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        【酶切问题讨论专栏】

        丁香园论坛

        4975
        如何选择酶切缓冲液,如何提高酶切效率,尤其是PCR产物的酶切、双酶切、特殊酶切,总结了以下几点,希望对大家有帮助,欢迎补充!

        1.PCR产物的酶切。
        PCR产物的酶切与引物上引入的保护碱基有很大的关系,所以设计引物的时候就应该注意到这一点,如何选择保护碱基,具体参见NEB网站上关于保护碱基的资料:

        PCR产物的酶切相关的帖子:
        http://www.dxy.cn/bbs/actions/archive/post/242899_1.html

        http://www.dxy.cn/bbs/thread/818980

        http://www.dxy.cn/bbs/thread/620693

        http://www.dxy.cn/bbs/thread/720799

        2.加了保护碱基可能也会遇到切不动的问题,切不动可以从以下方面考虑:
        (1)酶切缓冲液。每种酶都有公司提供的最佳缓冲液,它们的差别只是离子浓度与体系的不同,如Na、k、Mg等,还有PH值及缓冲体系(一般Tris-HCl),另外酶加甘油和DTT作为保护剂。在双酶切的时候常会遇到两种酶有各自的缓冲液,要达到高酶切效率,选择是个问题,如果酶切时间和量足够,解决的方法:
        (A)使用其中一个酶的缓冲液,但要考虑到另一酶的反应效率,反应效率如何,可以查查酶在不同buffer里的效率参数,具体见公司网站,如NEB提供了很好的buffer参数:
        http://circuit.neb.com/neb/tech/tech_resource/restriction/buffers/buffer_chart.html
        (B)使用它们的通用的缓冲液,使两种酶在同一缓冲液里达到也足够的酶切效率;没有通用的BUFFER怎么办呢? 分两次酶切。即先用一种酶切,胶回收后再用另一种酶切。一般先低盐后高盐,这种方法保证了在各自的酶切缓冲液中都得到最大的酶切效率,但缺点是要回收,损失大 ;
        (C)克隆到T载体中,值得推荐的方法,克隆到T载体中,不须要考虑受这个条件的限制,酶切位点也可以用T载体上自带的。

        (2)酶切温度。酶切温度也很重要,一般的酶切最适温度为37度,有些特殊的酶的反应温度不同,如Sma Ⅰ为30度。双酶切时这种情况下最好分开切,先低温后高温。

        (3)酶切时间。酶切时间直接影响到酶切是否完全,一般为1-3h,这个时间已经足够,对于一些活性较好的酶,30min就可以酶切完全,建议在酶切1h后取5ul跑电泳以鉴定酶切效率;PCR产物的酶切时间较长,一般过夜。

        (4)酶失活。如果使用酶解冻后放置太久,可能导致酶失活。这种情况较少见,只能换新酶。如果拿了不同公司的酶,buffer也不一样,怎么办?放心,可以用不同公司的酶进行双酶切,一般不会有问题的。可以先查查NEB的酶在不同缓冲液中的活性百分比,选择它们都有适中活性的buffer,每个公司生产的酶反应缓冲液针对特定内切酶是最合适的!

        (5)酶切体系。选用多大的酶切体系取决于你的样品浓度,在双酶切的时候为了得到质量高的电泳图,尤其插入的是小片段DNA,酶切后产物量较少,可以增加酶切重组DNA的量和增加上样量,建议酶切前测定一下DNA浓度或跑电泳看看DNA有多浓,做到心中有数。

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        http://www.dxy.cn/bbs/thread/886961

        http://www.dxy.cn/bbs/thread/458396

        http://www.dxy.cn/bbs/thread/893847

        关于保护碱基的资料:
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