如何设计Fish探针

fish探针设计方法：

1.FISH使用的探针序列来源于基因组或BAC(细菌人工染色体)DNA，包含许多重复序列。串联重复序列(Tandemrepeat)，如存在于着丝粒的α卫星DNA(SatelliteDNA)；散在重复序列(Interspersedrepeat)，如Alu家族。

2.探针中的这些重复序列，在与基因组杂交时易产生非特异信号

3.人类Cot-1DNAx是在杂交中常用来封闭及去除重复序列的工具之一。

4.探针制备前，可以使用人类Cot-1DNA筛选出重复序列，得到特异性模板再制备探针。

设计FISH探针需要考虑以下几个步骤：

1. 目标序列选择：确定您要检测的目标序列。这可以是某个基因、染色体区域或其他感兴趣的核酸序列。

2. 探针设计：根据目标序列设计FISH探针。通常使用DNA或RNA探针，其长度通常在15到30个碱基对之间。

a. 序列设计：选择与目标序列互补的序列片段作为探针的序列。确保探针的序列选择合适，能够与目标序列高度特异性地杂交。

b. 标记物选择：选择适当的荧光标记物，如荧光染料或荧光素，用于标记探针。确保所选标记物在实验条件下有较好的稳定性和亮度。

3. 探针标记：将所设计的探针进行标记，使其能够通过荧光显微镜观察。这可以通过直接标记或间接标记的方法实现。

a. 直接标记：直接将荧光染料或荧光素与探针进行共轭。这通常需要具有适当官能团的标记物和探针。

b. 间接标记：首先将标记物与探针的亲和性结合，例如使用亲和标记物如生物素和荧光素的结合，然后通过辅助试剂（如荧光素标记的亲和物）将标记物引入样品中。

4. 验证和优化：对设计的FISH探针进行验证和优化。这包括进行探针的特异性和敏感性测试，并进行相关实验条件的优化。

在探针制备前对目的片段进行序列分析,合成序列中比例较高的特异性重复序列;将合成的特异性重复序列和人类Cot1 DNA同时筛选去除重复序列,得到特异性模板或探针;或,利用合成的特异性重复序列去除模板中对应的重复序列后制备探针,再使用人类Cot1 DNA进行封闭。