rt---pcr中cds序列

各路大神们，我是中国医科大学的一名大二的本科生，参加了大创项目，老师做syntaxin蛋白的研究，现在需要做pcr,我在NCBI上面找到了工具，由于经费原因，只能做RT---pcr,想问一下序列应该填fasta格式的整个transcript variant mRNA序列呢，还是填cds序列呢，老师之前让我们查了syntaxin的cds文库，之后应该干什么现在一头雾水，真的跪求大神指点，由于知识掌握较少，表达可能前言不搭后语的，还望见谅