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科研学霸天团，48小时有问必答

问原始数据和OR值合并问题

loveliufudan

1.对于既有原始数据(abcd)又有OR值及置信区间的研究，建议直接提取OR值及置信区间进行合并。这是因为对于一些研究，OR值及置信区间已经是作者根据原始数据计算得出的，而且OR值及置信区间是一种已经标准化的效应量，可以方便地用于不同研究结果的比较和合并。如果你非要使用原始数据进行合并，需要注意不同研究中的abcd值定义和计算方式的一致性，否则可能会影响结果的可靠性。2.对于提取OR值和置信区间的

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问nhanes数据库脂肪肝FLI计算

loveliufudan

NHANES数据库中计算脂肪肝指数（FLI）时，使用的是标准化的生化数据。具体地说，使用的是甘油三酯（TG）和谷丙转氨酶（ALT）的标准化数值，分别为（TG-1.628/0.0113）和（ALT/0.016）。其中，1.628和0.0113是TG的平均值和标准差，ALT的标准差为0.016。这些标准化数值能够消除不同样本之间的差异，从而更准确地计算FLI指数。需要注意的是，这些生化数据都是在空腹状

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问请问生信分析是选GO&Kegg还是GSEA？

loveliufudan

选择何种生物信息学分析方法需要根据实验设计和分析目的来决定。对于基因表达谱芯片数据的分析，可以采用GO&KEGG和GSEA等方法，以探究差异表达基因的生物学功能和通路。以下是一些参考建议：如果你感兴趣的是差异表达基因的生物学功能和通路，那么GO&KEGG分析可以是一个好的选择。你可以使用一些生物信息学工具，如DAVID、Enrichr等，对差异表达基因进行功能注释和通路富集分析。这

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问大佬们，想问问提取上清液的分泌蛋白之后怎么测得它的基因组序列蛋白质序列呀

土井挞克树

提取后离心纯化，然后做免疫组化测蛋白序列

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问seer数据库使用疑问

huarenqiang5

建议按以下步骤试试：官网地址：https://seer.cancer.gov/ 数据库的使用权限1.进入官网，【SEER Data&Software】<【How to Request Data Access】2.点击【Continue to Request Form】3.机构账户点击左边，非机构账户填写好邮箱后点击右边。4.出现申请页面：信息填写好后点击【Sumbit

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问mimic数据库评分？

土井挞克树

可以做一个评分的统计模型，把数据库的变量纳入模型，然后进行评分。

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问如果在GEO数据库中没有找到GEO2R该怎么处理数据呢

龙大人驾到

如果在GEO数据库中找不到geo2r数据，可以使用已有的数据库（如NCBI的Gene Expression Omnibus），或采用相关的分析工具，如R和Python，来处理数据。在这种情况下，可以采用统计学方法（如对数变换，标准化等）对数据进行处理，从而得到归一化的数据。

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问Encode数据库中样本表达量中的-R代表什么？

土井挞克树

一般是你研究的RNA的可检测量，这个量可以与理论量进行对比。

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问请问这个Pr(＞F)就是P值吗?也就是基因A与分期无关，基因B与分期有关?

loveliufudan

Pr(>F)是F检验的P值，是表示两个比较组间差异显著性的概率值。如果Pr(>F)值越小，那么两个组间的差异就越显著，反之则越不显著。一般来说，当Pr(>F)小于0.05时，我们认为两个组间的差异是显著的。如果基因A的Pr(>F)值很大，那么我们可以认为基因A与分期无关，也就是说基因A在不同分期之间的表达量没有显著差异；而如果基因B的Pr(>F)值很小，那么我们可以认

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问请问有没有可以查某一种肿瘤组织与正常组织总体RNA甲基化水平差异的数据库?

loveliufudan

一些常用的数据库包括：The Cancer Genome Atlas (TCGA)：提供了大量关于肿瘤基因组的数据，包括RNA甲基化水平差异数据。GEO (Gene Expression Omnibus)：是一个基因表达数据库，提供了大量的基因表达数据，包括RNA甲基化水平差异数据。Oncomine：是一个肿瘤基因组数据库，提供了大量关于肿瘤基因组的数据，包括RNA甲基化水平差异数据。cBioPo

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问请问大家数据库p值有e是什么意思？还有＜?如果用于发文章的话这个p值应该怎么标呢？就直接用数据库给的这个吗？

dxy_9rkll7e2

科学计数法而已，E-6表示10的-6次方

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问不同GPL的GEO测序数据集可以合并吗？

kingh39

可以合并，但是要消除批次效应，也可以在差异分析后取差异基因的交集。

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问Mplus软件运行二次线性增长模型

土井挞克树

建议你把变量的类型换成数值型再尝试一下。

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问请问大家seer plus数据库有病理的信息吗

土井挞克树

seer plus一般病理比较少，需要病理的话有专门的病理数据库。

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问从geo数据库下载的表达矩阵是totle rna ，需要手动去除mir，lnc开头的吗

kingh39

如果你是需要蛋白编码的基因，在注释的时候就可以去除。

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问求助:关于TCGA数据库样本问题

Dr_劉医生

TCGA没有血液样本数据，可以用CanGEM数据库

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问NCBI上小鼠瘦素全长mRNA的GenBanK格式页面

土井挞克树

1、进入NCBI主页，在下拉框中选择GENE，然后输入p53，点击进入，出现摘要页面，选择物种Mus musculus（在右边物种栏），更新摘要页面，选择你想要的基因，点击后进入基因的报告页面，点击右侧的reference sequence，下拉找到genomic sequence 点击genbank链接，进入该基因的序列描述页面，找到CDS选项，就是这个基因的编码全长序列。2、或者，进入NCBI

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问求助：生物信息学分析has-miR-107的启动子甲基化情况的网址或软件名

土井挞克树

试一试这个论坛：Biostar生物信息技术问答论坛：https://www.biostars.org

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问生信分析

huarenqiang5

富集后有上调和下调是没有什么问题的

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问我的0002是下游，0001是上游，为什么拼接后是下游先显示，上游后显示，怎么取结果

Dr_劉医生

上下游反了，就是你拼接完引物后，重新扩增配对碱基后是互补的，3‘和5’端搞反了

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