GEO转录组数据处理问题

最近从GEO数据库下载了一个数据集GSE29609，发现里面的基因表达量值很低，且很多负值，查看数据集的一些介绍，似乎是双通道芯片分析的结果，平台上面介绍：ID_REFVALUE-INV_VALUE: normalized Cy3/Cy5 INV_VALUEnormalized log10 ratio Cy5/Cy3；看了Cy3,Cy5的channel介绍，感觉看不懂Cy3,Cy5分别是什么？还有这种双通道芯片下载的矩阵，基因表达量值是它介绍的normalized Cy3/Cy5 吗？为什么会有负值？如何处理后可以正常进行后续的差异分析及生存分析？谢谢大神指教，生信小菜鸟才接触GEO，很多不懂，麻烦赐教，必有丁当酬谢，谢谢