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        单倍型系统发育树如何构建?

        相关实验:生物信息学数据库和软件的搜索实验

        user-title

        dxy_wahyqs93


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        3 个回答

        user-title

        loveliufudan

        有帮助

        单倍型系统发育树的构建通常需要以下几个步骤:

        选择适当的DNA标记:单倍型系统发育树的构建需要使用高变异性的DNA标记。不同的研究对象可能需要不同的DNA标记,例如,对于人类来说,常用的DNA标记包括线粒体DNA序列和Y染色体DNA序列。

        样本采集和DNA提取:采集样本并提取DNA,确保DNA的纯度和完整性。

        PCR扩增:使用适当的引物对DNA标记进行PCR扩增,并使用PCR产物进行序列测定。

        序列比对:将所得到的DNA序列与参考序列进行比对,确定每个样本的单倍型。

        构建发育树:使用单倍型数据进行系统发育树的构建。根据数据的不同类型和分析目的,可以选择不同的构建方法,例如,最大简约法、最大似然法、贝叶斯方法等。

        评估发育树的可靠性:可以使用Bootstrap分析等方法对发育树进行评估,确定分支的可靠性和支持度。


        user-title

        dxy_wahyqs93user-title

        请问单倍型数据是指DnaSP得到的单倍型序列吗?

        user-title

        sswei

        有帮助

        单倍型系统发育树的构建步骤如下:

        1、数据准备:基因的核苷酸序列,SNP位点,蛋白的氨基酸。

        2、多序列比对:常用的软件包括MEGA,Clustal X,Muscle,Phylip。

        3、选择建树方法:Distance-based methods 距离法(NJ邻接法,MP最大简约法、ML最大似然法、Bayesla贝叶斯法,推断法) 首先通过各个类型之间的比较,根据一定的假设(进化距离模型)推导得出分类群之间的进化距离,构建一个进化距离矩阵。

        进化树的构建则是基于这个矩阵中的进化距离关系。如果序列的相似性较高,各方法的结果差别不大;现在较常见的是NJ和ML模型。可根据序列相似度选择建树方法,对于近缘序列,可以用MP,MP一般不用在远缘序列上,这时一般用NJ或ML。

        user-title

        土井挞克树

        有帮助

        构建方法:

        1、序列准备:

        通过测序获得需要鉴定的目标菌株的序列信息,一般细菌测16S rDNA(全长大约1.5 kb左右),真菌测ITS序列(500-750 bp)。

        2、将序列上传至NCBI数据库与已知菌种序列进行比较

        3、根据比对结果筛选并下载10-12条比对序列

        4、利用MEGA软件进行多序列比对

        5、构建系统发育树:

        多序列比对窗口点击Data,选择Phylogenetic Analysis,弹出窗口询问:所有序列是否编译蛋白质,根据实际情况选择Yes或No

        6、发育树美化

         

        user-title

        dxy_wahyqs93user-title

        采用测序得到的序列进行构树只能建出普通的系统发育树,请指教详细步骤构建单倍型系统发育树

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