以蛋白质结构为基础的预测
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以蛋白质结构为基础的预测
通过蛋白质
结构预测蛋白质间的相互作用的基础是如果两个蛋白质具有相同的或相似的结构，则这两个蛋白质具有相同的功能。基于这个原理，如有两个已知结构的蛋白质A和蛋白质B具有相互作用，而两个新的蛋白质A’和B’分别与已知蛋白质A和B的结构相同或相似，则以此可以推测A’和B’之间也具有相互作用。
由于很多蛋白质的结构还未知，因此这个方法的第一步是根据蛋白质的序列预测蛋白质的结构。可以通过几个不同的途径来实现，目前最常用的方法是“串线”(threading)，主要是将未知结构的蛋白质序列与已知结构的蛋白质进行比较，PDB数据库在此方面提供了非常多的有用信息以及相关工具(具体的数据查询见PDB数据库中的应用实例)。
