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        基因突变,蛋白质预测咨询

        相关实验:传递基因进皮肤的基因枪技术

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        碎云观者

        请问园子里的各位大佬,请问已知基因非同义突变位点,怎么预测蛋白质结构? 最好给一下课程之类的,麻烦啦!

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        3 个回答

        user-title

        dxy_37qs094

        有帮助

        一类是理论分析方法或从头算方法(Ab initio),通过理论计算(如分子力学、分子动力学计算)进行结构预测。该类方法假设折叠后的蛋白质取能量最低的构象。从原则上来说,我们可以根据物理、化学原理,通过计算来进行结构预测。但是在实际中,这种方法往往不合适。主要有几个原因,一是自然的蛋白质结构和未折叠的蛋白质结构,两者之间的能量差非常小(1kcal/mol 数量级),二是蛋白质可能的构象空间庞大,针对蛋白质折叠的计算量非常大。另外,计算模型中力场参数的不准确性也是一个问题。

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        土井挞克树

        有帮助

        可以上ncbi上输入你的突变基因,然后进行蛋白预测。

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        loveliufudan

        有帮助

        预测蛋白质结构是一项复杂的任务,涉及到许多不同的计算方法和工具。针对已知基因非同义突变位点的预测,可以考虑以下方法:

        使用基于模板的结构预测方法:这种方法需要找到具有相似序列的已知蛋白质结构作为模板,并基于模板进行蛋白质结构预测。其中,一些经典的方法包括BLAST、HHblits、PSI-BLAST等用于查找相似序列的工具,以及模板比对工具MODELLER和ROSETTA等。您可以学习相关的课程和教材,例如Bioinformatics Specialization(https://www.coursera.org/specializations/bioinformatics)和Protein Structure Prediction(https://www.coursera.org/learn/protein-structure-prediction)。

        使用基于物理学的结构预测方法:这种方法尝试通过基于物理原理的建模,来预测蛋白质的三维结构。其中,一些常见的方法包括分子动力学模拟、蒙特卡罗模拟、分子力场等。您可以学习相关的课程和教材,例如Computational Biophysics(https://www.coursera.org/learn/computational-biophysics)和Introduction to Computational Chemistry(https://www.coursera.org/learn/introduction-to-computational-chemistry)。

        需要注意的是,任何结构预测方法都有其局限性和不确定性。因此,在进行蛋白质结构预测时,应该综合考虑多种方法和工具的结果,并进行合理的验证和验证。

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