师，分享构建新型抗炎+抗血管新生“时空耦合”靶向协同治疗体系并利用Digital Western Blot等技术进行表征的研究成果。

心脏受累是结节病患者死亡率的重要因素。尽管肉芽肿性炎症是心脏结节病的一个标志，但构成肉芽肿精确的免疫细胞群仍不清楚。此外，尚不清楚心脏结节病与其他炎症性心脏病相比的细胞和转录组学图谱有何区别。

使用SBC ToolBox 单细胞抖动图模块美化你的单细胞差异marker基因。

GSEA(基因集富集分析)，基因在差异比较中表达的上下调与富集分析的碰撞，寻找出与差异上调或者下调密切相关的基因条目（GO、Pathway等）。与经常使用的GO、KEGG富集分析不同，GO、KEGG富集分析不考虑基因表达变化程度，GSEA把基因表达值作为考虑因素，也可以把全部表达的基因进行富集分析。

对短暂环境刺激的持续反应对于生存很重要。对非生物因素暂时变化的长期适应机制仍不完全清楚。研究者发现短暂的寒冷暴露会导致棕色脂肪组织持续的转录和代谢适应，从而改善对二次寒冷遭遇的生热反应。

2023年11月24日，【国自然养成计划】入门篇，继续为大家介绍国自然的“申报须知”，以及能够助力国自然研究的热点技术平台。

在过去十年中，单细胞测序技术揭示了肿瘤免疫微环境在基因组、转录组和蛋白质组水平上的异质性，加深了我们对肿瘤发展机制的理解。

2023年国自然中标结果已于今年8月正式放榜，本年度资助项目达4万+。中标项目除了能够获得一笔可观的科研经费外，更重要的是它代表了申请者的学术水平受到了国内同行的认可

近日，公共卫生中心胸外科主任宋言峥教授团队在Journal of Infection发表题为“Single-cell RNA-sequencing reveals heterogeneity and intercellular crosstalk in human tuberculosis lung”的研究论文，该研究由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）提供部分支持。

Small RNA-seq数据量那么少，又不需要重新比对定量，简简单单的做个差异分析、画个图（火山图、heatmap）、PCA、相关性计算、筛选下差异基因、预测下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注释，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，结果就立马展现你的面前。