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        真菌基因组生物信息学分析:思路与流程

        互联网

        6522

        对一种真菌的基因组测序研究或许能够回答下面的问题:


        为什么一种真菌能够成为病原物,而另外一种能够成为一种杀虫剂。

        下一代的测序技术(SOLiD , 454 and Genome Analyzer System )使得对真菌进行快速的测序成为可能,
        在得到测序数据后,主要要进行后续的数据处理和分析:

        第一步:


        对序列进行组装,如果是重测序,可以用MAQ 进行组装;


        如果是对新物种进行(de novo)测序,用velvet 进行组装.

        第二步:


        对组装后得到的Scaffold进行全基因组基因注释:


        包括:基因组组分分析;编码基因预测;重复序列注释;Non-coding RNA基因注释;Micro RNA基因注释;tRNA基因注释;假基因(Pseudogene)注释等.

        第三步:


        对预测的基因进行功能(Gene Ontology,调控Motif,Pathway等)注释:


        可以使用的软件有:InterproScan ,SignalP ,SMURF

        第四步:


        比较基因组和分子进化分析:


        如快速进化(rapid evolution)分析,共线性分析(Synteny Block),基因家族分析等;


        (责任编辑:大汉昆仑王)

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