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        什么是退火温度

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        退火温度为引物 和模板结合时候的温度参数,当50%的引物和互补序列表现为双链DNA分子时的温度.它是影响PCR特异性的较重要因素。在理想状态下,退火温度足够低,以保证引物同目的序列有效退火, 同时还要足够高,以减少非特异性结合。合理的退火温度从55℃到70℃。退火温度一般设定比引物的 Tm低5℃。

        在模板变性后温度快速冷却至40℃~60℃(某个退火温度)的时候,可使引物和模板发生结合。由于模板DNA 比引物复杂得多,引物和模板之间的碰撞结合机会远远高于模板互补链之间的碰撞,这就使PCR后期的过程成为可能。

        退火温度与时间,取决于引物的长度、碱基组成及其浓度,还有靶基序列的长度。对于20个核苷酸 ,G+C含量约50%的引物,55℃为选择最适退火温度的起点较为理想。引物的复性温度可通过以下公式帮助选择合适的温度:

        Tm值(解链温度)=4(G+C)+2(A+T)

        复性温度=Tm值-(5~10℃)

        在Tm值允许范围内, 选择较高的复性温度可大大减少引物和模板间的非特异性结合, 提高PCR反应的特异性。复性时间一般为30~60sec,足以使引物与模板之间完全结合。

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