如何用COBALT构建本地的多序列比对（Linux系统）

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对 ，在Linux 系统的配置步骤如下：

1． 登陆Ftp：ftp://ftp.NCBI .nlm.nih.gov/pub/agarwala/cobalt/，下载cobalt里的所有文件

ncftp /pub/agarwala/cobalt > ls
cdd.aux   cdd.freq   cdd.phr  cdd.psd   cdd.psq    cobalt.linux     README
cdd.blocks  cdd.loo  dd.pin   cdd.psi  cdd.rps     patterns     README.cobalt

2． 设置全局变量：setenv COBALT ，这里不设置也是可以的。下面直接用全路径就是

3． 准备你所要比对的蛋白序列（Fasta 格式）

4． 运行的代码如下（$COBALT也可以用全路径代替）：

       $COBALT/cobalt.linux -db $COBALT/cdd \
       -b $COBALT/cdd.blocks -i  \
       -p $COBALT/patterns -f $COBALT/cdd.freq

5． 输出的结果是Fasta格式。

查看详细说明，用

$COBALT/cobalt.linux –help

 

更详细的说明文档看cobalt文件夹里的README.cobalt。

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