请问超声随机切断DNA为什么被淘汰了？有什么弊端吗？现在这个微球菌核酸酶又有什么优点呢？

你都说了，超声是随机切断，那肯定，没有酶切法好。它一个随机切断，没有确定性，一个是酶切，有固定位点。

没有说超声被淘汰了吧？只是超声破碎，需要更丰富的实验经验，微球菌核酸酶相对简单一些，微球菌核酸酶优势主要是：1.酶消化较超声处理更加温和，并且能更好地保留染色质和抗体表位的完整性。2.靶蛋白的免疫沉淀效率提高。3靶标 DNA 位点的检测增强.4酶消化提供更高的敏感性，背景更低.

随机切断DNA不确定性大，给后续筛选造成麻烦。

微球菌核酸酶只降解核小体连接区DNA的核酸酶，由于核小体处的DNA被组蛋白1保护而不被降解。