ChIRP 概述
ChiRP(Chromatin Isolation by RNA Purification )是一种检测与RNA绑定的DNA和蛋白相互作用的方法。该方法是通过设计生物素或链霉亲和素探针，把目标RNA拉下来以后，与其共同作用的DNA染色体片段就会附在到磁珠上，最后通过qRT-PCR、测序、免疫印迹法和质谱分析等确定目的RNA、DNA和蛋白。
长非编码RNA（lncRNA）是长达两百个核苷酸以上的转录本，绝大多数位于细胞核内。虽然lncRNA没有编码任何蛋白质，但它们在不同组织和发育阶段的表达依然具有特异性，这说明lncRNA具有重要的生物学意义。在测序技术的帮助下，人们已经发现了数千种lncRNA，但这些lncRNA的生物学功能依然还是个谜。众所周知，要了解一个分子的功能，应该去寻找它的搭档。2011年，斯坦福大学的Howard Chang教授开发了ChIRP技术（chromatin isolation by RNA purification），该技术可以在全基因组范围内鉴定RNA与染色质的互作，被不同领域的研究者们广泛采用。
最近，Chang和同事对ChIRP进行了改造，发布了称为dChIRP（domain-specifi ChIRP）的新技术。据介绍，该技术可以在天然环境下剖析IncRNA不同结构域的功能。相关论文发表在Nature Biotechnology杂志上。
非编码RNA（ncRNA）往往与蛋白质协作，生成复杂的结构，并参与细胞调控。 为了揭示非编码RNA-蛋白质复合体（RNP）的组成和动态，Howard Chang教授最近在ChIRP的基础上开发了质谱分析技术ChIRP-MS。这是一种RNA导向的蛋白质组学技术（RNA-directed proteomics），能够全面鉴定特定非编码RNA的结合蛋白。这一成果发表在四月二日的Cell杂志上。
ChIRP( comprehensive identification of RNA-binding proteins) ——流程图
①探针设计：设计反义寡核苷酸探针，20nt 左右；
②细胞培养：ChiRP实验需要的细胞数，即2×107；采用的是标准培养基；
③细胞交联及收集细胞质粒；
④交联后DNA的超声破碎；
⑤生物素标记的DNA探针与RNA杂交；
⑥ChIRP；
⑦RNA、DNA及核酸结合蛋白提取，分析实验数据。
