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单细胞转录组测序提供了丰富的数据，使我们能够从多个角度挖掘生物学意义。除了专门的单细胞分析方法外，一些传统的组学分析手段，如生存分析，也开始受到研究者的关注。

胰腺导管腺癌（PDAC）是一种致命的癌症，具有显著的肿瘤内异质性。Repeat RNA是由基因组中大量重复序列转录而来的RNA。基因组中有许多重复的非编码区域，这些区域可以分为不同的类别，如卫星重复序列（如HSATII）、长散在核元件（LINE-1）和内源性逆转录病毒（HERV）等。Repeat RNA通常来源于这些重复序列的转录活动，尽管它们在过去被认为是“基因组噪音”或无功能的部分，近年来它们被发现可能在多种生物学过程中发挥作用，尤其在疾病背景下。

卵巢癌是一种常见的妇科恶性肿瘤，高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）是其中最常见的类型，具有高度异质性，与肿瘤复发、化疗耐药和预后差等问题密切相关。

相较于二维PCA图，3D PCA图使用前三个主成分数据绘制，体现更多的样本信息。下面就让我们简单了解一下两个可用于绘制3D PCA图的R包。

肺囊性纤维化（pulmonary cystic fibrosis，PCF）是一种遗传性疾病，由编码囊性纤维化跨膜传导调节因子的基因突变引起，会产生气道粘膜纤毛清除受损、肺炎以及呼吸功能障碍等症状。

胰腺导管腺癌（PDAC）的大多数患者在诊断时已处于局部晚期或转移阶段，只有约20%的患者可以手术切除，导致5年总生存率不足10%。诊断时的分期与手术切除后的总生存率相关，然而早期PDAC的生物学特征仍不清楚。

单细胞拟时序分析中常使用Monocle工具来推断不同细胞类群之间的分化轨迹，但是这个软件无法判断这些细胞的起点，即找不出分化程度最低(干性最高)的组细胞亚群。

由于治疗方案有限和缺乏治疗靶点，口腔癌一直是一个重大健康挑战，大多数(40%)口腔癌发生在牙龈颊部，表现为鳞状细胞癌（GB-OSCC），本研究旨在探讨GB-OSCC肿瘤侵袭边缘的基因和细胞类型的定位，以了解不同距离下的侵袭边缘如何导致淋巴结转移。

在实验室里，移液器是我们最亲密的伙伴之一，它帮助我们精确地“拿捏”每一滴液体。但别小看这小小的工具，作为精密仪器，它可是有着自己的脾气和个性。如果你不按规矩来，它可能会让你的实验结果成为“玄学”。

这项研究利用SMI等空间转录组平台，结合组织芯片的优势，通过对大量样本的检测，全面绘制了HGSC肿瘤的空间图谱，揭示了肿瘤组织和淋巴细胞浸润的普遍规律。

单细胞转录组的研究如火如荼，然而面对测序后获得的海量结果，我们常常望洋兴叹。在挖掘生物学意义时，最重要的就是找到与表型相关的特征基因。常规的差异分析有时很难获得有意义的特征基因。此时，我们就可以尝试非负矩阵分解（NMF）算法

近日，科罗拉多大学医学院的研究人员在Am J Respir Crit Care Med（IF19.3）上发表了题为Digital Spatial Profiling Identifies Distinct Molecular Signatures of Vascular Lesions in Pulmonary Arterial Hypertension的文章

近日，曼彻斯特大学研究团队在《Communications Biology》上发表了题目为“Digital spatial profiling of the microenvironment of muscle invasive bladder cancer”的文章，研究人员利用DSP技术生成了第一个膀胱癌（MIBC）的全转录组空间数据集

急性肝功能衰竭发病迅速，致死率高。紧急肝移植仍然是常见的治疗方案，因此迫切需要有效的促再生疗法，利用和增强肝脏固有的再生修复能力。

人类大脑的发育涉及许多独特且复杂的过程，这些过程在其他许多物种中都未曾见到。这些过程可能导致神经发育障碍（Neurodevelopmental disorder, NDD），如自闭症谱系障碍（ASD）。ASD的检测只能在发育成熟的大脑中实现。

单细胞空间多组学检测技术是研究中的重要手段之一，能够研究细胞在组织样品中的相对位置关系，用于揭示细胞空间分布关系对疾病的影响，可应用于多个领域的研究，包括肿瘤、神经、免疫、消化系统疾病研究以及药物靶点等。

通过DSP技术对25名SCLC患者的79个ROIs进行全转录组分析，揭示了SCLC中显著的ITH。研究发现，不同的ITH表型在基因表达、肿瘤-基质模式和免疫细胞浸润方面存在显著差异。

在胃癌（GC）研究领域，三级淋巴结构（TLSs）正逐渐成为抗肿瘤免疫反应的重要研究方向。TLSs被认为能刺激抗肿瘤免疫，并对预后和免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应产生积极影响。然而在胃癌中，TLSs主要出现在预后不良和治疗响应有限的病例中。

该研究成功开发了一种新型的人类胰腺癌“阿凡达”模型，利用灌注培养系统和DSP空间转录组技术，实现了对肿瘤微环境中免疫景观的详细分析。

在当今生命科学的探索中，类器官技术以其独特的重要性，正成为连接基础研究与临床应用的桥梁。它们不仅为理解复杂生物系统提供了前所未有的模型，而且在个性化医疗、药物测试和疾病治疗等领域展现出巨大的潜力。