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        第五篇: 就这样做 轻松搞定实时 PCR 探针设计

        除了为克隆基因、预测编码蛋白而需要研究基因的构成外,当前在基因组学上的努力也包括对基因组构成的研究,以分析具有结构和调控因子插入的基因。近源物种分析成为比较基因组学的主要内容,被认为是研究进化、基因功能和人类疾病的重要方法。利用该方法分析微生物,特别是细菌的基因组,早在 1996 年就已开始识别出细菌中的保守基因和与亚种相关的毒性基因(Fredricks and Reiman 1996)。这方面的进展促生了新的、大规模的检测和识 ...

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        第四章:如何对 cDNA、gDNA进行选择性引物设计?

        这个方法适用于检测或部分 DNA 片段克隆,不适合全长基因克隆设计策略反转录 PCR 的主要问题是基因组 DNA (gDNA) 污染的存在,这将导致产生假阳性信号,特异性降低或对特定 RNA 的过高估计。为了消除 RT-PCR 中 gDNA 的干扰,可将引 物设计为与两个外显子的接合部退火,该点为 cDNA 序列专有,因此 gDNA 将不能被扩增。cDNA 特异的引物可通过三个途径设计(如下图所示)。第四章 cDNA、gDNA选择性引物设计1. 引物横跨外显子-外显子接合部。设计的引物如果一半与 ...

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        第三篇 如何设计嵌套 PCR 引物以及注意事项

        嵌套 PCR (nested PCR,nPCR)是指以第一次 PCR 产物为模板直接进行第二次 PCR 扩增,以增加 PCR 的灵敏度,第二次 PCR 设计的引物在第一次所用引物对的内部,这种引物被称为「内部」或 「嵌套」引物。以第一次 PCR 产物为模板进行第二次 PCR 扩增,可明显提高敏感度而对特异性无损(Albert and Fenyo 1990)。由于嵌套 PCR 使用两套引物对,在补充反应组分如 Tag DNA 聚合酶后就可能提髙总循环数。如果不能进行完整的嵌套 PCR (使用两个内部引物),为提髙灵敏 ...

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        第一章:掌握这 8 点令 PCR 引物设计事半功倍

        设计 PCR 引物时,下面这些因素你必须要知道。引物长度引物长度对反应特异性、解链温度、退火时间都有较大的影响,最终影响到 PCR 反应 是否成功。多数情况下,引物长度约 18~30bp, 引物太短会导致非特异扩增,太长虽然会增加特异性,但是二级结构(如发夹结构)出现的概率增大。引物的解链温度PCR 反应的特异性很大程度上依赖于引物的解链温度(Tm 值)。多数 PCR 反应最优的 解链温度应在 55~60℃,如果没有其他不稳定因素,引物的 Tm 值取决于它的长度、序列组成和浓度 ...

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        第二章:4 分钟教你学会多重 PCR 引物设计

        多元 PCR (多重PCR,Multiplex PCR,MPCR) 是指在一个 PCR 反应中使用一个模板和几对引物同时扩增多个目的片段的 PCR 反应。这项技术非常有用,他不仅可以提高 PCR 的产率还能提高 DNA 样品的利用率。另一种形式的 MPCR 是组合 PCR, 组合 PCR 是在同一 PCR 反应中使用几个不同的模板和几对引物。多元 PCR 和组合 PCR 往往被当作同义词使用。设计策略MPCR 要求所有的引物对在同一条件下扩增其各自的特异序列。大多数多元 PCR 反应 局限于扩增 5~10 个目的片段,原因之一 ...

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        第八章:常用引物设计工具大集合

        Oligo 6作为目前最好、最为专业的引物设计软件,Oligo的功能很强大,他主要功能有:普通引物对的搜索、测序引物的设计、杂交探针的设计以及评估「引物对」质量的功能,如何使用Oligo6 请参看:「两分钟教你学会 Oligo 7」Oligo 6 联合使用 Primer 5 http://wenku.baidu.com/view/da565dd380eb6294dd886c41.htmlBLAST BLAST(Basic Local Alignment Search T ...

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        两分钟教你学会 Oligo 7

        在专门的引物设计软件中,“Oligo”是最著名的。它的使用并不十分复杂,但初学者容易被其复杂的图表吓倒。Oligo 5.0的初始界面是两个图:Tm图和ΔG图;Oligo 6.0的界面更复杂,出现三个图,加了个Frq图。“Oligo”的功能比“Premier”还要单一,就是引物设计。但它的引物分析功能如此强大以至于 能风靡全世界。oligo的下载和安装我就不多说了,打开oligo相信也无需多讲。打开oligo的页面如下:单击file ...

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        基于细胞的酶联免疫检测实验

        基于细胞的酶联免疫检测实验(Cell Based Elisa)可以:(1)检测高通量的样本,定量细胞膜上或细胞内的蛋白质的表达情况。(2)用于磷酸化蛋白质的检测,易降解蛋白质的检测,少量细胞目的蛋白质的检测。试验方法原理先将细胞种于 96 孔板中,对细胞进行不同条件的处理。待检测目的蛋白时,对细胞进行多聚甲醛的固定、灭活、打孔及封闭非特异性结合位点。根据抗原抗体反应的原理,一抗孵育与目的蛋白质结合,加入酶标记二抗与一抗结合,加入底物 ...

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        斑马鱼模型之新药申报实例

        还记得 2015 年 12 月份 CFDA 批准进行临床试验两个 1.1 类化药新药吗? 浙江仙琚制药股份有限公司的奥美克松钠及其注射剂和北京市肿瘤防治研究所的 1.1 类血管生成抑肽及其注射剂。作为这两个新药临床前研发的参与者之一,环特生物的斑马鱼平台在其中发挥了重要作用,听我们说说其中的故事吧!奥美克松钠是由浙江仙琚制药与杭州奥默公司一起研制的治疗神经肌肉阻滞的药物,其申报适应症为在全麻手术中逆转不同浓度罗库溴铵、维库溴铵(这两种药物都是手术中常 ...

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        NKT 细胞激活剂 KRN 7000 α-半乳糖神经酰胺

        ◆ 原理自然杀伤 T 细胞(NKT 细胞)被激活后会分泌大量的细胞因子,并能分化成具有细胞毒作用的效应细胞。临床研究发现 NKT 细胞参与部分疾病的调节,尤其是参与了自身免疫病,抗肿瘤 和器官移植的抗排斥反应的调节。特别是 NKT 细胞在一些自身免疫性疾病如硬皮病,I 型糖尿病及肝炎等具有免疫保护作用。目 前已知对 NKT 细胞的刺激效应最佳的物质是脑苷脂-α-半乳糖酰基鞘胺醇(α-Galactosylcermaide,α-GalCer,KRN7000),这类物质来 ...

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        蛋白质/肌酐酸比的诊断准确性受到尿液浓度的影响

        蛋白尿肾脏疾病的诊断和管理,以及慢性肾病(CKD)的阶段确定需要准确的判别和定量蛋白尿。 使用尿蛋白质/肌酐酸比评估每天尿蛋白排除量是常见的方法,但对尿液浓度的影响及其对检测准确性的影响关注甚少。 Taipei Veterans General Hospital(Taiwan)的科研人员和他们的同事采集了540份尿液样品,有完整的24小时尿蛋白浓度、肌酐酸浓度、总体积和最重要的相同尿液样品的伴随尿液分析。检测24小时尿液样品总体 ...

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        8步走“井”字,笑傲血气分析!

        目前可能会有各种各样的技巧和策略来指导血气分析,记忆法、图表、实践,好多公式。。。。。感觉整个人都不好了,有木有? 但这篇文章将阐述如何使用最可能简单的方式进行血气分析(ABG)。一旦你读完这个,你做血气分析定会充满干劲哟!定将笑傲血气分析单。 具体步骤大揭秘: Step 1、了解正常值 看报告单时,首先需了解哪些为正常ABG值,哪些为异常ABG值。这其实容易记住:pH正常值为:7.35-7.45;PaCO2正常值为:35-45;HCO3- 正常值为:22-26. 也要记住下图1,需注意的是,此方法中PaCO2是反的。Acidic:酸;Neutral:正常;Basic:碱 图1 Step2、确定pH是酸中毒还是碱中毒 通过pH值确定酸中毒或碱中毒。健康成人的pH水平在7.35-7.45。人体努力保持pH平衡。 pH < 7.35 酸血症 pH > 7.45 碱血症

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        中药研究与 SCI 的完美邂逅

        这篇文章酝酿了很久了。一直没敢写。担心自己的积累不够。这段时间,看到做中药的筒子们,不管是拿到国自然的还是没拿到的。在课题设计上,总是会有些瑕疵。所以,今天就壮着胆子,写出本文。希望能够给做中药研究的筒子们一点提示。在「疾病的最终出路在哪里」中,季博说了下,西方科学研究,用的是化约论。往细了看。所以大家看 SCI 文章,做得越细的,分值越高。而东方科学,是整体论。往大了看。中医中药真要研究好,需要先把「黄帝内经」学习好,这个是中医的 ...

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        实验秘笈 | 细胞冻存与复苏

        培养细胞的传代及日常维持过程中,在培养器具、培养液及各种准备工作方面都需大量的耗费;而且细胞一旦离开活体开始原代培养,它的各种生物特性都将逐渐发生变化,并随着传代次数的増加和体外环境条件的变化而不断有新的变化。因此及时进行细胞冻存十分必要。现在细胞低温冷冻储存已成为细胞培养室的常规工作和通用技术。细胞储存在液氮中,温度达-196℃,理论上储存时间是无限的。细胞冻存及复苏的基本原则是慢冻快融,实验证明这样可以最大 ...

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        临床微生物检验案例:污染菌还是致病菌

        案例经过 多年前,在某病区发生了一个值得深思的病例。一男性患者,因手指被机械斩伤入院,入院后取伤处分泌物做常规细菌培养,第二天细菌室即报培养到真菌,涂片亦可见真菌孢子及菌丝!医生获知情况后再次检查患者受伤部位,发现患者伤口愈合尚佳,无化脓,患者也无发热及其他感染症状,不像有感染。医生首先怀疑结果的可靠性,即与细菌室联系,询问会不会是污染菌。检验科同事也考虑到这个问题,但是因为菌量少,且无其他杂菌生长,难以判断是否为污染菌,建议最好再次无菌状态下取标本复查! 奇怪的是第二天同一病区的另外两个患者的分泌物培养,培养基上也培养出同一种真菌,咨询临床后获知这几个患者都没有感染的症状,这下同事感觉到可能是真的有问题了。一般情况下,手部真菌感染的情况就少,同一个病区几个互不相干的患者同时感染的概率也更小。回顾并检查了整个操作过程并无不规范的地方,细菌室的环境也无异常。而且其他病区的细菌培养情况也无特别之处,无真菌培养阳性结果,应该可以肯定问题不会出在细菌室。 细菌室工作人员于是与临床医生沟通,临床医生也说标本采集过程中不会出现污染,完全是无菌操作的。调查病区换药室(取标本

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        糖化白蛋白的临床应用��现状与未来

        作者:上海交通大学附属第六人民医院内分泌代谢科 包玉倩 血糖监测是糖尿病管理的重要内容。已有多项大型临床研究证实,糖化血红蛋白(HbA1c)与糖尿病慢性并发症的发生存在关联,将HbA1c水平控制在合适的范围内可以有效降低慢性并发症的风险,因此,长久以来HbA1c一直被视作评价糖尿病患者长期血糖控制状况的金标准[1]。然而,血红蛋白的更新速度异常,某些情况如妊娠、慢性肝病、高甘油三酯血症及高胆红素血症等均可影响HbA1c的水平,所以在临床工作中需要采用其他指标来弥补HbA1c的不足之处。 糖化白蛋白(GA)是反映糖尿病患者近2~3周内平均血糖水平的指标,且不受血清蛋白量、抗凝剂、非特异性还原物质等的影响,是评价糖尿病患者短期糖代谢控制情况的有效指标。新版《中国血糖监测临床应用指南》已将GA列为血糖监测的内容之一[2]。 一、GA的诞生背景 提起GA,还需追溯至糖化血清蛋白(GSP)。GSP由血浆葡萄糖的羰基与血液中血浆蛋白(其中约70%的血浆蛋白为白蛋白)分子末端的自由氨基发生非酶促糖基化反应,产生不稳定、可逆的醛亚胺,经分子结构重排反应后形成的高分子酮胺物质,所

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        膜蛋白转运研究

        蛋白转运过程可以形象的描述为成千上万的蛋白质在一个细胞内按照有序的方式移动,就像街道和高速公路上的车辆,每一个细胞中的蛋白质被合成后都有它自己的目的地。质膜蛋白(PM)转运是所有蛋白转运过程中的重要组成部分。质膜是胞浆和细胞外环境之间的交界面,细胞骨架是细胞运输机制的一个重要组成部分,比如囊泡和内涵体在肌动蛋白微丝或微管上移动。从质膜将蛋白转运到其他位置或者将蛋白转运到质膜的过程很大程度上与蛋白本身细胞器 ...

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        WB转膜的条件设置

        Western 免疫印迹(Western Blot)是将蛋白质转移到膜上,然后利用抗体进行检测。对已知表达蛋白,可用相应抗体作为一抗进行检测,对新基因的表达产物,可通过融合部分的抗体检测。为利于更好的实验效果,不同蛋白,转膜条件略有不同,迪申生物技术(上海)有限公司专注于生产免疫组化相关产品多年,对 WB 实验有一定了解,今天跟各位同学一起分享下实验过程中发现的不同蛋白的转膜条件。蛋白来源:RAW264.7 总蛋白蛋白名称:一些转录因 ...

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        如何让细胞乖乖的死去活来

        科幻电影中将冻存若干年的生命体重新解冻复活的情节在生命科学研究过程中每一天都在上演。为了将每一种有生命的细胞较好的保存其原有的细胞特性或者长久的保存种质资源,实验人员往往将细胞用特殊配置的细胞冻存液保存于-196℃ 的液氮,使得细胞暂时脱离生长状态,等到实验需要的时候再从液氮中取出复苏应用。在这一看似神奇的生命存储过程中,我们不禁要问,这是如何实现的呢?其实,细胞冻存和复苏的教科书和实验手册上面都有。小编不想再重 ...

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        挽救细胞污染效果评价:巨噬细胞法效果颇尴尬

        以自建细胞系 (laryngeal squamous carcinoma-1, LSC-1) 第 12 代的某一被细菌污染的细胞株采取救治, 比较效果并分析细胞生物学特性。1.方法 1) 抗生素法: 细菌培养: 用无抗生素完全培养液培养细胞 3 d, 收集上清离心后将沉淀物接种于血琼脂培养基, 35e 培养。所采用的抗生素包括临床常用的 15 种抗生素抗生素最适抑菌浓度筛选: 根据细菌药敏实验结果选出敏感抗生素, 每种抗生素从最低抑菌浓度 MIC 到最高耐药浓度分别配制 6 个浓度梯度。将 LSC-1 细胞按 undefined104/孔种 ...

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