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本次论坛将邀请中科院陈竺院士作主旨报告，邀请数位院士、专家出席对以上问题进行探讨。会议全程线上直播，欢迎扫码注册观看。

本文使用多组学方法鉴定了肿瘤免疫屏障(TIB)的空间结构，TIB是由SPP1+巨噬细胞和CAFs在HCC微环境中的相互作用形成的，并通过限制免疫细胞浸润到恶性区域来促进免疫治疗的疗效。在临床前，发现在小鼠中阻断SPP1或巨噬细胞特异性缺失SPP1可以破坏TIB结构，并使HCC细胞对免疫治疗敏感。

自单细胞测序技术横空出世以来，由于其可以将测序缩小到单个细胞的单位内进行，对于更加全面精确地了解生物基因表达情况具有重要意义。但是，由于单细胞测序本身的技术特点，尽管我们可以得到单个细胞的表达信息，但是细胞在原本组织内的空间位置信息是完全丢失的，这些信息在理解细胞微环境或细胞间互作时同样关键。为了解决这个问题，空间转录组技术出现了，这项技术可以在组织原位上以接近单个细胞大小的尺度来进行转录组测序，但因为技术限制以及生物组织本身的复杂性，空间转录组还不能精确提供单个细胞尺度上的转录组信息。

巨噬细胞介导对细胞内细菌病原体（如肠炎沙门氏菌）的关键抗菌反应。然而，它们也可以作为这些病原体在肉芽肿内感染组织中持续存在的一个允许的生态位，肉芽肿是由巨噬细胞和其他免疫细胞组成的免疫结构。

近日，复旦大学附属中山医院樊嘉院士课题组，第一作者祝桂琦在期刊Cell Discovery（IF：38.079）上发表了题为CD36+ cancer-associated fibroblasts provide immunosuppressive microenvironment for hepatocellular carcinoma via secretion of macrophage migration inhibitory factor的研究论文，在肝癌中报道了特定CAF亚群功能，从而很好的理解了肿瘤微环境和免疫系统之间相互作用。该文章中流式分选单细胞转录组测序工作及部分单细胞转录组测序由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）提供服务。

如何应对单细胞数据中的噪声干扰一直以来都是单细胞数据分析关注的重点。针对dropout，batch effect，technique noise等噪声，大量的新算法被开发出来。然而目前还没有工作能针对一个明显干扰源，即细胞间随机异质性。不同细胞间具有天然的异质性，当我们需要研究细胞间的生物学波动时，随机异质性就成为一个强大的干扰源。在传统组学实验中，样本间随机异质性问题可以使用配对样本解决。但是单细胞由于技术限制无法对同一个细胞进行多次测量。

由上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）、中国科学院上海药物研究所、国家转化医学中心（上海）质谱平台、布鲁克（北京）科技有限公司共同主办的“质谱组学赋能转化医学与药物开发前沿论坛”，将邀请国内多位临床专家、质谱组学应用科学家和行业专家分享最新技术进展、临床应用及药物开发研究。

随着单细胞测序技术的迅猛发展和市场的不断下沉，越来越多的研究人员都青睐于使用该技术来阐明一些生物学或医学问题，使通过传统bulk-RNA测序无法解决的事情得以实现成为可能，如细胞图谱的绘制、稀有细胞的鉴定与识别、细胞发育/分化轨迹的构建、肿瘤的精细化研究等。与此同时，也产生了海量的单细胞数据，而这些数据通常来源于不同的实验室

通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)、荧光激活细胞分选、多重免疫荧光(IF)和RNA scope分析，研究者在人和小鼠肝脏中鉴定出独特的DUOX2+ACE2+小胆管细胞。PBC患者的选择性降低与疾病的严重程度相关。此外，蛋白质组学、scRNA-seq和qPCR分析表明，聚合免疫球蛋白受体(pIgR)在DUOX2+ACE2+胆管细胞中高度表达。无论AMA-M2阳性或阴性，

它能够使用基于探针的方法对单个细胞的转录组（人或小鼠）进行全面分析。Feature Barcode技术的加入还能同时分析细胞表面蛋白的表达，帮助您从多个维度探索复杂生物学。此产品还支持混样分析，可提高实验的通量和效率。

对乙酰氨基酚 (APAP) 毒性是急性肝损伤 (APAP-ALI) 最常见的原因之一，经常影响多个器官系统，死亡率达30%。坏死肝细胞释放的损伤相关分子模式 (DAMPs) 和病原体相关分子模式 (PAMPs) 通过门静脉循环转运到肝脏，通过模式识别受体 (PRRs)，包括toll样受体 (TLRs) 引发急性炎症反应。

研究对五名肝母细胞瘤（HB）患者的肿瘤和远端肝组织样品进行单细胞转录组分析，利用反卷积分析将单细胞转录组谱与神经辅助化学疗法治疗后的HB队列转录组相结合。通过建立早期人肝实质发育的单细胞转录组图谱，探索HB肿瘤发生的细胞根和层次结构。

蛋白质作为功能分子，在生命活动中起到非常关键的作用。但很多对于蛋白质的研究都是通过转录组间接进行的。目前基于质谱的蛋白质检测技术已经发展到4D时代，timsTOF Pro 4D质谱检测仪可以实现在蛋白质组学和修饰蛋白质组学方面的检测。在急性髓系白血病（AML）中，在基因组和转录组方面已被大量研究，但在蛋白质组和磷酸化蛋白质组方面还知之甚少。

传统单细胞测序在一些方面存在挑战： 1、纵向研究或多队列研究等大型项目样本量大，在样本采集和样本运输方面面临着挑战； 2、传统单细胞测序无法对生物样本库中经过固定的存档样本进行研究，然而这些样本往往包含很多值得探究的重要信息；

随着单细胞测序技术的迅猛发展和市场的不断下沉，越来越多的研究人员都青睐于使用该技术来阐明一些生物学或医学问题，使通过传统bulk-RNA测序无法解决的事情得以实现成为可能，如细胞图谱的绘制、稀有细胞的鉴定与识别、细胞发育/分化轨迹的构建、肿瘤的精细化研究等。

自2016年单细胞技术发展迅速，出现了大量不同原理和分离方案的单细胞技术平台，但这些平台大多数基于NGS测序，将RNA打断成小片段进行检测，这样提高了检测的通量和效率，但丢失了来自RNA层面的结构信息，尤其是其检测的标记端几百bp碱基，无法获得RNA全长信息导致的RNA剪接信息丢失。为了克服上面的问题，研究人员开发了SCAN-seq2，一种基于TGS平台的高通量，高灵敏度的全长RNA-seq方法。

原发结直肠癌根治性切除术后的患者在几年后复发转移，转移的CRC病理分期不一，其中会有40%的III期CRC患者，寻找预防CRC复发的疗法仍然迫在眉睫。

2023年2月，复旦大学邹欣/郝洁团队在Briefings in Bioinformatics (IF=14) 以长文形式发表了题为：“scSTAR reveals hidden heterogeneity with a real-virtual cell pair structure across conditions in single-cell RNA sequencing data”的论文。团队首次提出了单个细胞动态转录组的概念，并通过多个生物学和临床场景系统性显示了动态特征的价值。研究团队已经使用scSTAR对一种新的肿瘤疫苗疗法ATHENA可能机制进行研究（Liu，et al. Frontiers in oncology, 2022）

单细胞转录组学测序是近几年最热门的组学技术之一，在很多高分文章中单细胞测序数据频繁出现。除去单细胞数据本身质量和数据中挖掘到的重点分子，数据的可视化展示也是一篇文章的组成核心。CNS或者其他高质量文章中单细胞的可视化能够条例清晰，直观明确地表达出作者希望阐述的单细胞数据特征。但是，基础流程提供的常规基础分析结果，往往数据可视化结果与高分文章中的图片相差甚远

肾细胞癌是泌尿系统最常见的癌症之一，肾透明细胞癌（ccRCC）是最常见的肾细胞癌组织学类型，是具有潜在的高度肿瘤异质性和遗传易感性的疾病，而表观遗传层面的复杂调控网络使得阐明ccRCC的异质性及其调控机制更是难上加难。