截短质粒做co-ip有没有可能出现所有截短都能够拉到目的分子，如果出现了可能的原因是什么。

这可能是由于以下原因：

1. 共价交联：共价交联是指两个或多个蛋白质之间形成的共价键。如果截短质粒上的区域包括两个或多个蛋白质之间的交联位点，则所有截短都可能与目的分子相互作用。

2. 不完全截短：如果截短质粒没有完全截短，也可能导致所有截短都能够拉到目的分子。这可能是由于截短质粒的设计存在问题，例如设计的引物不准确或控制序列没有完全删除。

3. 结构域与目的分子的接口：如果截短质粒上的结构域与目的分子的接口相互作用，则所有截短都可能与目的分子相互作用。这可能是由于结构域与目的分子的接口具有较高的亲和力。

为了确保实验的准确性，可以使用多个截短质粒进行实验，并使用其他实验方法进行验证，例如对蛋白质进行免疫共沉淀，Western blotting等。

我也遇见过，而且我了解到其他人也遇到过。

我们的处理是:在加琼脂糖珠和抗体的时候，以及琼脂糖珠洗脱的各个步骤尽量细心一点，尽量保持每个样品加的试剂量一致，最后以拉到最少的那个截短质粒为准。

但是这样的结果存在假阳性，所以后面还需要做一些其他实验再次验证。