同源重组的引物退火温度该如何计算
dxy_v1k75py9
同源重组的引物从5端到3端分别为载体同源臂和基因特异性结合位点，请问该计算哪一段的退火温度呢?
pcr前两轮是以基因特异性结合位点进行碱基互补配对的，第三轮开始，载体同源臂和基因特异性结合位点应该会一起结合到目标片段上吧?
所以最终该以哪一段的退火温度为实际操作的退火温度呢?
2 个回答
Eason老歌迷
有帮助
退火温度＝4×（G＋C）＋2×（A＋T）－（5～知8） 只是粗算，有时不灵，但比道较简便。或者用primer5（or oligo6）计算，引物配对好后，primer5可以显示Tm，我认为这个值就是退火温度，我的经验再加2 or 3度最好。你的合成引物的单回子上也有个Tm，减去5～8也可。
bamboopiggy
有帮助
看你第三轮overlap的区域是哪里，就用哪里计算退火温度
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