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        癌组织和癌旁组织PCR内参相差太大

        相关实验:反向 PCR (inverse-PCR)

        user-title

        好事多磨I439

        做qPCR,结肠癌组织,GAPDH做内参,跑完之后发现癌组织和癌旁组织的内参相差比较多。

        癌组织的内参CT值在17左右,三个副孔之间很稳定,癌旁组织的内参CT在24左右,三个副孔也很稳定。

        是内参的原因吗?这样处理数据的话可信吗?

        谢谢各位,实在很困扰,求助大家

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        3 个回答

        user-title

        dxyc42u

        有帮助

        一般不会是内参的原因,有可能是逆转录时候加样不准

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        在进行比较组织的定量PCR(qPCR)分析时,确保选择一个稳定表达的内参基因是非常重要的。差异较大的内参基因表达可能会对结果的解释产生影响。在您的情况中,癌组织和癌旁组织的内参基因(GAPDH)的CT值差异较大,可能表明GAPDH在这两种组织中的表达存在差异。

        这种差异可能是由于样本本身的生物学变异引起的,也可能是由于实验操作中的技术问题所致。您可以考虑以下几个方面来解决这个问题:

        1. 选择稳定的内参基因:重新评估您选择的内参基因是否适合您的实验条件。有时,GAPDH在某些组织或条件下的表达可能不稳定,因此可能需要选择其他更稳定的内参基因,如18S rRNA、β-actin或其他已在文献中验证的内参基因。

        2. 验证内参基因表达稳定性:进行一些额外的实验来验证您选择的内参基因在癌组织和癌旁组织中的表达稳定性。可以使用其他方法(例如,Western blotting)来检查内参基因的蛋白水平,或者使用其他稳定性评估方法,如基因表达稳定性评估软件(例如GeNorm或NormFinder)来分析您的数据。

        3. 标准化和归一化:如果您无法更换内参基因,您可以尝试使用标准化和归一化的方法来处理您的数据。这包括使用相对定量方法,例如计算癌组织与癌旁组织的目标基因与内参基因的相对表达比例,以便消除内参基因表达差异的影响。


        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        可能是内参选择的不合适,内参和目的基因相差太大,建议更换相近的内参

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