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        设计扩cDNA的引物是否需要去内含子?如何找到一段DNA序列的内含子?

        相关实验:PCR 引物设计及评价实验

        user-title

        啊啊哈哈哈1

        网上的方法是在NCBI搜索,但是实验物种的基因组还没有入NCBI库,又该怎么办呢?

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        1 个回答

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        设计扩增cDNA的引物时,是否需要包括内含子取决于您想要扩增的片段是否跨越了内含子区域。如果您想要扩增的片段跨越了内含子,那么您需要设计跨越内含子的引物。如果您想要扩增的片段不跨越内含子,那么您可以设计内含子保留的引物,这样可以减少设计引物的难度和复杂性。

        找到一段DNA序列的内含子,可以尝试以下几种方法:

        基于已知转录本的查询:如果您的实验物种已经有已知的转录本序列,您可以使用在线工具或者本地软件,如Spidey或GMAP,比对cDNA序列与转录本序列,从而找到内含子的位置和序列信息。

        基于同源序列的查询:如果您的实验物种没有完整的基因组或转录本信息,您可以使用同源序列进行查找。使用BLAST或其他比对工具,比对已知的同源序列与cDNA序列,从而找到内含子的位置和序列信息。

        user-title

        啊啊哈哈哈1user-title

        谢谢,我一直以为你是机器人,没想到每次回答都那么标准和切中主题(●°u°●)​ 」

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