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        如果在GEO数据库中没有找到GEO2R该怎么处理数据呢

        相关实验:生物信息学数据库和软件的搜索实验

        user-title

        铅笔勾画出的黑白画面


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        4 个回答

        user-title

        龙大人驾到

        有帮助

        如果在GEO数据库中找不到geo2r数据,可以使用已有的数据库(如NCBI的Gene Expression Omnibus),或采用相关的分析工具,如R和Python,来处理数据。在这种情况下,可以采用统计学方法(如对数变换,标准化等)对数据进行处理,从而得到归一化的数据。

        user-title

        dxyc42u

        有帮助

        换个浏览器再试下,我刚用了能找见的

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        按照以下步骤进行操作:

        登录GEO官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?

        登入GEO 官网.png

        输入study ID号

        GSE24673 点击“Go”

        输入登录号.png

        用GEO2R分析,翻到最底页,就会看到有蓝色图标“Analyze with GEO2R”点击运行。

        用GEO2R分析数据.png

        分组,这里分两组,输入英文名字后,按enter键

        分组命名.png

        分别命两个组的名字,自己命名如“tumor”,“normal”

        选中3个GSM序列放到tumor里,归为第一组。

        选中4个GSM序列放到normal里,归为第二组

        点击运行,翻到页底,点击“top 250”运行。

        运行中,这过程有点慢,需要耐心等待...

        查看结果1,运行好之后会主动展现一些结果。

        查看结果2,根据自己想要查看的结果,可以输出(保存)已分析好的结果。

        也可根据自己的需求查看其它运行的代码,比如查看R脚本,而且可以复制。如果在操作上有不懂的,可以看GEO官网上的视频,视频里有整个过程的详细讲解,点击“YouTube”。

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        如果在GEO数据库中没有找到GEO2R,那么您可以通过以下步骤来处理数据:

        检查GEO数据库是否有更新,如果有,请尝试重新搜索您的数据集。

        如果没有GEO2R的支持,您可以考虑使用其他工具进行数据处理。您可以使用R语言和Bioconductor软件包进行差异表达分析。

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