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        我用pp5.0设计的引物,高手帮忙看看选择哪个好啊!

        丁香园论坛

        1886
        我想做一种蛋白的mRNA水平检测,只想知道mRNA水平量的变化,不继续做表达等了,拜托了
        2005年5月1日
        引物1
        sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
        anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
        引物2
        sense:5'TGCCTGGCTGAGCGTTAC
        anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
        引物3
        sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
        anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG
        引物4
        sense:5'AGTGCCTGGCTGAGCGTTAC
        anti--:3'AGATTGGTGTCGGGTTGT
        引物5
        sense:5'GTGGCTACTGCTCCTTCC
        anti--:3'TTTCCTGGTGTTCAGAGTCG

        length tm gc% ta op(度)
        1. 引物1 466 57.6/54 61.1/50 55.6
        2. 引物2 522 57.6/51.9 61.1/50 55.8
        3. 引物4 468 60.3/54 60/50 55.6
        4. 引物5 524 60.3/51.9 60/50 55.8
        同时,怎么blast引物啊,我不太会看过程和结果。能否好人做到底啊?
        怎么选择内参照啊,下面的是我在引物库里找的大鼠的beta-actin ,GAPDH,选哪个呢???
        1.物种:人或鼠
        2.基因名称:beta-actin
        3.模板:cDNA
        4.PCR类型及目的:RT-PCR
        5.forward primer(5’-3’): CCA AGG CCA ACC GCG AGA AGA TGA C
        reverse primer(5’-3’):AGG GTA CAT GGT GGT GCC GCC AGA C
        6.产物长度(bp):人592bp,鼠587bp
        7.退火温度:58℃

        G3PDH 基因(已验证):
        1. 物种:人/小鼠/大鼠 通用
        2. 基因名称:G3PDH
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:PCR/Northern等内参照基因
        forward primer(5’-3’):5'–ACCACAGTCCATGCCATCAC–3'
        reverse primer(5’-3’):5'–TCCACCACCCTGTTGCTGTA–3'
        6.产物长度(bp):439bp
        7.引物浓度:0.5μmmol/L
        8.退火温度:55-70℃甚至更宽的范围。

        1. 物种:大鼠、小鼠、人
        2. 基因名称:GAPDH
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR,内参照
        5. Sense: 5’-ACCACAGTCCATGCCATCAC-3’,
        Antisense: 5’-TCCACCACCCTGTTGCTGTA-3’
        6. 产物长度(bp):452bp
        7. 引物浓度:10pmmol/L
        8. 退火温度:58-59度

        1. 物种:大鼠、小鼠、人
        2. 基因名称:β-actin
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR,内参照
        5. Sense引物:5’- CACGATGGAGGGGCCGGACTCATC -3’
        Antisense引物:5’- TAAAGACCTCTATGCCAACACAGT -3’
        6. 产物长度(bp):240bp
        7. 引物浓度:10pmmol/L
        8. 退火温度:56-60度

        1. 物种:大鼠
        2. 基因名称:GAPDH
        3. 模板:CDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR
        5. forward primer(5’-3’):
        reverse primer(5’-3’):CCATGCCATCACTGCCACTCAGAAGAC
        probe(5’-3’):GAGGGCCTCTCTCTTGCTCTCAGTATC
        6. 产物长度(bp):530
        7. 退火温度:51

        1. 物种:mouse
        2. 基因名称:GAPDH
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR
        5. forward primer: 5’-TCACTCAAGATTGTCAGCAA-3’ 
        reverse primer: 5'-AGATCCACGACGGACACATT-3'
        6. 产物长度(bp): 308bp
        7. 引物浓度:0.25umol/L
        8. 退火温度:58℃

        1. 物种:rat
        2. 基因名称:内参β-actin
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR
        5. sense 5'-ATG CCA TCC TGC GTC TGG ACC TGG C-3'
        antisense 5’-AGC ATT TGC GGT GCA CGA TGG AGG G-3’
        6. 产物长度(bp):606
        7. 退火温度:61℃

        1. 物种:rat
        2. 基因名称:beta-actin
        3. 模板:cDNA
        4. PCR类型及目的:RT-PCR
        5. forward primer(5’-3’)(Q) : cggatgtccacgtcacactt
        reverse primer(5’-3’)(K):gttgctatccaggctgtgct
        6.产物长度(bp):470bp
        7. 引物浓度:10mmol/L
        8. 退火温度:53℃
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