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Small RNA-seq数据量那么少，又不需要重新比对定量，简简单单的做个差异分析、画个图（火山图、heatmap）、PCA、相关性计算、筛选下差异基因、预测下miRNA的靶基因，靶基因GO&KEGG注释，使用SBC ToolBox三下五除二，只要你手速快，结果就立马展现你的面前。

在差异分析中，我们有时会着重关注上调/下调差异基因，并会在火山图上标注感兴趣的基因。借助SBC ToolBox在线绘图工具，我们可以在火山图上标注基因，并将指定区域放大展示。

此研究调查了接受前期切除或切除后接受基于吉西他滨的新辅助放化疗 (nCRT) 的胰腺导管腺癌 (PDAC) 患者的临床结果和基于性别的肿瘤免疫特征的差异。

细胞类型注释是scRNA-seq数据分析中的关键一环。传统的手动注释方法通常包含两个步骤：首先使用无监督学习对细胞进行聚类，然后依据聚类结果中典型的差异表达基因来将细胞类群注释为不同的类型。这一过程十分繁琐耗时，并且依赖先验知识，带有一定的主观倾向；

严重的急性移植物抗宿主病(aGVHD)，特别是在类固醇耐药(SR)病例中，与显著的死亡率密切相关。空间转录组技术可以阐明基于组织的相互作用，并可能为治疗反应提供预测指标。

使用SBC ToolBox云平台时间序列分析模块探索基因集在不同时间点的表达趋势，使用c-means算法对基因集进行聚类分群，寻找出表达趋势一致的基因集。SBC ToolBox云平台超快响应，分分钟获取分析结果。

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最近研究表明，小胶质细胞与抑郁症的发展有关，激活小胶质细胞的信号通路可能导致抑郁行为。本研究通过结合单细胞核测序与空间转录组测序技术，研究与社会压力相关的抑郁行为的雌性食蟹猕猴的背外侧前额叶皮层的细胞和分子变化。单细胞数据发现与抑郁行为相关的基因表达变化主要发生在小胶质细胞中，并鉴定了促炎症性小胶质细胞亚群显著富集。通过空间转录组技术鉴定了与抑郁行为相关的富集基因模块的空间定位。该研究结果确定了雌性非人类灵长类动物中与抑郁行为相关的小胶质细胞亚群。

世上饼图千千万，哪种饼图更香甜？SBC ToolBox新上线饼图模块，可以绘制一个简简单单的饼图，也可以画3D饼图，更可以描绘甜甜圈图，TreeMap和华夫饼图同样也能轻松勾勒。

GeoMx® IO 蛋白质组图谱 (IPA) 几乎包含 Abcam 的所有经过 IHC 验证的免疫肿瘤(IO)抗体，是可用于 FFPE 和新鲜冷冻组织切片的新一代空间蛋白质组学panel。通过对肿瘤、微环境和免疫浸润等不同组织区室中的 570 多种蛋白表达检测，IPA有助于快速发现新的蛋白质生物标志物和药物靶点。

由于缺乏在没有疾病和死后快速降解的情况下从胰腺获取组织的迹象，因此对成人健康胰腺的研究很少。研究者从脑死亡捐献者那里获得胰腺，从而避免了任何热缺血时间。这 30 名捐赠者年龄和种族各不相同，并且没有已知的胰腺疾病。对样本的组织病理学分析显示，无论年龄如何，大多数个体都存在胰腺上皮内瘤变（PanIN）病变。通过结合多重 IHC、单细胞 RNA 测序和空间转录组学，他们首次对成人胰腺的独特微环境和散发性 PanIN 病变进行了表征。他们将健康胰腺与胰腺癌和瘤周组织进行比较，观察到成纤维细胞和巨噬细胞中不同的转录组特征。来自健康胰腺的 PanIN 上皮细胞在转录上与癌细胞非常相似，这表明肿瘤途径在肿瘤发生的早期就开始了。

细胞治疗是将正常或生物工程改造过的人体细胞输入患者体内，使其能够替代原有受损细胞，或者发挥更强的免疫杀伤功能，能够达到治疗疾病的作用。在技术、政策、市场等驱动下，我国细胞治疗产业也已开始迈入快速发展阶段，正在吸引越来越多资本布局。据弗罗斯特沙利文预计，我国细胞治疗市场空间在2030年将增长至584亿元，年均增速高达53%。

空间组学研究提供了在组织结构的空间基因信息，通过结合单细胞数据，能够描述细胞类型在肿瘤组织中空间分布的差异、细胞间的相互作用以及免疫细胞的不同分布对预后效果的影响等，为肿瘤的治疗及预后提供新的思路。GeoMx® DSP 空间转录组技术和空间蛋白技术能够同时提供转录组和蛋白组的表达谱，广泛应用于肿瘤异质性、肿瘤的发生与发展、肿瘤免疫微环境等研究方向。

今天小编带来一篇发表在Nature上的胶质瘤相关的文章解读。该文章利用单细胞转录组技术找到了一群独特的肿瘤细胞亚群，并利用GeoMx DSP空间转录组检测技术确认了这群特殊肿瘤细胞在大脑组织中的空间位置分布。在这篇文章中，我们可以看到研究者是如何发挥单细胞和空间转录组技术的优势，并将两种不同技术的结果巧妙地串联在一起，从而解析神经元活动促进胶质瘤进展的分子机制。

新鲜样本可以适用于多个物种，包括：人类、小鼠、大鼠、斑马鱼；FFPE样本仅适用于人类和小鼠。 目前10x Genomics官方推荐的样本物种包括： 新鲜样本包括：人类（大脑、脊髓、心脏、乳房、乳腺、肺、淋巴结、肾脏、大肠-结直肠癌、卵巢、脾脏等）、鼠（大脑、眼睛、心脏、脊髓、股四头肌、眼睛、肺、甲状腺、肝脏、脾脏、胃、肾脏、大肠、小肠、睾丸、卵巢、嗅球、肱四头肌、舌头等）；   FFPE样本包括：人类（大脑、胸部、宫颈、心脏、脊柱、脊髓、肺、淋巴结、脾、前列腺、皮肤、肠、子宫等），小鼠（大脑、心脏、肝、脾、肾、睾丸、胸腺、胚胎、肌肉、子宫、胎盘、小肠、舌头以及皮肤等）。 若样本不在测试行列内，则需要进行评估。

脑卒中这个名称可能很多人不了解，但说到中风，恐怕大家都不陌生了，并且对这个“洪水猛兽”避之不及。中风往往会带来很多不可逆的后遗症，甚至死亡。其实，中风就是脑卒中的俗称，在医学上脑卒中包括缺血性脑卒中（脑梗死）和出血性脑卒中（包括脑实质出血、脑室出血以及蛛网膜下腔出血）两种。缺血性脑卒中发病率更高，约为77%-90%。这是一种大脑组织和细胞坏死的疾病。在我国脑卒中是排名第一的死亡因素，而且发病趋势逐年升高。2004年6月24日在加拿大温哥华举行的第五届“世界中风研讨会”，将每年5月25日定为世界预防中风日，加强人们认识中风的相关问题，预防中风。

感染高危型人乳头瘤病毒(HPV)导致全世界5%的癌症，包括宫颈癌和口咽癌。HPV16占大多数，并且持续的角质形成细胞感染是主要的危险因素。病毒癌基因在人类致癌中的作用已经被深入研究了几十年，分化对病毒生命周期的重要性是已知的。病毒的生命周期依赖于复层鳞状上皮的分化程序，但支持病毒生命周期不同阶段的角质形成细胞亚群的格局尚未阐明。

roteomeXchange（简称PX），是目前广泛应用的蛋白质组学质谱数据存储平台，其旗下包括了PRIDE、MassIVE、PeptideAtlas、JPOST等质谱数据存储平台，按照视频中的步骤您可以将蛋白原始数据上传到PX上。

腰椎间盘退变性疾病（IDD），引起严重慢性腰腿痛，给患者及社会带来极大负担。目前多采用保守治疗缓解症状，但复发率高。当保守治疗无效后，腰椎融合手术成为有效的治疗方法。但是该手术需要牺牲正常腰椎活动度，存在邻近节段椎间盘退变加速，手术风险大、花费大等问题。

空间转录组云平台是SBCToolBox的一个VIP模块，包括了数据的输入、预览、类群的展示、差异计算、降维可视化、基因在空间位置表达的可视化、常见的小提琴图、山脊图、热图、DotPlot展示、亚群分析，meta信息添加等组件。