ip后蛋白分子量变化了（和input不在同一水平线上）是什么原因呢？

首先要排除你的IP条带不是IgG的重链和轻链，
再者排除你的一抗或者二抗没有污染，一般我们用新配的抗体理论上说IP的条带要和Input的一样。

在免疫共沉淀（IP）实验中，目标蛋白分子量发生变化的原因可能有以下几个：

与结合蛋白形成复合物：在免疫共沉淀实验中，目标蛋白可能与其他蛋白质结合，形成复合物，从而改变了其分子量。

蛋白质降解：在免疫共沉淀实验中，目标蛋白可能被酶类降解，从而导致分子量的变化。

蛋白修饰：目标蛋白在免疫共沉淀实验前后可能发生了修饰，例如磷酸化、乙酰化等，这些修饰可能会影响到蛋白质的分子量。

如果目标蛋白在免疫共沉淀实验前后分子量发生了变化，可以进行一些验证实验来确定变化的原因，例如Western blot或质谱分析等。此外，在实验前，可以对样品进行一些处理，例如使用蛋白酶抑制剂、避免过度处理样品等，来尽量减少目标蛋白质的降解和修饰。

IP下来的样本中通常含有较高浓度的盐浓度或者离子去垢剂浓度或者是不同的pH值（这个取决于使用的洗涤剂），这些成分可能会干扰WB检测时蛋白在胶内的迁移速率，所以会出现Input和IP后蛋白分子量不一样的情况，如果想要改善，可以试着在WB跑胶前调整一下buffer的成分，如果不严重干扰实验结果，也可以不调整。