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        Zdock蛋白蛋白对接pdb错误

        相关实验:血红蛋白电泳

        user-title

        烟火太完美

        使用zdock服务器对接的的结果在pymol中不能正确打开,如图所示,这种蛋白展示的pdb文件无法在Ligplot中打开,请问各位大佬该怎么对zdock结果的pdb文件修复?

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        2 个回答

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        需要另外安装一个PDB文件的读取程序才能够对接

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        以下是一些可能的解决方法:

        1. 校正PDB文件格式:使用文本编辑器(如Notepad++)打开PDB文件,确保文件的格式符合PDB文件规范。检查文件中的ATOM和HETATM记录是否正确,以及行末是否有正确的回车换行符。

        2. 检查PDB文件的链标识:确保PDB文件中的蛋白质链标识与您在使用Pymol或Ligplot时指定的链标识一致。有时,在PDB文件中可能会有多个链,您需要指定正确的链标识才能正确加载蛋白质。

        3. 检查PDB文件的氨基酸残基编号:确保PDB文件中的氨基酸残基编号是连续的且没有重复。有时,在蛋白质对接或处理过程中,残基编号可能会受到影响,需要修复或重新编号。

        4. 使用结构可视化软件修复PDB文件:使用结构可视化软件(如Pymol或ChimeraX)打开PDB文件,并进行文件修复和格式化。例如,在Pymol中,您可以使用命令”reinitialize”和”save”重新保存PDB文件,这有助于修复潜在的格式问题。

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