菌落PCR胶孔堵塞没有条带

不是的，那种情况是pcr产物里有蛋白质污染才会那样，在胶孔里，跑不下来

普通的pcr mix 带loading的那种都可以，是胶孔亮，可能是你加菌液加多了。

有可能是模板DNA条带位于点样孔处，因为分子量比较大，所以就位于点样孔处没有移动，可能是大片段的质粒。我也遇到过这种情况的，就是质粒做模板进行PCR时会出现这种情况。

第一个问题:不同的实验条件用不同的，你可以自己看看喜欢哪个

第二个问题:不同的mix耐受不一样，搞不好克隆没问题，就是pcr没出。如果是目的条带出了，就没问题。你要确定你PCR有没有扩增出条带，先用检测胶点了看一下。如果检测胶可以看到条带，回收胶看不到的话，可能是你PCR的产物的量太少了，回收胶胶孔宽，PCR结果不好的条带可能就看不到了。如果你确定你的PCR的产物是有的，明亮的，但是跑回收看不到，那么，跑胶用的TAE/TBE是不是1X的，你点胶的时候PCR产物里有没有加足够的loading，你的胶里有没有加EB/泡EB（或其他染色剂），可能是你做的琼脂糖凝胶没有做好。