凭借设计简单、高效和低成本,CRISPR/Cas9系统是目前基因编辑的热门工具。CRISPR/Cas9系统主要包括两个元件:Cas9核酸内切酶和向导RNA(sgRNA)。其中,sgRNA能够识别靶DNA序列中保守的前间区序列邻近基序(Protospacer Adjacent Motifs,PAM),通过与Cas9蛋白结合,引导Cas9核酸内切酶定点切割靶向DNA。但如果sgRNA与基因组上其它位置即非靶序列结合,便会引起脱靶效应。因此,如何设计高效、特异性的sgRNA,预测其脱靶效应是科学界关注的焦点。 今天,舒桐科技小编给大家介绍一款用于sgRNA脱靶预测的线上工具Cas-Offinder (http://www.rgenome.net/cas-offinder/) ,并附带了详细的操作教程,赶紧点个关注吧!
1. Cas-Offinder简介 Cas-Offinder [1]是由韩国首尔国立大学Kim团队研发的一款用于sgRNA脱靶预测的工具。Cas-Offinder的工作原理是: 1)用户提供on-target sgRNA的PAM序列、长度和物种信息; 2)Cas-Offinder在全基因组范围内,筛选与on-target sgRNA具有相同PAM和长度的序列; 3)将找到序列与on-target sgRNA进行比对,计算mismatch、insertion和deletion信息; 4)根据用户输入的阈值信息(mismatch、insertion和deletion)筛选符合条件的序列(off-target)输出。
2. Cas-Offinder操作 2.1 Cas-Offinder输入 Cas-Offinder需要用户提供六个信息: 1)PAM序列类型; 2)物种; 3)待预测的sgRNA序列; 4)off-target允许最大错配数; 5)off-target允许最大插入(DNA隆起)长度; 6)off-target允许最大缺失(RNA隆起)长度。 网站包含了常见的一些PAM序列类型和物种,如有特殊需求,可以联系网站作者添加或者下载Cas-Offinder代码,用命令行执行。
2.2 Cas-Offinder输出 Cas-Offinder预测结果,主要用两个表格展示:结果汇总表和详细表。 Cas-Offinder预测脱靶,不受PAM序列限制,允许DNA发生多个mismatch、insertion和deletion,通用性强,十分实用。但是Cas-Offinder仅给出了可能发生脱靶的位置,对于该位置发生脱靶的概率还是未知。 3. FrCas9介绍 珠海舒桐医疗科技有限公司深耕基因编辑技术10余年,是一家以基因编辑为核心技术的生物医药服务企业,可承接脱靶检测、细胞株定制、病毒包装等CRO及CDMO业务。近日,由舒桐科技研发团队经数年潜心研发的“一种2型CRISPR/Cas9基因编辑系统及其应用”成功通过俄罗斯发明专利申请,获得联邦知识产权局授权,并取得“授予发明专利权通知书”。本项专利CRISPR-FrCas9是目前已知的切割效率最强、脱靶效应最低、特异性最好、PAM限制最少的CRISPR,显著优于SpCas9,极大程度保证了基因治疗的安全性及有效性。目前,FrCas9已被Cas-Offinder收录,方便研究者进行脱靶预测。 FrCas9产品优势 1、切割效率高:在NGTA PAM下,其切割效率高于SpCas9; 2、脱靶效应低:脱靶效应极低,甚至低于不同种类的高保真型SpCas9; 3、提供sgRNA设计服务及质粒构建服务; 4、专利授权费低于SpCas9,可进行授权合作。 如需获得更多信息,请咨询我们
|