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        流式细胞术数据处理与分析

        1. 单参数直方图单参数直方图是一维数据用得最多的图形,可用来进行定性分析和定量分析。横坐标表示荧光信号或散射光信号强度的相对值,其单位用“道数”(channel)表示,横坐标可以是线性的,也可以是对数的。纵坐标通常代表细胞出现的频率或相对细胞数。下面以研究细胞周期为例说明如何分析单参数直方图所表达的信息。单参数直方图经DNA特异性染料(如P1)染色的细胞群体,通过流式细胞仪测量区受激光照射后发出特异性荧光,在一定条件下,荧光强度与细胞内的DNA含量成正比,DNA含量高的细胞发射的荧光强,反之则弱。DNA含量与细胞数目的关系,即2N(2倍体)代表GO/G1期细胞,4N(4倍体)代表G2/M期细胞,两者中间代表S期细胞。这是典型的以2倍体和4倍体细胞为主的流式DNA图。通过上述信息可得到所测细胞群中增殖细胞的数量。2. 二维点图单参数直方图只能表明一个参数与细胞数量间的关系,不能显示两个独立参数与细胞数量的关系。当需要研究两个或更多测量参数之间的关系时,可采用二维点图。二维点图有两种形式,横坐标表示前向散射光(FSC),反映细胞的大小;纵坐标表示侧向散射光,反映细胞内颗粒的大小和多少。

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        ELISA的原理及基本类型

        1971年Engvall和Perlmann发表了酶联免疫吸附测定(enzymelinkedimmunosorbentassay, ELISA)用于IgG定量测定的文章,使得1966年用于抗原定位的酶标抗体技术发展成液体标本中微量物质的测定方法。ELISA的原理ELISA的基础是抗原或抗体的固相化及抗原或抗体的酶标记。结合在固相载体表面的抗原或抗体仍保持其免疫学活性,酶标记的抗原或抗体既保留其免疫学活性,又保留酶的活性。进行检测时,样品中的受检物质(抗原或抗体)与固定的抗体或抗原结合。通过洗板除去非结合物,再加入酶标记的抗原或抗体,此时,能固定下来的酶量与样品中被检物质的量相关。通过加入与酶反应的底物后显色,根据颜色的深浅可以判断样品中物质的含量,进行定性或定量的分析。由于酶的催化效率很高,间接地放大了免疫反应的结果,使测定方法达到很高的灵敏度。ELISA的基本类型ELISA可用于测定抗原,也可用于测定抗体。这种测定方法中有3种必要的试剂:1. 固相的抗原或抗体;2. 酶标记的抗原或抗体;3. 酶作用的底物。根据试剂的来源和标本的性状及检测的具备条件,可设计出各种不同类型的检测方法。1.

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        流式细胞术的原理

        待测样品(如细胞、染色体、精子或细菌等)经荧光染料染色后制成样品悬液,在一定压力下通过壳液包围的进样管而进入流动室,排成单列的细胞,由流动室的喷嘴喷出而成为细胞液流,并与入射激光束相交。细胞被激发而产生荧光,由放在与入射的激光束和细胞液流成 90°处的光学系统收集之。光学系统中的阻断滤片用于阻挡激发光;二色分光镜及另一些阻断滤片则用于选择荧光波长。荧光检测器为光电倍增管。散射光检测器是光电二极管,用以收集前向散射光。小角度前向散射与细胞大小有关。整个仪器用多道脉冲高度分析器处理荧光脉冲信号和光散射信号。测定的结果用单参数直方图、双参数散点图、三维立体图和轮廓(等高)图来表示。对细胞进行分选的原理是,由超声振荡器产生高频振荡,使流动室发生振动,把喷嘴喷出的细胞液流断裂成一连串的均匀小液滴,有的液滴含有细胞。这些细胞在形成液滴前,光学系统已测定了它们的信号(代表细胞的性质),如果测得信号与所选定的要进行分选的细胞性质符合,或者说,如果发现了要进行分选的细胞时则在这个选定细胞刚形成液滴时,仪器给整个液流充以短暂的正或负电荷。当该液滴离开液流后,其中被选定细胞的液滴就带有电荷,而不被选定的细胞

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        流式细胞术的学科应用

        细胞生物学研究 流式细胞术可用于测定细胞周期各时相细胞的百分比。通过测定细胞群体中每个细胞的 DNA 含量,得出 DNA 含量分布曲线。例如,在测定 Hela 细胞 DNA 含量分布曲线上,第一个峰是含有 2CDNA 含量的 G1/G0(DNA合成前期/静止期)细胞,其次一个峰是 4CDNA 含量的 G2+M (DNA 合成后期+有丝分裂期) 细胞,从 2C~4C 间的区域为 S 期( DNA 合成期)细胞。采用绘图法或计算机拟合法可计算出细胞周期各时相细胞占整个细胞群体的百分数。用流式细胞术可进行多参数分析,即同时测定一个细胞的多种性质。如散射光和荧光,或多种不同颜色的荧光。例如细胞经吖啶橙染色后,DNA 发绿色荧光,RNA 发红色荧光。测定这两种荧光就能同时得知一个细胞内的 DNA 和 RNA 含量。测定结果可用二维散点图或三维立体图表示。用这种方法可根据 DNA 和 RNA 含量而鉴别出 G0 与 G1、M 期和 G2 期细胞。用流式细胞术与液体闪烁技术相配合,还可求得细胞通过 G1、S 和 G2+M 期的时间 (T、Ts、T+M 及其变异系数。近年利用抗溴脱氧尿苷 (Brdu

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        免疫荧光技术常见问题汇总

        1、问:用免疫荧光方法做组织切片和培养细胞内的蛋白,两者操作过程有哪些不同?参考见解:只是固定方法不同。细胞固定用甲醇,切片固定用多聚甲醛,而染色方法是一样的。2、问:近期要做免疫荧光双标,不知哪位有免疫荧光双标技术的详细步骤及其注意事项?参考见解:(1)选取一抗时要来源于两种不同的动物,可以用来源于 rabbit 和 rat 的抗体,二抗则是不同荧光信号标记的,如 donkey anti-rabbit-FITC(绿)和 donkey anti-rat-Tex-Red(红)。(2)可以两种一抗同时孵育,然后两种二抗同时孵育。抗体浓度、孵育时间要仔细摸索,我感觉一抗 4 度孵育过夜比较好,背景比较清晰。(3)阳性对照可以用阳性组织切片,阴性对照则分别是家兔和大鼠的 IgG,荧光标记物对照是 PBS+ 荧光标记物。(4)封闭血清与二抗来源动物一致,如 10% 的正常 donkey 血清。(5)其余步骤同一般免疫荧光单标操作。3、问:本人拟做 Brdu 标记神经干细胞免疫荧光,二抗为 FITC 标记,想请教各位大侠:(1)抗体分装和荧光显微镜观察时是否一定要在暗室中进行?(2)封片时是否用甘

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        直接免疫荧光和间接免疫荧光染色方法的异同

        免疫荧光细胞化学方法的原理是根据抗原抗体反应的规律,把已知的抗原或抗体标记上荧光素,制成荧光抗原或抗体,然后以它作为探针来检测组织或细胞内的相应物质。方法具体种类有直接法、间接法、夹心法和补体法等。在荧光显微镜下,根据其形成复合物所发的荧光,来确定判断检测物的来源、性质和部位。1、直接法:这是最早的方法。其基本原理是用已知的抗体标记上荧光素后成为特异性荧光抗体,染色时将该抗体直接滴在载玻片上进行孵育,使之直接与载玻片上的抗原结合,在荧光显微镜下直接观察,作出判断。该方法评价:简单易行、特异性高、快速方便,常用于肾活检组织几种免疫球蛋白的检测和病原体的检测。但其不足是只能检测相应的一种物质,敏感性较差,效果有时不理想,目前较少作为更多方面的检测。2、间接法:该法的基本原理是用特异性的抗体与切片中的抗原结合后,继用间接荧光抗体,与前面的抗原抗体复合物结合,形成抗原抗体荧光复合物。在荧光显微镜下,根据复合物的发光情况来确定所检测的抗原。该方法评价:由于结合在抗原抗体复合物上的荧光素抗体增多,发出的荧光亮度强,因而其敏感性强。目前本法应用较广泛,只需制备一种种属荧光抗体,即可适用于多种第一抗体

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        流式细胞术的概述与简史

        流式细胞术(Flow Cytometry,FCM)是一种对液流中排成单列的细胞或其它生物微粒(如微球,细菌,小型模式生物等)逐个进行快速定量分析和分选的技术。作为应用流式细胞术进行检测的技术平台,现代流式细胞仪产生于上世纪六七十年代。经过近四十年的发展和完善,今天的流式细胞仪已经十分成熟,并被广泛的运用于从基础研究到临床实践的各个方面,涵盖了细胞生物学、免疫学、血液学、肿瘤学、药理学、遗传学及临床检验等领域,在各学科中发挥着重要的作用。流式细胞术 - 概述一种在液流系统中,快速测定单个细胞或细胞器的生物学性质,并把特定的细胞或细胞器从群体中加以分类收集的技术。其特点是通过快速测定库尔特电阻、荧光、光散射和光吸收来定量测定细胞 DNA含量、细胞体积、蛋白质含量、酶活性、细胞膜受体和表面抗原等许多重要参数。根据这些参数将不同性质的细胞分开,以获得供生物学和医学研究用的纯细胞群体。目前最高分选速度已达到每秒钟3万个细胞。现代流式细胞术综合了流体力学技术、激光技术、电子物理技术、光电测量技术、计算机技术、荧光化学技术及单克隆抗体技术,是多学科多领域技术进步的结晶。随着现代科技的高速发展,为了满

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        做 ChIP 的心得体会

        做 ChIP(Chromatin Immunoprecipitation)已经几个月了,虽时间不长,但深刻体会细节决定成败,这里就把自己认为值得注意的细节总结如下:1、cell counting:尽量做到准确,会影响 input 结果。 2、cross link:甲醛的终浓度是 1%,这个基本所有的 protocol 上都会强调。3、resuspend cells with SDS:一定要选用小的 tip 头,在液面下吹打,否则很容易产生气泡,后面的 sonication 就麻烦了。4、sonication:ChIP 中最重要的一部分,合适的条件要自己摸索,可以一次尝试不同次数的 sonication,然后建议采用 EZ-ChIP 上推荐的方法看看 sonication 的效果如何。 5、加入 salmon sperm DNA/Protein A or G 之前要先混匀,因为salmon sperm DNA 是很粘稠的物质,若不混匀,后面你会发现 beads的量不一样,自然也会影响实验的结果。 6、wash 的时候前面几个步骤可以不用洗的太干净,但最后一个要尽量吸干净,必要时可用 ge

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        凝胶迁移实验(EMSA)实验方法

        凝胶迁移实验有称凝胶阻滞实验或电泳迁移率实验(EMSA,electrophoretic mobility shift assay),是一种用于蛋白与核算相互作用的技术。最初是用于转录因子与启动子相互作用的验证性实验,也可应用与蛋白-DNA、蛋白-RNA互作研究。一、实验原理EMSA主要基于蛋白-探针复合物在在凝胶电泳过程中迁移较慢的原理。根据实验设计特异性和非特异性探针,当核酸探针与样本蛋白混合孵育时,样本中可以与核酸探针结合的蛋白质与探针形成蛋白-探针复合物;这种复合物由于分子量大,在进行聚丙烯酰胺凝胶电泳时迁移较慢,而没有结合蛋白的探针则较快;孵育的样本在进行聚丙烯酰胺凝胶电泳并转膜后,蛋白-探针复合物会在膜靠前的位置形成一条带,说明有蛋白与目标探针发送互作。二、实验操作步骤1、实验前准备(1)合理的实验方案根据研究目的合理设计特异性探针实验组以及非特异性探针对照组,如有必要还可以添加特异性抗体组、特异性核酸竞争组等(2)样本制备可以选择提取样本的总蛋白、核蛋白或者使用纯化好的目的蛋白。对样本蛋白进行定量,实验中等量加入蛋白。(3)探针制备根据实验要求设计不同的探针并添加标记,可以

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        质粒 DNA 提取常见问题分析

        1.加入 solution.III,经 10 分钟离心后细菌沉淀怎么不结实,有的漂浮在液面,有的贴在离心管壁上,一摇晃即破碎脱落下来?细菌的用量太少,导致产生的沉淀主要是盐分的沉淀,因为缺少变性的细菌蛋白和细菌基因组 DNA 的缠绕,沉淀就显得不结实。解决方法:将细菌的用量增加。 2.加入 soln.III,经 10 分钟离心后细菌沉淀怎么不结实,呈大块的水泡状,上清较少?(1)使用了过多的细菌,导致菌体未被有效裂解。解决方法:将细菌用量减半。(2)细菌悬浮不充分,存留小菌块, 导致菌体未被有效裂解。解决方法:注意将细菌悬浮充分。(3)加 Solution III 后中和不充分。解决方法:如果细菌用量较多,请注意多翻转几次直至中和后的沉淀呈松散的豆腐花状(也可以稍用力混合直至沉淀呈松散的豆腐花状)。(4)Solution II 出现沉淀。解决方法:如果实验室内温度低于 15℃,使用试剂盒前请注意观察 Solution II 中是否出现沉淀。如果出现沉淀,请于 37℃ 水浴溶解沉淀后再使用。(5)Solution II 长时间暴露于空气中被 CO2 中和,导致菌体未能被有效裂解。解决方法

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        做好 ChIP 的四个注意事项

        染色质免疫沉淀 (ChIP) 用于检测细胞核中天然染色质内的蛋白质与 DNA 之间的相互作用。ChIP 实验首先需要将细胞固定,即将蛋白质与 DNA 相互作用交联固定到位。然后将染色质打断为片段,使用抗体对目的蛋白质以及与其结合的所有 DNA 进行免疫沉淀。最后,解交联,对沉淀 DNA 进行纯化。纯化的 DNA 可进行进一步的分析,如标准或实时 PCR、芯片或测序分析。这些实验对染色质的完整性、蛋白质表位的质量以及免疫沉淀抗体的特异性非常敏感。尤其当目标蛋白质与 DNA 相互作用极少发生或不稳定时,这些变量就更为关键。第 1 步 – 采用对照(实验严谨更可靠)虽然使用酶消化制备染色质,可以改善 ChIP 操作规程,但合理的对照和高度特异性的抗体也同样重要。在实验操作步骤中添加阳性和阴性对照抗体可确保分析正常进行且结果可靠。阳性对照许多市售的试剂盒附带 Rpb1(RNA 聚合酶 II 的最大亚基)的抗体,做为阳性对照抗体。但是,Rpb1 仅在活性转录位点结合,因此,如果要研究的位点是非活性位点,那么 Rpb1 实际上将作为阴性对照使用。CST 推荐使用 Histone H3 (D2B12

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        启动子与转录因子/基因表达调控蛋白

        相关专题目的基因的表达调控生命活动丰富多彩、千变万化。但是万变不离其宗,不管如何变化都围绕着中心法则展开。核酸作为遗传物质指导蛋白质的表达,表达产生的一些特殊蛋白(如转录因子、调控蛋白)反过来又对DNA指导合成蛋白质的过程进行调控。对基因表达调控的研究一直是生物学研究热点,涉及到生命活动的各个过程,也是各类信号通路研究无法绕过的部分。当面对某个基因表达调控研究时,第一个想到的研究对象是什么?没错,就是基因的启动子。通过启动子区域对基因表达进行调控是最直接有效的手段,所以也是研究基因表达调控的重点。现在的基因数据库信息丰富,拿到基因及其启动子序列非常简单。那么问题又来了,拿到启动子序列以后,下一步怎么找相关的调控蛋白/转录因子呢?生物信息学方法预测?你会得到很多可能的目标调控蛋白/转录因子,还要做实验一个一个验证。凝胶迁移(EMSA),染色质免疫共沉淀(ChIP)?只能针对已知能与启动子结合的调控蛋白/转录因子,而且还需要相应探针/抗体,对于大量筛选无能为力。美国Signosis的转录因子(结合启动子)微孔板芯片检测试剂可以方便、高效地解决这一问题。该方法专门用于筛查与特定DNA序列(通

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        补充精氨酸能抗癌?Nature:用细菌把「肿瘤克星」送到抗癌前线,免疫治疗效果提高 30%

        导语肿瘤内 L-精氨酸的含量对于有效的抗肿瘤 T 细胞反应起到非常重要的作用。因此提高肿瘤内的精氨酸的水平有可能会辅助免疫治疗的抗肿瘤效果。2021 年 10 月 6 日,一篇发表于 Nature,题为 Metabolic modulation of tumours with engineered bacteria for immunotherapy 的文章就致力于通过生物工程的方法增加肿瘤内精氨酸含量从而辅助免疫治疗。图片来源:Nature主要内容这项研究主要关注 L-精氨酸与 PD-L1 阻断之间的协同作用。首先,研究人员注意到,在有皮下 MC38 肿瘤(直肠癌模型)的小鼠中,每日口服 L-精氨酸可以辅助抗 PD-L1 疗法的治疗效果并提高小鼠的生存率。但是,为了达到目标的治疗效果,需要口服的精氨酸剂量很高,对应到体重 75 kg 的病人每日大约需要摄入 150 g 精氨酸,这几乎是不可能实现的。因此,他们首先测试了原位注射 L-精氨酸饱和溶液是否可以起到类似的协同抑制效果。意外的是,不论是否联合 PD-L1 阻断疗法,直接将精氨酸注射到肿瘤中,并没有观察到肿瘤大小的减少。这可能是

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        Cell:为啥听到恐怖电影的音乐会害怕?这篇文章告诉你恐惧感到底「挑逗」了哪根神经

        研究背景听到恐怖电影的音乐时,人们常常会不由自主感到紧张或害怕,也有人对警报声格外敏感和恐惧。那么,你是否设想过声音和恐惧感之间的联系是如何建立起来的呢?其实,这也是神经科学家们一直以来探索的问题之一。哺乳动物皮层神经环路由多种细胞组成,这些细胞负责调控信号传递和可塑性。去抑制神经元、抑制性及兴奋性神经元中不同的神经肽受体表达分布情况提示不同神经环路可能由不同的神经系统调控。特异性的神经肽和信号分子受体表达通常经由突触外传递方式进行,提示基于皮层神经调质的多通道通信存在,并调节相应的神经网络活性。尽管对皮层细胞类型和调节模式有了一定的了解,但是皮层中大多数神经肽在细胞层面及其对行为的影响尚不明确。2021 年 10 月 4 日,霍华德·休斯医学研究所的 Bernardo L. Sabatini 团队在 Cell 杂志上发表了题为 Bombesin-like peptide recruits disinhibitory cortical circuits and enhances fear memories 的文章,揭示 GRP(gastrin-releasing peptide)主要经

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        三句话读懂一篇 CNS:肠道菌群还会促进癌症生长?在大脑里装个起搏器可治疗重症抑郁

        长生不老,青春永驻自古以来是人们美好的夙愿。适宜运动,饮食平衡被科学证明有利于延长寿命,那么背后的机制是什么呢?本周学术君继续为大家带来 CNS 最新科学进展,共赴科学盛宴!1. Nature Medicine:成功治愈重度抑郁症患者抑郁症令无数人深受其苦。2021 年 10 月 5 日,美国加州大学旧金山分校 Scangos 教授团队在 Nature Medicine 杂志发表研究论文 Closed-loop neuromodulation in an individual with treatment-resistant depression。该研究通过改良传统的深部脑刺激(DBS)治疗抑郁症的设备,在脑中安装起搏器,特异性地识别患者正确的大脑脑回路和神经生物标志物,创建了个性化的治疗方法,治愈了患者的重度抑郁症!图 1:来源 Nature Medicine2. Nature Plants:首次在植物中发现巨型 COPII 被膜小泡2021 年 10 月 07 日,香港中文大学姜里文教授团队在 Nature Plants 发表研究论文 A distinct giant coat p

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        按摩的好处又添实锤!哈佛最新研究揭示:按摩真能修复受损肌肉,让你「痛并健康」着

        导读在运动和日常劳作中,我们往往不可避免会发生肌肉损伤。骨骼肌的受损会影响人体的正常运动功能,限制日常生活活动,最终降低生活质量。而按摩被用于缓解肌肉酸痛或治疗肌肉损伤,早已有几千年的历史。如今,也衍生出了许多机械按摩设备,如按摩枪,可达到放松肌肉的效果。 但是,按摩真的可以促进肌肉的修复和再生吗? 事实上,机械疗法,即对受伤组织施加机械负荷(Mechanical loading, ML),已被广泛用作骨骼肌损伤后的替代和补充疗法。已有的研究数据表明其可通过增加血流量、减少炎症和增加线粒体生物合成等来促进肌肉骨骼组织的康复。然而,不同研究团队使用的方法存在高度不一致性,这也就限制了关于机械疗法疗效的评估和比较。此外,减少炎症和功能再生的特定细胞和分子成分之间的直接联系尚未明确。为了应对上述的难题,哈佛大学工程与应用科学学院的研究团队在 Science Translational Medicine 发表了题为 Skeletal muscle regeneration with robotic actuation–mediated clearance of neutrophils 的研究

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        免疫亲和层析细胞分选的技术原理

        ​免疫亲和层析法常用于蛋白质等生物大分子的纯化。但你是否想过,一根亲和层析柱子也能用来进行细胞分选,而且还不使用高亲和力抗体?在细胞分选中,我们常常利用免疫识别特性来进行,比如流式分选 (FACS)和免疫磁分选 (MACS)。免疫细胞的划分是依据表面标志 CD 分子,可以被抗体识别。比如针对 CD4 + T 细胞这一特定类群,表面含有 CD45、CD3 和 CD4 标记。而表达 CD4 就是辅助性 T 细胞的特征。由此而来,免疫磁分选利用特定抗体偶联磁珠来捕获细胞。细胞与磁珠 ...

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        多重磁珠阳选方法

        1.分选原理源自德国 IBALifesciences 的多重磁珠阳选,选后细胞无试剂残留(即 label-free)的特性,非常适用于分选一些需要用多种 marker 才能准确鉴定的细胞,如 Tcm,Tn,Treg 细胞。假如现在我们想用 CD8+CD62L+CD45RA- 这几个 marker来分选 Tcm 细胞,首先我们可以通过磁珠法阳选先得到 CD8+的细胞,将分选得到的细胞上结合的磁珠等分选试剂去除后,再分选出 CD62L+ 的细胞,这样获得到CD62L+CD8 + 的高纯度 T 细 ...

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        MHC I STREPTAMERS® 检测与分离抗原特异性 (CD8+ T) 细胞

        ​通过 TCR 与 MHC 多肽复合物间的特异性识别作用,可以对抗原特异性 T 细胞进行检测和分离。然而,当 MHC 多肽复合物为单体状态时,其与 T 细胞的结合并不稳定。若将其四聚体化后,其与 TCR 的结合可保持在一个稳定的状态,成为检测的工具。德国 IBA Lifesciences 研发的 MHC I STREPTAMERS®技术,利用了这一特点,将传统的链霉亲和素改进为 Strep-Tactin®,搭配荧光标记或纳米磁珠,与多聚化的低亲和力MHC I-Streps 形成复合体,实现了对抗 ...

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        这种阴选方法快速简单,10 分钟得到想要的活性细胞!

        一起看 NK 细胞分选方案与数据~在细胞分选中,阴选通常是指对非目的细胞进行标记和去除,来得到目的细胞。避免通过直接的标记目的细胞(比如使用表面特异性抗体标记),从而来减少细胞活化可能。因此,阴选方法的优势在于可以保持目的细胞未受刺激的原始状态,分选速度快。不过相对阳选而言纯度稍低,而且需要事先对原始样品的细胞组分有所了解,准备相应的标记抗体。阴选的优势与劣势本文将大家分享一种新的阴选方法和相关数据,利用 Strep-Tac ...

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