有功能蛋白序列的引物设计与融合蛋白的设计

各位大侠：
本人初涉分子生物之列，现在想做一个融合蛋白，希能得到指点。
问题之一：
1 ccgccagatt tgaatcgcgg gacccgttgg cagaggtggc ggcggcggca tgggtgcccc
61 gacgttgccc cctgcctggc agccctttct caaggaccac cgcatctcta cattcaagaa
121 ctggcccttc ttggagggct gcgcctgcac cccggagcgg atggccgagg ctggcttcat
181 ccactgcccc actgagaacg agccagactt ggcccagtgt ttcttctgct tcaaggagct
241 ggaaggctgg gagccagatg acgaccccat agaggaacat aaaaagcatt cgtccggttg
301 cgctttcctt tctgtcaaga agcagtttga agaattaacc cttggtgaat ttttgaaact
361 ggacagagaa agagccaaga acaaaattgc aaaggaaacc aacaataaga agaaagaatt
421 tgaggaaact gcgaagaaag tgcgccgtgc catcgagcag ctggctgcca tggattgagg
481 cctctggccg gagctgcctg gtcccagagt ggctgcacca cttccagggt ttattccctg
541 gtgccaccag ccttcctgtg ggccccttag caatgtctta ggaaaggaga tcaacatttt
601 caaattagat gtttcaactg tgctcctgtt ttgtcttgaa agtggcacca gaggtgcttc
661 tgcctgtgca gcgggtgctg ctggtaacag tggctgcttc tctctctctc tctctttttt
721 gggggctcat ttttgctgtt ttgattcccg ggcttaccag gtgagaagtg agggaggaag
781 aaggcagtgt cccttttgct agagctgaca gctttgttcg cgtgggcaga gccttccaca
841 gtgaatgtgt ctggacctca tgttgttgag gctgtcacag tcctgagtgt ggacttggca
901 ggtgcctgtt gaatctgagc tgcaggttcc ttatctgtca cacctgtgcc tcctcagagg
961 acagtttttt tgttgttgtg tttttttgtt tttttttttt ggtagatgca tgacttgtgt
1021 gtgatgagag aatggagaca gagtccctgg ctcctctact gtttaacaac atggctttct
1081 tattttgttt gaattgttaa ttcacagaat agcacaaact acaattaaaa ctaagcacaa
1141 agccattcta agtcattggg gaaacggggt gaacttcagg tggatgagga gacagaatag
1201 agtgatagga agcgtctggc agatactcct tttgccactg ctgtgtgatt agacaggccc
1261 agtgagccgc ggggcacatg ctggccgctc ctccctcaga aaaaggcagt ggcctaaatc
1321 ctttttaaat gacttggctc gatgctgtgg gggactggct gggctgctgc aggccgtgtg
1381 tctgtcagcc caaccttcac atctgtcacg ttctccacac gggggagaga cgcagtccgc
1441 ccaggtcccc gctttctttg gaggcagcag ctcccgcagg gctgaagtct ggcgtaagat
1501 gatggatttg attcgccctc ctccctgtca tagagctgca gggtggattg ttacagcttc
1561 gctggaaacc tctggaggtc atctcggctg ttcctgagaa ataaaaagcc tgtcatttc
以上序列是我从genebank查到的我所要的蛋白mRNA序列，如果我想从全RNA中扩此蛋白，是否需要找第一个ATG，引物设计在此密码子之前，使得蛋白序列完整？
问题二，如何才能确定此蛋白表达的终止位点，是找第一个出现的ATT吗？
问题三，如果设计融合蛋白，后面连接的标记蛋白除要注意阅读框外，还有什么需要注意的地方？

谢谢指点。