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1.在设计RNAi实验时，可以先在以下网站进行目标序列的筛选：http://www.ambion.com/techlib/misc/siRNA_finder.htmlhttp://katahdin.cshl.org:9331/RNAi/http://www.ic.sunysb.edu/Stu/shilin/rnai.html2.RNAi目标序列的选取原则：（1）siRNAs with lower G/C content (35-55%) are more active ...

最近由于实验需要, 需要查阅载体图谱, 到园子里搜罗一番, 发现虽然有人问载体图谱阅读的问题, 也有前辈回答, 但都不详细, 借自己也在琢磨这个问题的机会, 将我学到的东西整理一下, 于大家分享, 也算我对 DXY 的一点小小贡献!载体主要有病毒和非病毒两大类, 其中质粒 DNA 是一种新的非病毒转基因载体。一、一个合格质粒的组成要素1、复制起始位点 Ori 即控制复制起始的位点。原核生物 DNA 分子中只有一个复制起始点。而真核生物 DNA 分子有多个复制起始位点。2、抗生素抗性基因 可以便于加 ...

本书有29章，全是英文，经翻译成中文，首次在此公开，就是说还未出过正式的中文版，请珍惜。 现将第1章放上，因内容太多，打成文本将超过千页，将会陆续放上，当然，首先是大家都喜欢！第1章 基因就是DNA早在一个世纪以前，孟德尔(Mendel)定义了基因的基本属性。在他的两个定律中将基因归纳为一种“特殊因子”。在它从亲代传给子代的过程中是不改变的。同一个基因可能以不同的形式存在（突变）。在二倍体的植物中，含有两个染色体组。每个子代从两个母代中各遗传到一组染色体。这同基因的行为相同。相当于发现染色体是基因的载体。下一步是证明每条染色体是由线性排列的基因组成。孟德尔定律预测不同染色体上的基因将各自独立分开。然而在同一染色体上的基因表现为连锁遗传。基础观察显示不同染色体上的基因是以随机重组的方式代代相传，然而连锁性基因重组的几率下降，就是说它们有在一起不分离的趋势。通过基因分析可以绘制出基因连锁图的结构，包含了1条染色体上携带的所有基因。连锁群的基因图与自然存在的染色体相一致。在二十世纪前五十年建立高等生物的遗传图。基因被组合成像一个带子上的珠子。它们出现在固定的位置上，基因的重组包括同

概述microRNA(miRNA)是一类由大约22 个核苷酸组成的非编码小分子RNA，广泛存在于真核生物中。miRNA 在个体发育的不同时期及不同组织中有不同的表达模式，都表明了其在发育和分化中起有重大的调控作用。迄今为此，对miRNA 的检测方法主要有Northern Blot 等基于分子杂交的方法，这些方法敏感度低、耗时长、RNA 的用量较大。miRNA Q-PCR Detection Kit 采用了国际上公认的核酸检测标准技术――Real-Ti ...

近期发现连接转化的问题特别多,希望各位战友能把自己的问题和意见解答都交流出来,只要有建设性的不管问题还是解答,打分从宽,以促进各位战友共同进步,不至于在这些常规问题上浪费时间和精力.同时也希望发问的战友尽量在后面跟帖而不是另开帖,也希望各位战友能把自己以前的有建设性的问题及解答粘贴过来,互相交流.近期的链接如下(1.10-1.5.可以直接在链接下面讨论):【求助】急救!关于重组质粒构建的问题.http://www.dxy ...

克隆心经——一套帮助新手快速作出克隆的Protocol本方法的核心部分是医科院基础所的生化脂蛋白组的吴刚老师所创，我在其基础上进行了一些改动，主要是DNA回收上采取了更简单的方法。（本方法最适用于双酶切制作片断并进行克隆的情况。对于分步酶切制作片断，也可以使用本方法，但需要加倍起始酶切DNA的量。）一、片断平移的克隆（也适用于多片断连接）简介：将用作载体的质粒A（制作大片断）酶切3μL ，要切出小片断的质粒B酶切7μL ...

RNA 真不好提取,这是我在网上看到的,和大家共享!!对大部分实验人员来说，RNA 抽提比基因组 DNA 抽提要困难得多。事实上，现有的 RNA 抽提方法/试剂，如果用于从培养细胞中抽提 RNA，比抽提基因组 DNA 更方便，成功率也更高。那为什么同样的方法用于组织 RNA 的抽提，总会碰到问题呢？组织 RNA 抽提失败的两大现象是： RNA 降解和组织内杂质的残留。关于降解问题，首先看一下为什么从培养细胞中抽提 RNA 不容易降解。现有的 RNA 抽提试剂，都含有快速抑制 Rnase 的成分。在培 ...

（前面的几个帖子太长了，看一遍所花时间长到逆历史潮流，只能新开一帖，希望快餐一点。本帖不回答求助，先致歉。）1：苯酚保存条件的实验苯酚的保存条件，正统的说法：避光、4C、上覆一层液体、密闭，可保存 1 个月。下面是我的一个实验：3 月 10 日，取 Tris 饱和苯酚 (加入 beta-Mercaptoethanol 抗氧化) 到 6 个透明 1.5ml 离心管中，其中 3 管再覆盖少量液体。取一管未加液体的和一管加液体的放入 4C 冰箱，其余 4 管置于室温。室温的 4 管有两管 (加液和不加液各一管) 用刀子将离心 ...

因为看到园子中使用NEB T4 DNA连接酶的老师和同学比较多，也经常就一些连接的问题进行讨论和沟通。今天发一个关于NEB T4 DNA连接酶的一个专题，就使用过程中一些常见问题跟大家讨论一下。也希望各位老师同学能够踊跃参与，如果大家有什么疑问或者好的建议欢迎。一、关于NEB M0202 T4 DNA 连接酶的使用方法和常见问题及解答1、产品特性和使用方法产品说明：该酶催化契合的双链DNA或RNA的5'-磷酸末端和3'-羟基末端形成磷酸二酯键 ...

第一章 质粒DNA的分离、纯化和鉴定第一节 概 述　　把一个有用的目的DNA片段通过重组DNA技术,送进受体细胞中去进行繁殖和表达的工具叫载体(Vector)。细菌质粒是重组DNA技术中常用的载体。　　质粒(Plasmid)是一种染色体外的稳定遗传因子,大小从1-200kb不等,为双链、闭环的DNA分子,并以超螺旋状态存在于宿主细胞中。质粒主要发现于细菌、放线菌和真菌细胞中，它具有自主复制和转录能力,能在子代细胞中保持恒定的拷贝数,并表达 ...

SNP（single nucleotide polymorphism），单核苷酸多态性。指在基因组的DNA链上，由于单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。SNP数量很多，既可能发生在编码序列上，也可能发生在非编码序列上。发生在编码序列内的SNP，既有不改变氨基酸的同义突变，也有改变了氨基酸的非同义突变。那种改变了氨基酸的非同义SNP就改变了生物性状。由于SNP能稳定的遗传下去，所以在同一个群体当中，那些具有相同SN ...

快速的操作，低温环境，少量取上清主要是抽提之后吸取上清时要特别小心，只要不把蛋白层吸出来就不会有RNase污染。分子克隆第二版343页,上关于提取RNA所用的玻璃容器的处理方法,是用前180度干烤8小时或更长时间;另一种方法是0.1%的depc水浸泡(37度2小时),然后灭菌水淋洗数次,100度干烤15分钟,然后高压灭菌除去depc.我们实验室一直是用170度考4小时,且不准离人,不准过夜,可能是怕烤箱长时间高温, ...

凝胶迁移或电泳迁移率检测（Electrophoretic Mobility Shift Assay, EMSA）是一种检测蛋白质和DNA序列相互结合的技术，最初用于研究DNA结合蛋白和其相关的DNA结合序列相互作用，可用于定性和定量分析。这一技术目前已用于研究RNA结合蛋白和特定的RNA序列的相互作用。加分原则：1. 你可以在此跟帖提问。如果你的问题有一定深度，引发战友们积极讨论和思考。加1-2分。2. 回答问题或介绍经验。可加1-2分。 ...

目的：1、方便地提供文件的上传下载，减轻dxy服务器的承荷。2、为战友们提供资料交流的平台，尤其是低分战友。使用说明1、邮箱名称：ng_dxy@163.com(停止上传)；新邮箱：xuxh008@gmail.com备用邮箱：hesuanjishu@yahoo.com.cn注：请上传资料到新邮箱时同时上传一备份到备用邮箱2、欲提供共享的资料不超过30M。上传到邮箱前请先提出申请。格式 如下：资料名称-资料内容-资料大小-资料来源-（实 ...

很多战友（包括我）对“复杂”的生物学软件和厚厚的软件使用说明书充满了恐惧，以至于始终不能够用它们来提高自己的工作效率。很多不太懂电脑的战友就是被这些复杂的东西吓得永远不敢去用软件的。我们做StepByStep的初衷就是让初学者按图索骥地几分钟之内就学会怎么用一个生物学软件，而更进一步的功能可以在使用中自己去慢慢摸索。StepByStep的中心思想：++++几分钟，一个例子学会一个软件的基本使用！++++目标读者：生命 ...

前段时间在丁香园上查找关于启动子分析的文章，帖子很多，但感觉介绍得都不够详细，而且时间比较久远，对于新手来说不是很明白和清楚，小弟在此借花献佛，在各位前辈大能的基础上略加总结，希望对需要的人有所帮助。不当之处也请各位指正！ 注意事项 ： 如果你想问有没有什么捷径，能够既保证查找目的基因启动子区域快速、准确、而又简洁方便明了的话，请看本帖最后一页 不过看完请记得顶哦！ 对于要分析的基因，我们需要搞清楚它的一些基本信息，第一步借助NCBI ...

RNA干扰（RNAi）：近年来的研究表明，将与mRNA对应的正义RNA和反义RNA组成的双链RNA(dsRNA)导入细胞，可以使mRNA发生特异性的降解，导致其相应的基因沉默。这种转录后基因沉默机制(post-transcriptional gene silencing, PTGS)被称为RNA干扰（RNAi）。MicroRNA（miRNA,微RNA）：即为长度为22nt左右的5′端带磷酸基团、3′端带羟基的非蛋白编码的调控小RN ...

如何选择酶切缓冲液，如何提高酶切效率，尤其是PCR产物的酶切、双酶切、特殊酶切，总结了以下几点，希望对大家有帮助，欢迎补充！1.PCR产物的酶切。PCR产物的酶切与引物上引入的保护碱基有很大的关系，所以设计引物的时候就应该注意到这一点，如何选择保护碱基，具体参见NEB网站上关于保护碱基的资料:PCR产物的酶切相关的帖子：http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/242899_1. ...

最近有不少战友在做ChIP实验，希望我的一点经验对大家有帮助（本贴不谈实验步骤，最后我会附件一份说明书，有详细步骤，另外建议像我一样的新手用试剂盒，避免不必要的麻烦）一、原理转录从基因的启动子区开始，由一系列的转录因子结合到基因的启动子区，通用转录因子结合在基本启动子区起始转录，而这个过程对基因的转录是必需的，但不是充分的，通常需要一些特异的转录因子结合在上游调节序列，使基因特异表达并维持的合适水平，ChIP主 ...

提供给新手，希望对各位战友有帮助，多多参与核酸技术版的讨论！引物篇1.引物是如何合成的？目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。DNA合成仪有很多种, 主要都是由ABI/PE 公司生产，无论采用什么机器合成，合成的原理都相同，主要差别在于合成产率的高低，试剂消耗量的不同和单个循环用时的多少。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段，具有高效、快速的偶联以及起始反应物比较稳定的特点。亚磷酰胺三酯法是将DNA固定在固相载体上完成DNA链 ...