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        log2FoldChange大于多少合适?

        相关实验:循环测序:利用 PCR 和引物末端标记进行双脱氧测序实验

        user-title

        33136620

        转录组测序结果筛选,一般选log2FoldChange绝对值>1,如果log2FoldChange绝对值>1.5 可以吗?有没有啥限制?

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        5 个回答

        user-title

        zkl512008

        有帮助

        选择在1.5-2这个区间范围内

        user-title

        dxy_xm5w7hg4

        有帮助

        绝对值大于1.5就可以,相当于可信区间增大。

        user-title

        juyue2010

        有帮助

        可以,绝对值越大,两组相差越大。不过有可能丢失部分信息

        user-title

        huarenqiang5

        有帮助

        当expr(A) < expr(B)时,B对A的fold change就大于1,log2 fold change就大于0(见下图),B相对A就是上调;当expr(A) > expr(B)时,B对A的fold change就小于1,log2 fold change就小于0。通常为了防止取log2时产生NA,我们会给表达值加1(或者一个极小的数),也就是log2(B+1) - log2(A+1)。

        图片描述当基因总的表达值很低时,log2 fold change的可信度就低了,尤其是在接近0的时候。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助
        如果log2FoldChange绝对值>1.5 也可以,相当于可信区间增大。

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