单细胞测序+空间转录组测序干货合辑

单细胞测序相关技术能很好的进行细胞类型鉴定等,揭示了组织异质性,但由于获取细胞悬液时对组织进行了酶解,从而导致组织空间位置信息丢失。而空间转录组避免了组织中细胞位置信息丢失的现象,可以同时提供空间位置信息和基因表达信息,但检测的单位不是单细胞水平;综合运用单细胞检测技术和空间转录组检测技术,将两种检测结果进行联合分析,对单细胞测序结果能够进行空间定位,对空间转录组的检测结果能够进行精确的细胞类型注释,从而在不同应用场景中更加精准的揭示细胞相互作用。本专题从单细胞测序相关技术到空间转录组测序,从样本处理到数据分析,一网打尽各个技术难点。

实验资料

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单细胞测序悬液老是制备失败?别担心,单细胞核测序来拯救你的样本了

虽然单细胞测序到现在已经应用到各个研究领域,但是实际的实验过程中依然会遇到很多问题,比如:1.很多样本根本没有办法制备单细胞悬液,比如已经在-80℃冻存的样本;2.有些样本制备成单细胞悬液以后现有的单细胞测序平台无法捕获,比如心肌细胞、骨骼肌细胞、成熟的脂肪细胞等,由于直径过大,超出了10x genomics和BD Rhapsody平台最大能捕获的细胞直径;3.再者有些细胞类型可能在单细胞悬液制备的过程中丢失,比如脑部的 ...
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FFPE样本空间转录组实验流程,你想要的细节都在这里了

10x Visium空间转录组测序针对FFPE样本的实验已经开展有一段时间了,今天小编就来总结一下整个实验的详细流程。首先来一张实验流程导图:10xVisium FFPE的实验流程FFPE样本Visium空间转录组技术流程(图片引自10x官方)一、取材FFPE样本取材要求组织不要大于6.5mm*6.5mm,因为10x visum的每张切片的捕获区域只能容纳6.5*6.5的组织大小,≤6.5 x 6.5 mm的组织块可与Visium Spat ...
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在线生信分析平台如何进行差异表达分析?—GeneMatrix实战教程

随着高通量测序和质谱技术的普及,组学实验已成为每个课题组不可或缺的研究手段。然而组学实验产出的数据往往十分庞大,处理这些数据也需要专业的生物信息学和统计学知识,这令很多研究者望而却步。为了解决这一难点,吉凯基因建设了在线生信分析平台GeneMatrix(点击进入)。GeneMatrix功能强大,包含临床数据分析、组学数据分析和基础统计分析三大模块,共43个应用程序。每个小程序都配备了详尽的使用说明和示例文件,文 ...
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Nature子刊!CellChat-助力单细胞分析新角度

构建细胞类型图谱是单细胞转录组数据分析的主体内容,但其仍然停留在“描述性研究”的范畴,难免让人感觉意犹未尽。想要在分子层面解释疾病发生的机制,就需要对数据进行更深入的探索。这当中,细胞通讯分析就是一个很好的方向。今天小编借助CellChat工具为大家介绍细胞通讯分析的使用方法、真实案例和注意事项。细胞通讯(cell communication)是指细胞接收、处理和传递与环境和自身的信号的能力,它是每个生物体(如细菌、 ...
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单细胞混样测序——小经费也能轻松发表5分文章!

提到单细胞测序,相信各位小伙伴们都很熟悉,真是又爱又恨的一个技术啊,爱它既能帮助我们解决很多科研问题,同时也是对它的价格暗暗咬牙;大家莫慌,今天小编就给大家一个神器——单细胞混样测序,让大家用小经费就能轻轻松松发表5分左右的文章。单细胞Mix(混样)测序产品是基于10x Genomics和BD Rhapsody平台,利用寡核苷酸偶联的抗体孵育不同的样本,为不同的样本标记上不同的标签,然后将多个样本混合在一起,按照单一样本 ...
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免费用!不会生信也能用的单细胞分析工具

近年来,单细胞测序的快速发展极大推进了我们对生物系统的认知。这项技术的巨大潜力促使计算生物学家开发了一系列的分析工具,但大部分分析工具要求编程背景。今天,小编为大家介绍一款免费且几乎不需要编程背景,即可实现单细胞分析的工具,cellxgene。Cellxgene有两个产品,cellxgene data portal用于探索已发表的数据;cellxgene desktop用于探索个人单细胞数据。小编主要对cellxgene ...
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