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        求助:☞蛋白质3D结构预测

        相关实验:用蛋白质底物进行蛋白质激酶分析实验

        user-title

        长颈小露

        我是自己克隆的小黄鱼的基因,得到了氨基酸序列,用Swiss-model,phyre2网站都只能预测40多个氨基酸,其他的都预测不出来,有大佬知道怎么解决嘛

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        3 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        先用酶降解为短的肽段,再用质谱仪分析,从谱图中识别每个肽段的氨基酸序列,再将诸多肽段的序列拼接起来成为完整的蛋白质序列。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        先确定基因中的内含子和外显子所在的位置,然后以二者为界,分段测序

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        对于较长的蛋白质序列,有时会出现预测不出全部氨基酸的情况,这可能是因为预测工具的限制导致的。在这种情况下,可以考虑以下几种方法:

        1.使用不同的蛋白质结构预测工具。 Swiss-model和phyre2是比较流行的蛋白质结构预测工具,但是它们的预测能力有限。您可以尝试使用其他的蛋白质结构预测工具,如I-TASSER、ROSETTA等。不同的工具可能会有不同的预测结果,您可以尝试比较这些结果以寻找最佳的模型。

        2.使用蛋白质结构预测的整合工具。除了单个预测工具之外,还有一些整合了多个蛋白质结构预测工具的工具,如PhyreX和HHPred。这些工具可以使用多种方法和技术来预测蛋白质的结构,提高预测的准确性。

        3.使用分段预测方法。如果您的蛋白质序列过长,您可以考虑使用分段预测的方法来预测蛋白质的结构。这种方法将蛋白质序列分成多个较短的片段,对每个片段进行结构预测,然后将这些片段拼接在一起形成完整的蛋白质结构。

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