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        生物学转录组测序请教

        相关实验:转录调节蛋白与 DNA 的结合分析实验

        user-title

        梦见好多鱼

        有个问题想请教大家,就是转录组测序中的差异可变剪接事件。我怎么根据生鱼片图给出的染色体的位置去找到例如跳跃的外显子是几号呢?因为每个基因在查找的过程中有很多转录本,我并不知道是哪个转录本。但根据一个已知的染色体的位置对应的外显子的号在不同转录本上可能是不一样的。感谢!

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        3 个回答

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        只能根据生鱼片的图形去找可变剪接符合大的那个转录组,如果想要确定必须要测序。

        user-title

        sswei

        有帮助


        从ucsc进去,然后输入某个要查看的基因。然后找到需要的一个转录本的信息。

        将要查询的序列的信息放进去进行查看,鼠标放在对应的染色体的转录本的位置可以看到对应的外显子的信息

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        在转录组测序中,差异可变剪接事件通常是由软件进行预测和注释的,如Cufflinks、rMATS、SUPPA等。这些软件通常会将差异可变剪接事件的详细信息输出为注释文件或结果表格。

        对于您提到的问题,如果您已经获得了差异可变剪接事件的注释文件或结果表格,那么其中应该包含每个事件对应的基因名称、染色体位置、外显子编号等信息。您可以根据染色体位置和外显子编号来确定该事件发生在哪个基因的哪个外显子上。

        如果您不知道如何获取这些注释信息,可以尝试在转录组测序数据分析软件或数据库中查找,如UCSC Genome Browser、Ensembl、GENCODE等。这些工具通常可以提供基因注释信息,帮助您确定差异可变剪接事件发生的位置。

        需要注意的是,不同转录本之间可能存在差异可变剪接事件,因此在分析差异可变剪接时需要考虑多个转录本的影响,以更准确地确定事件的位置和类型。

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