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分子组学检测技术和分析方法拓展了生物学研究的深度。然而，怎么样有效利用获得的组学数据，挖掘其中重要的生物学意义，是值得好好去探讨的。目前主流的数据分析方法得到的都是流程化的标准结果，未必适合课题的研究目的。

科研人员往往需要的是对多个marker基因的表达进行纵向和横向比较，Seurat的展示方式在基因数量不多的情况可以满足需求，但不尽完美。下图就很好的展示marker基因在横向类群上的表达分布，纵向上展示了类群中marker基因的表达情况。

我们每个人的皮肤上或多或少都点缀着一些黑痣，它们通常只是皮肤上的黑色素细胞聚集形成的小点。大多数黑痣是无害的，但有时，它们也可能成为健康隐患的信号。

子宫内膜异位症是一种常见的妇科疾病，其特征是子宫内膜组织在子宫外生长，导致疼痛、不规则月经和生育问题。该病的发病机制尚不完全清楚，但可能与遗传因素、免疫系统异常和环境等多种因素有关。近年来，研究人员通过分子生物学和遗传学等方法逐渐揭示了该疾病的复杂性。

今天我们要介绍一种已知肿瘤突变特征推断工具deconstructSigs，这是一个R包，通过比非负矩阵分解（NMF），将样本突变特征映射到特征库中已知的特征矩阵上，从而获取该样本存在哪些特征，查询COSMIC网站获取特征含义。

在生物实验室里，数据安全不仅仅是技术问题，它关系到你的研究成果能否安全“着陆”，关系到你的科研诚信，甚至关系到你的职业生涯。

2024年6月，复旦大学郝洁团队在Briefings in Bioinformatics (IF=9.5) 以长文形式发表了题为：“Themis: Advancing Precision Oncology through Comprehensive Molecular Subtyping and Optimization”的论文。

在繁忙的实验室日常中，灭菌锅扮演着至关重要的角色，可以说是“掌管实验材料无菌状态的神”。但你知道吗，实验室灭菌锅属于特种设备中的快开门式压力容器，操作此类设备需要取得相应的特种设备作业人员证书——也就是我们所说的“持证上岗”。

高度浆液性癌症（HGSC）是卵巢癌中最常见且最致命的类型，其特点是高度的肿瘤异质性和对化疗的抵抗性。这种肿瘤的遗传异质性不仅在不同患者间存在显著差异，而且在单个患者的肿瘤组织内部也表现出高度的变异性，这对于治疗的有效性构成了重大挑战。

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近年来，单细胞转录组的出现使得研究者的视角从组织水平转向细胞水平，而空间转录组能够给出每一种细胞类型的空间位置信息，这两种技术运用也越来越广泛，包括类器官研究领域。2024年5月13日，复旦大学脑科学转化研究院邵志成研究员团队在 Cell Reports Methods 期刊发表了题为《Effective cryopreservation of human brain tissue and neural organoids》的研究论文。

在人类与疾病的漫长斗争中，生物安全实验室扮演着至关重要的角色。它们是科研人员研究病毒、细菌等微生物的前线战场，也是防止病原体泄露、保护公众健康的重要设施。

空间转录组技术用于在空间水平上解析基因表达数据，可以同时获得细胞的空间信息和转录模式，以提高我们对组织微环境的理解。空间转录组可以结合显微成像和测序技术来获取基因表达数据，同时最大程度地保留样本的空间位置信息，使研究人员能够找到更有价值的结果。

此次介绍的是新推出的几个关系图绘制工具：UpSet图、词云、弦图和网络图。

在生物医学研究的浩瀚宇宙中，细胞始终是核心议题，承载着生命科学的基础和关键。细胞房，作为细胞培养与实验操作的圣地，不仅是科研探索的心脏地带，更是科研人员揭开生命奥秘的前线阵地。

激光共聚焦扫描显微镜（Laser Scanning Confocal Microscope，LSCM）的历史可以追溯到20世纪50年代。Marvin Minsky首次提出了共聚焦（Confocal）的理论概念，并在1957年申请了相关技术的专利[1]。由于当时缺乏适当的光源与数据处理能力，这一原理在提出后并未立即引起广泛关注和应用。

患有系统性红斑狼疮 (SLE)的儿童 （称为儿童期狼疮性肾炎，cLN）患肾脏疾病的风险增加。本研究利用单细胞分辨率空间转录组学技术（CosMx SMI），生成了来自 8 名 cLN 患者和两名对照者的肾组织（> 400,000 个细胞）的单细胞分辨率空间图谱。

第十二期单细胞及空间多组学实验技术与生信分析培训（暑期班）开班了！

复旦大学附属中山医院樊嘉院士、高强教授、中国科学院上海免疫与感染研究所张晓明研究员、浙江大学基础医学院郭国骥教授团队合作，在《Science》 期刊发表了题为“A blueprint for tumor-infiltrating B cells across human cancers ”的研究论文。该研究结合单细胞转录组、 单细胞BCR和单细胞ATAC的多组学数据，系统性刻画了肿瘤浸润性B细胞的异质性、动态分化和表观调控机制。创新地揭示了肿瘤微环境中广泛存在的EF应答的癌种偏好性、空间定位特征、临床意义及潜在的诱导调控机制。

研究深入探讨了人类卵巢的复杂结构和功能，并通过使用先进的遗传分析技术揭示了卵巢的重要性，特别是在健康的生殖和内分泌中卵泡的作用。