用Co-IP验证出两个蛋白互作，但是其他验证方式却不互作，是不是Co-IP不可靠？

COIP跟其他验证蛋白互作的实验比起来可信度还是很高的，投文章编辑也是认可度比较高的。如果实在对实验结果有所怀疑，建议重复。

首先确定两个蛋白到底有没有相互作用。可以结合酵母双杂交，LUC或者其他的实验结果。

在其他实验验证有互作的情况下，调整COIP 条件。看来你的步骤，其中孵育的时间两个overnight，太长了如果某个蛋白不稳定你这两三天的实验蛋白就降解了，加抗体后2h，加proteinG beads再4h就可以了，不需要太久。另外完全可以适应标签抗体偶联好的商业化Flag beads or HA beads, 这样可能富集效果会更好。

另外wash buffer 建议不要用PBS，是会被质疑的。可以用低盐离子浓度的Tris buffer代替

Co-IP可以验证两个蛋白之间互作的关系，用其他验证方式却不互作可能是因为Co-IP中存在中间蛋白参与互作导致的。