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        KEGG数据库中KEGG信号通路与KEGG富集气泡图有什么不同。

        相关实验:MARK 信号通路

        user-title

        dxy_8n1zjx1q

        kegg富集气泡图中可选择一个自己感兴趣的信号通路,那么KEGG数据库中的KEGG信号通路,是已经选择的信号通路,但是富集气泡图中的靶点,KEGG信号通路上没有列出来。两者有什么不同呢

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        4 个回答

        user-title

        sswei

        有帮助

        KEGG中文名:京都基因与基因组百科全书。KEGG是国际最常用的生物信息数据库之一,以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。是一个从分子水平信息,特别是基因组测序和其他高通量实验技术产生的大规模分子数据集,了解细胞、有机体和生态系统等生物系统的高级功能和效用的数据库资源。

        KEGG富集分析常用的可视化方式是气泡图。气泡图中,每个小气泡代表一个KEGG路径,气泡大小反映富集分析的显著程度,颜色则是富集级别。通常,越大的气泡表示富集程度越显著,颜色也越深(例如红色)。气泡图可以快速准确地了解样品在哪些通路上富集,同时还可以明确富集程度,是在KEGG富集分析中常用的可视化方式之一。

        user-title

        于小鱼鱼1998

        有帮助

        二者侧重点不同,富集气泡图侧重基因表达,信号通路侧重级联反应

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        KEGG信号通路与KEGG富集气泡图是两种表达方式,富集气泡图是基因表达富集分析的结果表示,横坐标越大,富集分析越可靠,而通路则更注重每一步级联反应的说明

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        在KEGG数据库中,KEGG信号通路是预先定义和整理好的特定生物学通路,用于描述和研究基因、蛋白质和代谢物之间的相互作用和调控关系。每个KEGG信号通路都包含一组特定的基因和蛋白质,涵盖了特定的生物过程或功能。

        而在KEGG富集气泡图中,它展示的是对基因集或基因表达谱进行功能富集分析后的结果。在功能富集分析中,一组基因会与KEGG信号通路进行比对,以确定是否有显著的富集。气泡图中的每个气泡代表一个KEGG信号通路,其大小和颜色表示富集程度的显著性。

        因此,如果在KEGG富集气泡图中选择了一个自己感兴趣的信号通路,但该通路上的靶点在KEGG信号通路中没有列出来,可能是因为该富集分析中使用的基因集合或基因表达谱与KEGG数据库中的信号通路定义不完全一致,或者可能是因为一些靶点在KEGG信号通路中没有详细注释。

        在这种情况下,您可以进一步探索该信号通路的相关文献或其他数据库,以获取更多关于该通路中的靶点和调控因子的信息。

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