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学任何一个软件，首先当然是了解如何读取、呈现和保存软件处理对象，就像学编程，总要先来一句「Hello，world」一样。对于图像处理软件就是打开图片、获取图片基本信息、对图片进行简单操作，然后保存成所需格式。有了这个基础之后，再去正式学习软件的功能，会事半功倍。Image J 和传统软件不太一样，它把标题栏、菜单栏、工具栏和状态栏集中放在一起，并没有把工作区框起来，而是打开图片之后，以图片悬浮的方式作为各自的工作区。一、打开图 ...

基本概念WGCNA其译为加权基因共表达网络分析。该分析方法旨在寻找协同表达的基因模块(module)，并探索基因网络与关注的表型之间的关联关系，以及网络中的核心基因。适用于复杂的数据模式，推荐5组(或者15个样品)以上的数据。一般可应用的研究方向有：不同器官或组织类型发育调控、同一组织不同发育调控、非生物胁迫不同时间点应答、病原菌侵染后不同时间点应答。基本原理从方法上来讲，WGCNA分为表达量聚类分析和表型关联两 ...

之前看帖子说 histcite 可以用来先筛选文献，（这么晚才知道，智商捉急啊）自己就下了，从下载到安装花了很长时间，中间弯了好几道弯路才成功，所以想说几点失败的小经验给大家，不知道会不会有用，因为自己是新手，估摸也回答不了什么问题。哈哈！1. 软件下载可以在帖子里找找，有好心人贴出来了，我也在那下的，装上就好；2. 装后开始的时候怎么都分析不了，出现如下图片解决方法是在 c 盘建立一个 fakepath 文件夹，然后把从 wos 导出的文件放在文件夹内就 ...

前几天，有朋友问到小编：我正在进行一项 Meta 分析的检索，发现 PubMed 和 EMBASE 在主题词、自由词使用完全一致的情况下，而结果却是极大的不同，前者文献量远远小于后者文献量，究竟这是怎么回事呢？因此小编就 PubMed 和 EMBASE 在检索使用中存在的异同点展开了探索。在制定文献检索策略时，总体的要求就是查全和查准。医药类的数据库常用的有：PubMed、MEDLINE、the Cochrane library、OVID、EMBASE、ISI W ...

有很多朋友询问做系统评价/Meta分析的时候需要用Embase、ClinicalKey数据库去检索文献，但是问题是这2个数据库是付费的，不给Money搜索网页都进不去，由于很少有学校购买这2个数据库，所以对于很多朋友来说完成Meta分析就比较麻烦。那么怎么去获得这2个数据库的检索权限呢？1.如有你的学校或者单位有购买权限，那么请忽略这篇文章！（很少会有学校或者单位购买，如果有，那么本人表示十分羡慕！因为我这没有！ ...

核酸（RNA/DNA）之间的相互作用在许多基本的细胞活动中起着重要作用，例如转录调控，RNA加工和蛋白质合成。因此，确定RNA/DNA之间的复杂结构对于理解相关核酸相互作用的分子机制至关重要。因为结构往往决定了分子的功能，这种核酸-核酸相互作用的结构建模和预测对于理解原子级相关生物过程的分子机制，进而开发针对相互作用的干预性治疗药物或措施也是至关重要的。因为采用实验技术来探究RNA/DNA之间相互作用通常是复杂 ...

SCI 的发表对于硕士，尤其博士，是必须的一种技能，也是一道难关。所谓大道无形，小道可走。下面给出一些博士期间的撰写心得，希望能有所裨益。文章可以有三个境界: 毕业、科研、贡献。现在只说第一个，为了毕业。这里的文章，可以指 EI 文章、SCI 文章。我把文章分成三个阶段: 阅读、写、改。一、阅读 SCI 论文即: 阅读哪些文章 (对象)，阅读文章的目的是什么 (目标)，怎么阅读 (方法)1. 阅读什么文章。阅读文章，需要阅读经典的专业基础文章、survey(概述) 文章，及 5 - 10 篇左右阅读新 ...

多嵌套图拼接的 R 语言实现1. 原文研究设计及图片还原思路首先来看一下文献的原图吧～原文作者在对不同年龄（幼鼠和成年鼠），不同性别（雌/雄）进行某种刺激后，在 7 个时间点（1 为刺激前，6 为最后 1 次刺激，7 为刺激后一段时间）分别对 3 个效应指标进行了测量。在进行结果展示时，作者放弃了常规的统计表格，选择了上图的形式，按照年龄，性别分为 4 层，每层 3 个子图，分别反映 3 个不同的指标。不难看出，原图由 12 个嵌套图组成，每个嵌套图又由 1 个主图和 1 个子图拼接而成。其中，主图采用散点与误差棒 ...

R 语言绘图-散点图散点图是展示两个或多个数值型变量相关性特征的常用工具，通常包括简单散点图、三维散点图、矩阵散点图等。简单散点图简单散点图是将观测数据绘制在一个二维平面中，以此观察数值型变量之间的相关性。我们以 R 中 ggplot2 包中的 mtcars 数据集来讲述一下 R 如何绘制简单散点图。ggplot2 包的安装及调用install.packages("ggplot2")#安装 ggplot2 包#library(ggplot2)#ggplot2 包#1 ...

① Science 揭示 RNA-Seq 数据有助于发现罕见的遗传变异纽约基因组中心、哥伦比亚大学等机构的研究人员近日在《Science》杂志上发文，称 RNA 测序数据有助于发现罕见的遗传变异。他们开发出一种新颖方法，能够通过了解两个等位基因的表达失衡来诊断罕见疾病。文章的第一作者、斯克里普斯转化科学研究所的 Pejman Mohammadi 博士表示，出现罕见疾病时，罕见的遗传变异通常会出现在一个拷贝上。查看一群人的每个基因就能了解亲本拷贝 ...

一、如何翻译出好标题？1、拆分关键成纤维细胞源性外泌体-miR-520b作为潜在的胰腺癌治疗手段2、理清关键词成纤维细胞源性外泌体-miR-520b作为潜在的胰腺癌治疗手段纤维细胞能够释放外泌体，外泌体中的miR-520b能够影响胰腺癌细胞。3、百度学术模仿➤ 提取核心关键词➤ 核心关键词搜索➤ 影响因子查询网站http://www.letpub.com.cn/index.php?page=journalapp&view=search1 ...

自从 CRISPR 基因组编辑技术问世以来，它已经显示出了治疗许多棘手疾病的巨大希望。然而，科学家们一直在努力确定与治疗有关的细胞类型的潜在非靶向效应，这仍然是临床转化的主要障碍。现在，Gladstone 研究所和创新基因组学研究所（IGI）的一组科学家与 AstraZeneca 合作开发了一种可靠的方法来实现这一点。CRISPR 通过在特定位置切割 DNA 来编辑一个人的基因组。挑战在于确保该工具不会在 DNA 上的其他地方进行切割，即所谓的「脱 ...

① PNAS 揭示生长素调控细胞分裂模式新机制细胞分裂模式在器官的形成过程中发挥着至关重要的作用。在植物中，生长素作为最重要的激素之一已经被报道在器官发育过程中调控细胞的分裂模式，然而细胞分裂模式如何在时空上被生长素精确调控仍然知之甚少。福建农林大学海峡联合研究院徐通达课题组报道了非经典的植物生长素信号通过类受体蛋白激酶 Transmembrane kinases (TMKs) 调控侧根发育过程中细胞分裂模式的分子机制。研究发 ...

为什么考虑干细胞的个体性很重要?数学方程能预测什么时候干细胞突变会导致潜在的致命疾病吗?多能干细胞会成为未来的疾病模型、推动药物发现和预测副作用吗?这是生物医学中心的三家旗舰期刊(BMC生物学、BMC医学和基因组医学)最近在《BMC生物学》杂志上发表的干细胞专题系列文章中讨论的一些问题。作为开场白，《BMC生物学》系列丛书的咨询编辑Arthur Lander评论说，目前干细胞生物学的概念可能没有考虑到“干细胞的个体性 ...

BioMed Central上周参加了剑桥神经干细胞研讨会。这次会议是由剑桥干细胞计划联合主办的，旨在集中关注神经干细胞生物学领域的最新进展，并鼓励近300名代表之间的进一步合作和互动。这次会议收集暴露了在神经发生领域发现的加速步伐，特别是在正常成年人中，以及在疾病中生长和分化缺陷的作用。生物医学中心的旗舰期刊《BMC生物学》、《BMC医学》和《基因组医学》最近出版了干细胞主题系列，与会者对此非常感兴趣。格尔德•克佩 ...

干细胞研究与治疗邀请提交原始研究手稿，已纳入一个关于亚太地区干细胞研究的特别系列，于2012年出版。该系列丛书由台湾阳明大学的Oscar Lee、美国南加州大学的Shi Songtao、中国卫生科学研究所的Shi Yufang和Ying Jin编辑，旨在展示在该领域开展的广泛和创新的工作。开放获取的研究文章将与一系列由该领域的领导人撰写的评论和观点文章一起发表，这些领导人包括康庆新(Kyung-Sun Kang)、郭泓志(Hung ...

① Nature 子刊揭示控制自身免疫反应的分子机制近日，一项刊登在国际杂志 Nature Immunology 上的研究报告中，来自维也纳生物中心的科学家们通过研究分析了沉默或唤醒自体反应 B 细胞的两种拮抗机制，这两种机制受到了 Ikaros 蛋白的控制，因此其能够控制自身免疫力。当小鼠成熟的 B 细胞中缺少 Ikaros 时，研究者就能观察到较高级别的自身免疫力，这就促使他们开始研究两种开启或关闭 B 细胞的特殊机制，B 细胞抗原受体（BCR）的无效应性是一种特殊 ...

如果给你一张静态的染色图，你可能觉得 so easy，老板再也不用担心我没有统计结果了。如果给你一个动画，你会不会傻眼了呢？看着攀爬的细胞，你脑子里闪过高中物理知识，这个细胞迁移长度，位移，速率，轨迹都是重要的参数啊，可是怎么统计呢？定性的说明不再被买账，而定量的统计结果成为刚需。今天向大家介绍一个有用的软件「Imaris」，可以自动统计细胞动态迁移图中细胞迁移的各种参数。具体操作如下1. 在 Imaris 中点击「open」，点击一下（ ...

作为一个爱看文献的科研狗，不能下到想看的文献一直是一件很头疼的事情，好在我们一直有 Sci-hub 这个神器，导师再也不用担心我们看不到文献了。但是…...Sci-hub 经常会打不开，打不开，打不开~那我们应该如何是好呢？这不，实验菌今天又给大家寻觅了一个神器~科睿唯安大家想必都很了解，就一个字，牛！科睿唯安（ClarivateAnalytics）是全球专业信息提供与分析服务领域的领导者。科睿唯安旗下拥有诸多业界知名品牌，包括 Web ...

「科研汪」每天除了吃饭睡觉做实验外，干的最多的活莫过于阅读文献了，还经常幻想下一刻实验现象就按照自己预想的呈现，再发个大 paper，走上人生巅峰。好了，少年该醒醒了。回到现实，首先你需要一个好的方案，而方案来源就是跟踪研究热潮。每一个方向都只会热一段时间，研究后期想要发好文章相对较难，所以追踪科研潮流，抢占先机的重要性不言而喻。我把自己常用的几种追踪前沿文献的方法总结如下，大家可以结合自身情况选择。根据习惯大致可分 ...